О добрейшие господа!
Извините что к вам обращаюсь, просто боль не знаю к кому. Суть проблемы такова: использую Природу 6-ой версии. В basis1.bas по умолчанию стоит базисный набор L1. Но кроме него имеется еще куча других типа L1m(6)|L1m|L11m|L111m|L1111m и т.п. Будьте добры, подскажите какова система в наименовании этих базисов, и что чему соответствует.
Базисные наборы в Priroda 6
Базисы описаны в статье Chemical Physics Letters 416 (2005) 116-120. Базисы типа L1 - двухэкспонентные. Если Вы привыкли работать с более старой версией Природы (скажем, с базисом 3z), то его аналогом является L2m (ну или просто L2, но тогда там еще есть поляризационная фукнция f-типа). Вместе с тем, в отличие от 3z, остовная часть в L2 не расщеплена. Вообще, по своей структуре новые базисы напоминают семейство cc-pVNZ (скажем, L2 сопоставим с cc-pVTZ). Ну и, в конце концов, структуру базиса (я имею в виду число примитивных экспонент и схему контрактации) можно точно понять запустив тестовый расчет (если не охота ковыряться в самом файле с базисами). Кроме того, никто не мешает Вам использовать старые базисы. Для DFT, как я понимаю, отличия между старыми и новыми базисами не имеют существеного значения.
А.П.
Цитата из введения вышеуказанной статьи:
atoms with one valence electron (in particular Hydrogen) should be treated on equal terms as any other atom,
without resorting to molecular calculations for generating the basis functions;
higher angular momentum functions should be defined
in a more general form than a minimal Gaussian representation of cc-pVXZ sets, this is shown to be an important improvement [4] a tleast for the smaller sets;
the functions should be (at least approximately) energy-optimized, contrary to the occupation number guided selection in the ANO method which becomes problematic [5] for treating core valence correlation consistently;
the method should be applicable to relativistic four-component Hamiltonians (Dirac Coulomb in particular) whose energy spectrum is not bound from below.
С остальными вопросами, полагаю, лучше обращаться автору
atoms with one valence electron (in particular Hydrogen) should be treated on equal terms as any other atom,
without resorting to molecular calculations for generating the basis functions;
higher angular momentum functions should be defined
in a more general form than a minimal Gaussian representation of cc-pVXZ sets, this is shown to be an important improvement [4] a tleast for the smaller sets;
the functions should be (at least approximately) energy-optimized, contrary to the occupation number guided selection in the ANO method which becomes problematic [5] for treating core valence correlation consistently;
the method should be applicable to relativistic four-component Hamiltonians (Dirac Coulomb in particular) whose energy spectrum is not bound from below.
С остальными вопросами, полагаю, лучше обращаться автору
А.П.
Всех приветствую!
Занимаюсь расчётами, используя Prirod-у, но каких-либо теоретических сведений о ней не имею (используемых базисах и т.п.).
Не могли бы те, у кого есть доступ к базам эл.статей скинуть мне на evgenix@gmail.com следующие статьи (заранее скажу, пробовал искать в открытом Интернете, нашёл только анонсы):
1. D. N. Laikov, Chem. Phys. Lett., 1997, 281, 151
2. D. N. Laikov and Yu. A. Ustynyuk, Izv. Akad. Nauk. Ser. Khim., 2005, 804
[Russ. Chem. Bull., Int. Ed., 2005, 54, 820].
3. Chemical Physics Letters 416 (2005) 116-120.
Заранее спасибо.
Занимаюсь расчётами, используя Prirod-у, но каких-либо теоретических сведений о ней не имею (используемых базисах и т.п.).
Не могли бы те, у кого есть доступ к базам эл.статей скинуть мне на evgenix@gmail.com следующие статьи (заранее скажу, пробовал искать в открытом Интернете, нашёл только анонсы):
1. D. N. Laikov, Chem. Phys. Lett., 1997, 281, 151
2. D. N. Laikov and Yu. A. Ustynyuk, Izv. Akad. Nauk. Ser. Khim., 2005, 804
[Russ. Chem. Bull., Int. Ed., 2005, 54, 820].
3. Chemical Physics Letters 416 (2005) 116-120.
Заранее спасибо.
Скажите пожалуйста, а как грамотно в статье ссылаться на базис, обозначаемый как "3z". Это полностью самостоятельный базис? В какой статье он заявлен?
Давно пробовал писать Лайкову на e-mail, он ответил один в один как в документации ко второй версии природы, что это полноэлектронный базис до 54 элемента.
