Добрый день,
вдруг заметил, что имею худо-бедно работающий самопально написанный Хартри-Фок и хочу попробовать смоделировать несколько ЯМР спектров чего-то простого не сильно развесистого, точно до 200 дальтон, а может и меньше. Статьи какие-то о таких моделированиях видел, но убей не понял как и что люди делают.
Интересуют пока слабые поля, 0.5-3Теслы.
Пожалуйста, посоветуйте:
1. Какая именно форма уравнений Шредингера моделируется? Что именно надо считать, какой функционал, и где дальше вылезает величина кссв и сдвигов? Мне нужны именно формулы функционала, так как своя доморощенная решалка ХФ есть и именно на ней хочется поэкспериментировать.
2. Как принято учитывать сольвенты в таком моделировании?
3. Как меняется такое моделирование, если у меня есть еще поляризация вещества на лармовой частоте электронов?
4. Как моделировать многомерные спектры типа NOESY, COSY, HSQC?
Возможно у кого-то есть под рукой понятный обзор как такое делать, дайте, пожалуйста, на него ссылку или на пальцах расскажите!
Спасибо!
Поделитесь, пожалуйста, понятным способом ab-initio моделировании ЯМР спектров
Re: Поделитесь, пожалуйста, понятным способом ab-initio моделировании ЯМР спектров
1) форма уравнений - понятия не имею. http://gaussian.com/nmr/ или раздел 8.13.7 в https://orcaforum.cec.mpg.de/OrcaManual.pdf
Величина КССВ обычно не вылазит, если ее считать то больно дорого получается. Я не видел чтобы ЯМРы считали в ХФ, исключительно ДФТ.
2) континиумно. http://gaussian.com/scrf/
3) я и вопроса не понял
4) никогда лично не сталкивался. Гугл дает несколько ссылок 20+ летней давности на предсказалки но есть ощущение что они эмпирические и ДФТ там и рядом не стояло. Возможно https://www.sciencedirect.com/science/a ... 079290011T по теме (сам не читал).
https://link.springer.com/article/10.10 ... 015-2787-x вот на это я предпочитаю ссылаться когда мне надо обьяснить почему я считал так а не иначе, впрочем было еще несколько бенчмарков по ЯМРу которые рекомендовали другие функционалы и базисы.
Величина КССВ обычно не вылазит, если ее считать то больно дорого получается. Я не видел чтобы ЯМРы считали в ХФ, исключительно ДФТ.
2) континиумно. http://gaussian.com/scrf/
3) я и вопроса не понял
4) никогда лично не сталкивался. Гугл дает несколько ссылок 20+ летней давности на предсказалки но есть ощущение что они эмпирические и ДФТ там и рядом не стояло. Возможно https://www.sciencedirect.com/science/a ... 079290011T по теме (сам не читал).
https://link.springer.com/article/10.10 ... 015-2787-x вот на это я предпочитаю ссылаться когда мне надо обьяснить почему я считал так а не иначе, впрочем было еще несколько бенчмарков по ЯМРу которые рекомендовали другие функционалы и базисы.
Re: Поделитесь, пожалуйста, понятным способом ab-initio моделировании ЯМР спектров
Огромное спасибо, Гесс, за классные ссылки, пошел разбираться!
Пробно я на свою 1Т предполяризацию прикручивал, не могу сказать, что пока все успешно, но пики сильно сузились и местоположение линий существенно изменилось. Если есть понимание как такое считают, пожалуйста, расскажите, мне бы было бы очень интересно узнать как, хотя бы просто из спортивного любопытства.
из ХФ решалки сделать ДФТ - довольно просто, но не наоборот, да и есть ДФТ у меня тоже.
это про гиратроны. Там суть примерно в том, что если вещество перед ЯМРом предполяризуют на лармовой частоте электронов, то сигнал/шум на пару порядков повышается, так как случайно направленные спины электронов не мешают спинам ядер. Другое дело, что гиратроны - вещь очень дорогая, и такое делают только на очень мощных ЯМРах, от 600ки, когда белки смотрят. Я когда увидел, что с такой предполяризацией полный спектр убиквитина на 500ке за 10 минут снимается, в то время, как мы с неравномерным семплингом его на 600ке несколько дней окучивали, меня чуть кондрашка не хватила.
Пробно я на свою 1Т предполяризацию прикручивал, не могу сказать, что пока все успешно, но пики сильно сузились и местоположение линий существенно изменилось. Если есть понимание как такое считают, пожалуйста, расскажите, мне бы было бы очень интересно узнать как, хотя бы просто из спортивного любопытства.
Re: Поделитесь, пожалуйста, понятным способом ab-initio моделировании ЯМР спектров
Я не сталкивался с этим ни когда я был синтетиком (это нормально, я тогда вообще 300ку за чудо почитал), ни когда стал расчетчиком (это на самом деле тоже не показатель, я не специализировался никогда на ЯМРах и органики свои хотелки тоже дальше КССВ никогда не пытались выразить). Но если эффект связан с возбуждением электронов, то есть мы говорим о ЯМРе с молекул в возбужденных состояниях, то я очень оптимистичен что методов расчета ТАКОГО либо нет либо они "не вышли в люди".
Re: Поделитесь, пожалуйста, понятным способом ab-initio моделировании ЯМР спектров
Спасибо большое Гесс, за ответ!
Я честно говоря не до конца сам всю эту магию понимаю, из-за этого не могу на уровне формул в ab-initio это выразить.
Вроде там больцмановское распределение ненулевых спинов как-то удаляется, а также они все (кто неспаренный оказался) передают свою поляризацию на ядра.
Я честно говоря не до конца сам всю эту магию понимаю, из-за этого не могу на уровне формул в ab-initio это выразить.
Вроде там больцмановское распределение ненулевых спинов как-то удаляется, а также они все (кто неспаренный оказался) передают свою поляризацию на ядра.
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 13 гостей