Priroda и расчёт хим.сдвигов ЯМР

вопросы строения молекул и квантовой химии
advantic
Сообщения: 3
Зарегистрирован: Сб авг 27, 2011 4:26 pm

Re: Priroda и расчёт хим.сдвигов ЯМР

Сообщение advantic » Вс авг 28, 2011 7:56 pm

Не думал, что мой пост вызовет такой быстрый ажиотаж. На сообщения Yurii я уже натыкался в архиве форума в теме по производительности pc-gamess, судя по всему поскандалить он большой любитель. За слово “бред” и наезды без аргументов уже получал предупреждения от модераторов :D

У меня вопрос по эффективности распараллеливания Природы для расчетов химсдвигов. Собственно, интересует giao и оптимизация геометрии. Какое будет ускорение на 4, 8 и 16 процессорах, будет ли ускорение близко к фактору 4, 8 и 16? Если вопрос уже обсуждался, дайте ссылку плиз.

starless

Re: Priroda и расчёт хим.сдвигов ЯМР

Сообщение starless » Вс авг 28, 2011 8:14 pm

advantic писал(а):У меня вопрос по эффективности распараллеливания Природы для расчетов химсдвигов. Собственно, интересует giao и оптимизация геометрии. Какое будет ускорение на 4, 8 и 16 процессорах, будет ли ускорение близко к фактору 4, 8 и 16? Если вопрос уже обсуждался, дайте ссылку плиз.
Ускорение расчёта зависит от числа процессоров нелинейно, распараллеливание может привести даже к замедлению. Из общих соображений ответить на ваш вопрос невозможно, потому что всё зависит от размера системы и конкретной реализации параллельных вычислений.

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2780
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Priroda и расчёт хим.сдвигов ЯМР

Сообщение EvgeniX » Вс авг 28, 2011 8:49 pm

Скорее всего, какого-то значимого прироста не будет (оптимально - 2 ядра), ПРИРОДа не очень хорошо распараллеливает DFT-расчёты. А хим.сдвиги в ПРИРОДе можно считать только DFT-методом в нерелятивистском варианте.

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 682
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Re: Priroda и расчёт хим.сдвигов ЯМР

Сообщение Yurii » Вс авг 28, 2011 10:58 pm

advantic писал(а):Не думал, что мой пост вызовет такой быстрый ажиотаж. На сообщения Yurii я уже натыкался в архиве форума в теме по производительности pc-gamess, судя по всему поскандалить он большой любитель. За слово “бред” и наезды без аргументов уже получал предупреждения от модераторов :D
Я не нанимался разгребать чужие авгиевы конюшни: мне и своих хватает. А что касается производительности, то Интел не Вам чета, но и у них не получается (я им писал, что в их алгоритмах много бреда: они соглашаются, но поделать ничего не могут). И натыкаться и тыкаться носом, как беспомощный котяра - вещи несколько разные.
прозвище "Фабержé" легендарный разведчик Дроздов получил за свое уникальное умение работать с информацией, добывать ее и превращать в драгоценность высшей пробы.

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Priroda и расчёт хим.сдвигов ЯМР

Сообщение sanya1024 » Вс авг 28, 2011 11:05 pm

advantic писал(а):У меня вопрос по эффективности распараллеливания Природы для расчетов химсдвигов. Собственно, интересует giao и оптимизация геометрии. Какое будет ускорение на 4, 8 и 16 процессорах, будет ли ускорение близко к фактору 4, 8 и 16? Если вопрос уже обсуждался, дайте ссылку плиз.
В Природе хим. сдвиги считаются так же быстро, как обычный single-point расчет. Соответственно, и параллелятся примерно так же.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Priroda и расчёт хим.сдвигов ЯМР

Сообщение sanya1024 » Вс авг 28, 2011 11:08 pm

Yurii писал(а): Я не нанимался разгребать чужие авгиевы конюшни: мне и своих хватает.
:clap: Весьма содержательный ответ. Спасибо. Значит, мы так и не послушаем начальника транспортного цеха узнаем, где там грабли?
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 682
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Re: Priroda и расчёт хим.сдвигов ЯМР

Сообщение Yurii » Вс авг 28, 2011 11:16 pm

sanya1024 писал(а):
Yurii писал(а): не послушаем начальника транспортного цеха
Я сейчас дворником работаю.
прозвище "Фабержé" легендарный разведчик Дроздов получил за свое уникальное умение работать с информацией, добывать ее и превращать в драгоценность высшей пробы.