Давно пробовал писать Лайкову на e-mail, он ответил один в один как в документации ко второй версии природы, что это полноэлектронный базис до 54 элемента.
Как я понимаю, этот базис д.б. описан в диссертации Дмитрия (МГУ, 2000). Больше нигде. Поэтому когда я описываю метод расчета, обычно пишу что-то вроде:
Geometry optimization, vibrational and time-dependent (TD) DFT calculations were performed with the PRIRODA package [1,2] using PBE functional[3] and implemented TZ2P-quality basis set. The quantum-chemical code employed expansion of the electron density in an auxiliary basis set to accelerate evaluation of the Coulomb and exchange-correlation terms[1]
(1) Laikov, D. N. Chem. Phys. Lett. 1997, 281, 151.
(2) Laikov, D. N.; Ustynyuk, Y. A. Russ. Chem. Bull. 2005, 54, 820.
(3) Perdew, J. P.; Burke, K.; Ernzerhof, M. Phys. Rev. Lett. 1996, 77, 3865.
Geometry optimization, vibrational and time-dependent (TD) DFT calculations were performed with the PRIRODA package [1,2] using PBE functional[3] and implemented TZ2P-quality basis set. The quantum-chemical code employed expansion of the electron density in an auxiliary basis set to accelerate evaluation of the Coulomb and exchange-correlation terms[1]
(1) Laikov, D. N. Chem. Phys. Lett. 1997, 281, 151.
(2) Laikov, D. N.; Ustynyuk, Y. A. Russ. Chem. Bull. 2005, 54, 820.
(3) Perdew, J. P.; Burke, K.; Ernzerhof, M. Phys. Rev. Lett. 1996, 77, 3865.
А.П.
При расчете гессиана в Prirode получается слудующая картина по термохимии:
E = -1177.560068 E0 = -1177.146912
ZPVE = 0.413157 a.u. = 259.2598 kcal/mol
----------------------------------------------------------------------
T = 298.150 K ln(Q) S U H G
cal/mol*K kcal/mol kcal/mol kcal/mol
----------------------------------------------------------------------
translational 19.3181 43.3573 0.8887 1.4812 -11.4458
rotational 16.2885 35.3497 0.8887 0.8887 -9.6508
vibrational 23.8339 92.5657 272.7369 272.7369 245.1384
total 59.4406 171.2727 274.5144 275.1069 224.0419
----------------------------------------------------------------------
В Gaussian существует метод перехода от значений, которые выдает программа (в hartree) к калорийным единицам. He существует ли подобного метода для природы?
E = -1177.560068 E0 = -1177.146912
ZPVE = 0.413157 a.u. = 259.2598 kcal/mol
----------------------------------------------------------------------
T = 298.150 K ln(Q) S U H G
cal/mol*K kcal/mol kcal/mol kcal/mol
----------------------------------------------------------------------
translational 19.3181 43.3573 0.8887 1.4812 -11.4458
rotational 16.2885 35.3497 0.8887 0.8887 -9.6508
vibrational 23.8339 92.5657 272.7369 272.7369 245.1384
total 59.4406 171.2727 274.5144 275.1069 224.0419
----------------------------------------------------------------------
В Gaussian существует метод перехода от значений, которые выдает программа (в hartree) к калорийным единицам. He существует ли подобного метода для природы?
Метод очень прост, для нужной температуры:buraten писал(а):При расчете гессиана в Prirode получается слудующая картина по термохимии:
В Gaussian существует метод перехода от значений, которые выдает программа (в hartree) к калорийным единицам. He существует ли подобного метода для природы?
H = E(в хартри) * 627,5096 (ккал/моль)/Хартри + Htotal (уже в ккал./моль)
G = E(в хартри) * 627,5096 (ккал/моль)/Хартри + Gtotal (уже в ккал./моль)
S - и так уже в нужном виде
Ну это смотря какое приближение использовать и какую систему считать. По большим системам вряд ли точные данные (до сотых долей ккал/моль) получатся. А вот если считать что-нибудь небольшое и какими-нибудь пост-Хартри-Фоковскими ab initio методами с нормальными, подходящими для расчёта базисами...buraten писал(а):Никому случайно не удавалось получить близкое соответствие с литературными данными по термодинамике?
-
Darth Vasya
- Сообщения: 426
- Зарегистрирован: Чт май 24, 2007 1:54 pm
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 2 гостя