Какой выбрать GPU для GROMACS, Desmond и тд

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Аватара пользователя
6apu_aJlu6acoB
Сообщения: 43
Зарегистрирован: Ср фев 07, 2018 3:55 pm

Какой выбрать GPU для GROMACS, Desmond и тд

Сообщение 6apu_aJlu6acoB » Вс фев 24, 2019 1:03 am

Здравствуйте, формучане :)

Уже несколько дней меня терзает вопрос по выбору видеокарты для расчетов молдинамики в Gromacs, Desmond, а также для квантово-химических расчетов в TeraChem (на будущее :clap: )

Буджет небольшой (около 60к), поэтому профессиональные решения, типа Tesla и тд, конечно же, не потяну. В пределах этой суммы остановился на RTX 2080 и GTX 1080 Ti. Опыт расчета на GPU у меня отсутствует, поэтому не сильно понимаю, какие характеристики важны для математических расчетов. Недавно один компьютерщик посоветовал заострить внимание только на величине разрядности шины: чем выше, тем лучше. Также если я правильно понимаю, важно еще число универсальных процессоров. А важна ли частота видеопроцессора? Число текстурных блоков? Тип памяти? Версия шейдоров?.. Может быть проще смотреть на значение производительности в терафлопсах? (у 1080 ti оно выше). В общем, я в замешательстве :dontknow: И зачем вообще нужны видеокарты, например: Quadro K5000 за 100к - с такими унылыми характеристиками :275: (по моему дилетантскому мнению она должна сильно уступать по производительности 2080 Ti)?

Некоторые характеристик данных видеокарт:
RTX 2080 vs GTX 1080 Ti
1. Тип памяти GDDR6 GDDR5X
2. Частота видеопамяти 14140 МГц 11124 МГц
3. Разрядность шины 256 бит 352 бит
4. Частота видеопроцессора 1890 МГц 1569 МГц
5. Число универсальных процессоров 2944 3584
6. Версия шейдеров 6.1 5.0
7. Число текстурных блоков 184 224


Поэтому очень хотел бы узнать ваше мнение: какие характеристики видеокарты особенно важны для математических расчетов? Уверен, среди вас есть, кто шарит в этом и поможет мне окончательно определиться с данным выбором. :?
Последний раз редактировалось 6apu_aJlu6acoB Вс фев 24, 2019 12:17 pm, всего редактировалось 1 раз.

ximi
Сообщения: 2735
Зарегистрирован: Вс янв 29, 2012 7:50 pm

Re: Видеокарта для GROMACS, Desmond и тд

Сообщение ximi » Вс фев 24, 2019 2:25 am

Недавно один компьютерщик посоветовал заострить внимание только на величине разрядности шины: чем выше, тем лучше.
Чепуха ....

ximi
Сообщения: 2735
Зарегистрирован: Вс янв 29, 2012 7:50 pm

Re: Видеокарта для GROMACS, Desmond и тд

Сообщение ximi » Вс фев 24, 2019 2:27 am

Важна частота и Количество скалярных процессоров (ядер CUDA).
Для подобных вашей задач.

Аватара пользователя
6apu_aJlu6acoB
Сообщения: 43
Зарегистрирован: Ср фев 07, 2018 3:55 pm

Re: Видеокарта для GROMACS, Desmond и тд

Сообщение 6apu_aJlu6acoB » Вс фев 24, 2019 2:43 am

ximi писал(а):
Вс фев 24, 2019 2:27 am
Важна частота и Количество скалярных процессоров (ядер CUDA).
Для подобных вашей задач.
ядра Cuda - это же и есть универсальные процессоры? :very_shuffle:

ximi
Сообщения: 2735
Зарегистрирован: Вс янв 29, 2012 7:50 pm

Re: Видеокарта для GROMACS, Desmond и тд

Сообщение ximi » Вс фев 24, 2019 2:45 am

да

Sartorius84
Сообщения: 91
Зарегистрирован: Ср фев 26, 2014 11:22 am

Re: Какой выбрать GPU для GROMACS, Desmond и тд

Сообщение Sartorius84 » Пн фев 25, 2019 12:23 pm

По этим данным я бы взял для MD для себя GTX 1080 Ti. Вообще во многом это зависит от конкретных задач: насколько они параллелятся хорошо - загрузят ли все ядра, как часто и в каком объеме приходится гонять данные GPU-CPU, насколько хорошо конкретный код адаптирован к карте и тд

Можно бенчи поискать под эти карты.
Вот статья неплохая - https://arxiv.org/abs/1507.00898

Еще стоит рассмотреть вариант аренды GPU времени в облаке.
https://aws.amazon.com/ru/ec2/instance-types/p3/ - до 1 петафлопса на инстанс за $3/час

chemigor
Сообщения: 393
Зарегистрирован: Вс июн 21, 2015 5:29 pm
Контактная информация:

Re: Какой выбрать GPU для GROMACS, Desmond и тд

Сообщение chemigor » Вт фев 26, 2019 4:45 am

Я не в курсе как хорошо ложатся алгоритмы Вами указанных пакетов, но АМДшник Radeon VII, все-таки Нвидию GTX 1080 Ti как тузик грелку делает. В Европе эта карта примерно 500 евро стоит, в РФ наверное также, то есть в бюджет должны вписаться. То есть если бы я сейчас брал бы себе для того, чтоб самому писать кванты, то все-таки брал бы АМДшку.