alxyppv
Сообщения: 560
Зарегистрирован: Сб апр 07, 2007 11:23 am

Re: Priroda и расчёт хим.сдвигов ЯМР

Сообщение alxyppv » Пн авг 29, 2011 1:58 am

advantic писал(а):
У меня вопрос по эффективности распараллеливания Природы для расчетов химсдвигов. Собственно, интересует giao и оптимизация геометрии. Какое будет ускорение на 4, 8 и 16 процессорах, будет ли ускорение близко к фактору 4, 8 и 16? Если вопрос уже обсуждался, дайте ссылку плиз.
У Вас какого размера задачи? от этого может сильно зависеть эффективность. я могу проверить на СКИФЕ. Там я считаю на 8-16 ядрах обычно и не жалуюсь...
А.П.

advantic
Сообщения: 3
Зарегистрирован: Сб авг 27, 2011 4:26 pm

Re: Priroda и расчёт хим.сдвигов ЯМР

Сообщение advantic » Сб сен 03, 2011 8:45 pm

Сорри за задержку, был в отъезде. Будет здорово, если Вы сможете запустить тестовую задачу четырежды на 2, 4, 8 и 16 процессорах. Тестовая задача небольшого размера, например, такая:

http://exchange.chemport.ru/index.php?m ... ay=test.in

Как я понял из статьи при расчете химсдвигов большая часть времени уходит на оптимизацию геометрии. Там в задаче задано 32 шага, для теста этого хватит. На 2х3ГГц процессорах p6_32v считает немного больше часа. Интересно, будет ли расчет линейно ускорятся с ускорением числа процессоров. Напишите CPU time и REAL time для этих запусков с разным числом процессоров, думаю многим будет интересно.

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Priroda и расчёт хим.сдвигов ЯМР

Сообщение sanya1024 » Сб сен 03, 2011 11:30 pm

Сразу говорю, линейно не будет. Больше 16 процессоров на средних размеров задачу (до 50 атомов) давать не нужно, на большую -- 24-32 максимум. Я сужу по опыту работы на jscc. Маленькие задачи наоборот, на 16 процах безобразно тормозят (понятно почему).
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

asp
Сообщения: 122
Зарегистрирован: Вт ноя 11, 2003 11:34 am

Re: Priroda и расчёт хим.сдвигов ЯМР

Сообщение asp » Вт мар 06, 2012 5:42 pm

Уважаемые коллеги как правильно перевести Gauge including atomic orbitals (GIAO) на русский язык - градиентно включенные атомные орбитали?

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2045
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Priroda и расчёт хим.сдвигов ЯМР

Сообщение amge » Вт мар 06, 2012 6:15 pm

По моему, если Вы переведете это общеупотребительное сокращение на русский, то просто никто не поймет, о чем речь :)

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2780
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Priroda и расчёт хим.сдвигов ЯМР

Сообщение EvgeniX » Вт мар 06, 2012 8:54 pm

asp писал(а):Уважаемые коллеги как правильно перевести Gauge including atomic orbitals (GIAO) на русский язык - градиентно включенные атомные орбитали?
Посмотрите обзор по хим.сдвигам Аминовой Р.М. (из Казани) в Бутлеровский сообщениях. Там все переводы есть.
Кстати, там и в английском языке есть 2 варианта расшифровки (и у вас вроде как устаревший).

Код: Выделить всё

Аминова, Р.М. Квантовохимические методы вычисления констант ядерного магнитного экранирования // Химия и компьютерное моделирование. Бутлеровские сообщения.– 2002.– V. 2.– N. 6.– P. 11-30.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

asp
Сообщения: 122
Зарегистрирован: Вт ноя 11, 2003 11:34 am

Re: Priroda и расчёт хим.сдвигов ЯМР

Сообщение asp » Ср мар 07, 2012 5:04 am

Спасибо, статью эту видел, вот цитата "Такие функции получили название Gauge invariant atomic orbitals (GIAO) - градиентно -инвариантных атомных
орбиталей ( ГИАО ). Правильнее их называть Gauge including atomic orbitals (это определение более точное и учитывает
общепринятую аббревиатуру )", а перевода для второго варианта я там не нашел, хотя в варианте основоположника метода статья называется по первому варианту (самой статьи не имею есть только название)
R. Ditchfield. Mol.Phys. 1974 . 27. 789. Self-consistent perturbation theory of diamagnetism. I. A gauge-invariant LCAO method for NMR chemical shifts.
Задал в поисковиках яндекс 354:199, гугл 30000:13700, оба в пользу including.
Так какой вариант правильнее?

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 4 гостя