TD DFT

вопросы строения молекул и квантовой химии
Аватара пользователя
AlexKsen
Сообщения: 524
Зарегистрирован: Пн мар 07, 2011 8:43 am

TD DFT

Сообщение AlexKsen » Пт ноя 21, 2014 7:49 pm

Уважаемые форумчане, дошли руки до TD DFT. Но как обычно, первый блин комом:) Помогите разобраться, что я не правильно сделал, чтобы запустить TD DFT расчет.

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 809
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: TD DFT

Сообщение Shorku » Пт ноя 21, 2014 8:08 pm

до TDDFT и не дошло, все упало еще на SCF. Можно попробовать для очистки совести какой-нибудь стандартный базис из числа вшитых, т.к. я даже не очень понимаю, почему оно упало (точнее, если бы дело было на Чебышеве, то для него это вполне естественно, но в общем случае даже не знаю).
ЗЫ Посмотрел на саму модель - а Вы ее оптимизировали же, да? И SCF там сходилось, все хорошо было?
Мы не любим успокоительные иллюзии и сказки на ночь.Мы любим газовые атаки и механические марши железных солдат.Однажды,когда после ежедневной предательской работы на этот мир вы ляжете в свои мягкие кроватки,мы пожелаем вам страшной ночи и атомной войны.

Аватара пользователя
AlexKsen
Сообщения: 524
Зарегистрирован: Пн мар 07, 2011 8:43 am

Re: TD DFT

Сообщение AlexKsen » Пт ноя 21, 2014 9:09 pm

Еше не разу не приходилось считать переходные состояния. Все больше геометрия и NBO анализ. Да структура оптимизирована (аналогичный базис, только функционал М11) и все отлично сходится. Как Вы знаете Def2-SVP, аналогичен 6-31G(p). Думаете в базисе дело?

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 809
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: TD DFT

Сообщение Shorku » Пт ноя 21, 2014 11:35 pm

Нет, просто это было единственное, на что гамесс хоть как-то ругнулся перед тем, как упасть. Это переходное состояние, да? Как вариант- можно взять волновую функцию из оптимизации и попробовать посчитать с ней как с начальным приближением. Ну или взять функционал, с которым задача сходилась. Но не знаю, если это переходное состояние, вполне возможно косяк с вырождением, например.
Мы не любим успокоительные иллюзии и сказки на ночь.Мы любим газовые атаки и механические марши железных солдат.Однажды,когда после ежедневной предательской работы на этот мир вы ляжете в свои мягкие кроватки,мы пожелаем вам страшной ночи и атомной войны.

Fanfate
Сообщения: 106
Зарегистрирован: Вс мар 17, 2013 1:38 pm

Re: TD DFT

Сообщение Fanfate » Сб ноя 22, 2014 3:34 pm

Возьмите в качестве начального приближения веки DFT расчета из dat файла (RUNTYP=ENERGY), и вставьте в конце TDDFT inp файла.
Потребуется строка $guess guess=moread norb=n $end где n это количество МО или количество строк в $VEC <> $END группе.

DIIS=.T. DAMP=.T. SHIFT=.T. - вот это всё мне кажется тут не нужно максимум SHIFT можно оставить, но попробуйте сначала без него.

Olion
Сообщения: 23
Зарегистрирован: Вт фев 08, 2011 8:07 pm

Re: TD DFT

Сообщение Olion » Сб ноя 22, 2014 8:16 pm

А у Вас правда комплекс с Zn0, не с Zn2+? Задачи бывают разные, конечно. Но тогда меня не удивляет, что B3LYP отказывается сходиться, металлические кластеры он совсем не любит.

Аватара пользователя
AlexKsen
Сообщения: 524
Зарегистрирован: Пн мар 07, 2011 8:43 am

Re: TD DFT

Сообщение AlexKsen » Сб ноя 22, 2014 9:24 pm

Комплекс Zn(II). Вы думаете от этого зависит сходимость или лучше функционал поменять?