Sartorius84
Сообщения: 91
Зарегистрирован: Ср фев 26, 2014 11:22 am

Re: Какой выбрать GPU для GROMACS, Desmond и тд

Сообщение Sartorius84 » Вт фев 26, 2019 11:20 am

chemigor писал(а):
Вт фев 26, 2019 4:45 am
Radeon VII, все-таки Нвидию GTX 1080 Ti как тузик грелку делает
https://www.pcgamesn.com/amd/amd-radeon ... benchmarks
Для рендеринга не заметно :dontknow: Не видно там безоговорочного преимущества ни AMD, ни1080 ни 2080\
А вот для OpenCl да
https://hothardware.com/reviews/amd-rad ... rks?page=3

PS
Кстати под *nix Особенно под BSD есть проблемы с nvidia-драйверами Тоже стоит об этом задуматься

Аватара пользователя
6apu_aJlu6acoB
Сообщения: 43
Зарегистрирован: Ср фев 07, 2018 3:55 pm

Re: Какой выбрать GPU для GROMACS, Desmond и тд

Сообщение 6apu_aJlu6acoB » Вт фев 26, 2019 6:33 pm

Слооооожный выбор)) у 2080 частота выше, а у 1080ti ядер больше плюс шина больше) :dontknow:
У меня, кстати, сейчас 1050ti стоит, и заметил, что при моделировании она загружается на 90% где-то, не на 100, что мне кажется странным. Связанно ли это с тем, что задача параллелится только на 90% ядер, и больше ей не надо.. В играх обычно видеокарта на 99% задействуется
В общем, пока больше склоняюсь к 1080ti. Надеюсь обе эти видеокарты дадут существенный прирост в моделировании
Radeon 7 не рассматриваю, потому что не особо шарю, как настраиваются видеокарты от радеона :issue:

Аватара пользователя
6apu_aJlu6acoB
Сообщения: 43
Зарегистрирован: Ср фев 07, 2018 3:55 pm

Re: Какой выбрать GPU для GROMACS, Desmond и тд

Сообщение 6apu_aJlu6acoB » Вт фев 26, 2019 6:35 pm

Хотя если программе не нужны все ядра, то логичнее брать в этом случае 2080, так как у нее частота выше на каждом ядре, если я правильно понимаю..

Sartorius84
Сообщения: 91
Зарегистрирован: Ср фев 26, 2014 11:22 am

Re: Какой выбрать GPU для GROMACS, Desmond и тд

Сообщение Sartorius84 » Вт фев 26, 2019 6:51 pm

6apu_aJlu6acoB писал(а):
Вт фев 26, 2019 6:33 pm
Слооооожный выбор))
Поищите тогда ноды с этими GPU в облаках. Погоняйте по часу хотя бы свой софт. Это обойдется в несколько $$. :dontknow:

chemigor
Сообщения: 393
Зарегистрирован: Вс июн 21, 2015 5:29 pm
Контактная информация:

Re: Какой выбрать GPU для GROMACS, Desmond и тд

Сообщение chemigor » Ср фев 27, 2019 12:30 pm

Sartorius84 писал(а):
Вт фев 26, 2019 11:20 am
chemigor писал(а):
Вт фев 26, 2019 4:45 am
Radeon VII, все-таки Нвидию GTX 1080 Ti как тузик грелку делает
https://www.pcgamesn.com/amd/amd-radeon ... benchmarks
я исхожу из того, что большинство квантовомеханических пакетов еще не умеют считать в так називаемой миксед точности, когда большая часть расчетов идет в одинарной или половинной точности, а только суммы скалярных произедений идут в двойной или четверной точности. Если сравнивать этот радеон на двойной точности, то он во много раз быстрее Нвидии. Это, кстати, стандартная болезнь НВидий, они всегда жмотили ставить много умножителей на двойной точности, так как для игрунов это не сильно нужно. Другое дело, на OpenCL не все всегда удобно, как на CUDA, и тут как раз надо смотреть есть ли соответствующие бенчмарки.

Аватара пользователя
6apu_aJlu6acoB
Сообщения: 43
Зарегистрирован: Ср фев 07, 2018 3:55 pm

Re: Какой выбрать GPU для GROMACS, Desmond и тд

Сообщение 6apu_aJlu6acoB » Вт мар 12, 2019 4:05 pm

А если выбирать между Titan Xp и RTX 2080ti, вы бы что выбрали?+

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: Bing [Bot] и 0 гостей