[ Post made via iPhone ] Изображение

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 809
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: TD DFT

Сообщение Shorku » Сб ноя 22, 2014 10:50 pm

Не, имелось, видимо, в виду, какой заряд должен быть у всего этого комплекса? Пока что он нулевой, это правильно? Лиганды заряженные?
Мы не любим успокоительные иллюзии и сказки на ночь.Мы любим газовые атаки и механические марши железных солдат.Однажды,когда после ежедневной предательской работы на этот мир вы ляжете в свои мягкие кроватки,мы пожелаем вам страшной ночи и атомной войны.

Olion
Сообщения: 23
Зарегистрирован: Вт фев 08, 2011 8:07 pm

Re: TD DFT

Сообщение Olion » Вс ноя 23, 2014 3:56 am

А, прозевал, лиганды заряженные, так что с зарядом ОК. Но падает без диагностики, не ограничение ли это по времени? По TIMLIM диагностика всё же должна быть, а система очередей прибивает обычно так, с информацией только в stderr. На вид со сходимостью ведь всё неплохо.

И симметризовать бы это к D2 группе, к которой довольно близко, - сильно бы сэкономило время.

Аватара пользователя
AlexKsen
Сообщения: 524
Зарегистрирован: Пн мар 07, 2011 8:43 am

Re: TD DFT

Сообщение AlexKsen » Вс ноя 23, 2014 8:13 am

Да, лиганды заряженные, а комплекс нейтрален. Вы думаете стоит попробовать симметрию D2? Просто я их все время С1 рассчитываю.

[ Post made via iPhone ] Изображение

Fanfate
Сообщения: 106
Зарегистрирован: Вс мар 17, 2013 1:38 pm

Re: TD DFT

Сообщение Fanfate » Вс ноя 23, 2014 9:32 am

AlexKsen писал(а):Да, лиганды заряженные, а комплекс нейтрален. Вы думаете стоит попробовать симметрию D2? Просто я их все время С1 рассчитываю.

[ Post made via iPhone ] Изображение
Использование симметрии упростит задачу, но если есть какая то проблема с ССП процедурой она никуда не исчезнет.
Попробуйте увеличить timlim и сделать те манипуляции, что писал выше. Использование начального приближения с DFT расчета мне кажется должно помочь.

Ещё вопрос не по теме: асимметрия комплексов снимает запрет на электронные переходы. Как повлияет использование симметрии на расчет спектров люминесценции (напр комплексов РЗЭ?)

Аватара пользователя
AlexKsen
Сообщения: 524
Зарегистрирован: Пн мар 07, 2011 8:43 am

Re: TD DFT

Сообщение AlexKsen » Вт ноя 25, 2014 12:21 pm

Учел все Ваши замечания. Расчет запустился нормально, но все равно слетел! Посмотрите, пожалуйста, в чем ошибка.

Fanfate
Сообщения: 106
Зарегистрирован: Вс мар 17, 2013 1:38 pm

Re: TD DFT

Сообщение Fanfate » Ср ноя 26, 2014 1:49 am

Как я говорил ССП процедура сошлась нормально за 16 иттераций на этот раз вылет при расчете возбужденных состояний - вам просто не хватает памяти, будьте внимательны (требует 320 миллионов слов). Если вы в первый раз считаете TDDFT, то помните он более затратен.

П.С. Вы всё таки не изменили настройки в группе $SCF и не задали NORB в $GUESS. Но раз он сошёлся то все нормально.

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 809
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: TD DFT

Сообщение Shorku » Ср ноя 26, 2014 9:58 pm

Fanfate писал(а):Как я говорил ССП процедура сошлась нормально за 16 иттераций на этот раз вылет при расчете возбужденных состояний - вам просто не хватает памяти, будьте внимательны (требует 320 миллионов слов). Если вы в первый раз считаете TDDFT, то помните он более затратен.

П.С. Вы всё таки не изменили настройки в группе $SCF и не задали NORB в $GUESS. Но раз он сошёлся то все нормально.
DIIS=.T. по умолчанию, его что убрать, что не убирать. На Чебышеве у меня Гамесс иногда просто так падает, звезды не так сложились, бывает. Может и здесь то же самое.

По поводу памяти: надо либо mwords задать что-нибудь типа 350, либо, если столько нет, то пытаться либо уменьшать MAXVEC (по дефолту 50), либо уменьшать NSTATE. Из этого лога можно прикинуть, сколько один вектор весит: требуемое количество памяти делить на MAXVEC*NSTATE. Плохие новости в том, что если векторов будет мало, то тд-дфт расчет может не сойтись даже до дефолтных критериев сходимости. Короче, играйтесь)
Мы не любим успокоительные иллюзии и сказки на ночь.Мы любим газовые атаки и механические марши железных солдат.Однажды,когда после ежедневной предательской работы на этот мир вы ляжете в свои мягкие кроватки,мы пожелаем вам страшной ночи и атомной войны.

Fanfate
Сообщения: 106
Зарегистрирован: Вс мар 17, 2013 1:38 pm

Re: TD DFT

Сообщение Fanfate » Чт ноя 27, 2014 7:48 am

Shorku писал(а):По поводу памяти: надо либо mwords задать что-нибудь типа 350, либо, если столько нет, то пытаться либо уменьшать MAXVEC (по дефолту 50), либо уменьшать NSTATE. Из этого лога можно прикинуть, сколько один вектор весит: требуемое количество памяти делить на MAXVEC*NSTATE. Плохие новости в том, что если векторов будет мало, то тд-дфт расчет может не сойтись даже до дефолтных критериев сходимости. Короче, играйтесь)
Там и так NSTATE 5 поэтому его точно лучше не понижать. А вот MAXVEX можно до 10 ниже сделать и потом просто ещё раз запустить скопировав $TDVEC (или как их там) и соответствующий флажок в $TDDFT (надо инструкцию глянуть, помню ток для $CIS RDCISV=.T.)
Но вообще это не так много даже для персонального компьютера: 1 гБ RAM примерно равно 125 миллионам слов. то есть 4 гб хватит вполне.
Что касается кластера, то стоит сначала проверить задачу EXETYP=CHECK сколько она всего потребует и запустить по минимуму.

Скажите пожалуйста, что это за базис меня смущают водороды коэффициенты поляризационных функций такие же как у азота и углерода. (Обычно не так)

Аватара пользователя
AlexKsen
Сообщения: 524
Зарегистрирован: Пн мар 07, 2011 8:43 am

Re: TD DFT

Сообщение AlexKsen » Чт ноя 27, 2014 12:39 pm

Спасибо всем за советы. Попробую все учесть. Базис Def2-SVP

[ Post made via iPhone ] Изображение

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 9855
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: TD DFT

Сообщение Гесс » Чт ноя 27, 2014 3:07 pm

AlexKsen писал(а):Базис Def2-SVP
Че то некрафтится каменный цветок: вторая колонка не соответствует тому что предлагает bse.pnl.gov ни для водорода ни для углерода.
Или это фишка Гамесса?

Аватара пользователя
AlexKsen
Сообщения: 524
Зарегистрирован: Пн мар 07, 2011 8:43 am

Re: TD DFT

Сообщение AlexKsen » Вт дек 02, 2014 8:45 am

Всем большое спасибо за помощь!

Аватара пользователя
AlexKsen
Сообщения: 524
Зарегистрирован: Пн мар 07, 2011 8:43 am

Re: TD DFT

Сообщение AlexKsen » Сб дек 20, 2014 8:12 am

Коллеги, я опять к Вам за советом. Взгляните, пожалуйста, почему слетел расчет! И подскажите, что с этим можно сделать. Спасибо!
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1669
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: TD DFT

Сообщение amge » Сб дек 20, 2014 3:12 pm

Памяти точно хватает? top на нодах смотрели?
Недавно столкнулись с ситуацией, когда гамесс вылетал из-за отжирания памяти, превышающее лимит, заданный через qsub. При этом в output-файле не было даже намека на нехватку памяти.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 5 гостей