Gaussian под linux

[Beiri]

Приветствую вас дорогие форумчане Решил поставить linux ради gaussian`a
Проблема в том что я не могу его запустить,буду точнее, не знаю как.
прошу помощи разобраться с этим недугом.

Код: Выделить всё

tp://ftp.srce.hr/redhat/intern/el6/x86_64/

gaussian09-em64t-sse4_2-D-01.x86_64.rpm вот этот архив выбрал
использую openSUSE 13.2 KDE

[Shorku]

Ну Вы это, точне, еще точнее. У вас не получается установить его, или не получается запустить, или запустить получается, но работает с ошибками?

[Beiri]

установка прошла, не получается сам запуск.
Выглядит это так. Поставил я .rpm пишет что установка прошла. А что делать дальше? ярлыка нет) ни чего нет.
Пока нашел только вот это. http://www.destructio.ru/2009/08/gaussian_08-html/

[Shorku]

установка прошла, не получается сам запуск.
Выглядит это так. Поставил я .rpm пишет что установка прошла. А что делать дальше? ярлыка нет) ни чего нет.
Пока нашел только вот это. http://www.destructio.ru/2009/08/gaussian_08-html/

Тут прошу меня извинить, гауссианом не пользовался, но могу предположить, что так же, как и любой другой софт такого рода, его можно бодренько запусиить из терминала. Порядок команд лучше уточнить у гугла, но наверняка что-нибудь в духе g09 myjob.inp myjob.out или как-то так

[ Post made via Android ]

[Beiri]

Ладно) буду разбираться. Спасибо за ответ

[Гесс]

команда g09 из терминала вообще как то распознается? Я не ставил гауссиан на линукс сам, но в большинстве мест где я его видел он работает либо по g09 inputname [nodename] либо с предварительным чем то типа module load gaussian (в том месте все программы запускаются так, я не интересовался как почему и зачем это сделано). Если есть гаусвьювер под линукс то попробуйте его поставить и указать где живет сам гауссиан, тады будет вам иконка. А вообще я с линуксом работаю только через командную строку.

[Beiri]

а как узнать, где он живет?

[Shorku]

Куда установили, там и живет. Ну можно воспользоваться поиском из файлового менеджера или терминала

[ Post made via Android ]

[Гесс]

cd /
find . -name g09
может занять некоторое время.

[Beiri]

нашел. Теперь вопрос как его запустить.
Ну и какая прога лучше подойдет для визуализации?
Ручками писать зет-матрицы ну совсем не хорошо
Chemcraft и его аналоги подойдут?
Путь выглядить как ./usr/local/chem/g09-64-D01

[Shorku]

Для визуализации, очевидно, лучше родной гаусс-вью, если оный куплен. Кемкрафт удобный, но если Вам так дороги зэд-матрицы, то, возможно, это не лучший выбор. Запускать- либо из терминала, либо, как говорят товарищи, из гаусвью.

[ Post made via Android ]

[Гесс]

нашел. Теперь вопрос как его запустить.
Ну и какая прога лучше подойдет для визуализации?
Ручками писать зет-матрицы ну совсем не хорошо
Chemcraft и его аналоги подойдут?
Путь выглядить как ./usr/local/chem/g09-64-D01

вы таки g09 test.com поробовали? и что он сказал? (можно вместо com gjf)
Кемкрафт умеет строить зетматрицы и меня этот вариант устраивает. Вообще визуализаторов хоть попой кушай, воспринимающих гаусовы аутпуты среди них очень много. Можно еще глянуть Авогадро, Габэдит, Кемофис3Д, но мне обычно хватает кемкрафта.

[Shorku]

вы таки g09 test.com поробовали? и что он сказал? (можно вместо com gjf)
Кемкрафт умеет строить зетматрицы и меня этот вариант устраивает. Вообще визуализаторов хоть попой кушай, воспринимающих гаусовы аутпуты среди них очень много. Можно еще глянуть Авогадро, Габэдит, Кемофис3Д, но мне обычно хватает кемкрафта.

Как-то раньше кемкрафт работал с матрицами через одно место. Ну, или я просто не умею его готовить)

ЗЫ ТС, если уж Вы поставили себе линукс, привыкайте работать с консолью без GUI, гауссиан- это скорее исключение из правил, чаще всего ярлычка и кнопочки запустить не бывает, и не то чтобы это сильно портило жизнь)

[Гесс]

Как-то раньше кемкрафт работал с матрицами через одно место. Ну, или я просто не умею его готовить)

билд 315 работает и имхо вполне пристойно:
Tools Build Z-matrix Gaussian format
клацнуть первый атом клацнуть второй атом клацнуть первый атом для задания первой координаты клацнуть третий атом клацнуть один из ранее выделенных атомов для задания расстояния клацнуть неклацнутый для задания угла повторить для четвертого атома с указанием диэдральника повторять пока собаки не устанут PROFIT.

[Гесс]

ЗЫ ТС, если уж Вы поставили себе линукс, привыкайте работать с консолью без GUI, гауссиан- это скорее исключение из правил, чаще всего ярлычка и кнопочки запустить не бывает

К сожалению да.
Правда вьювер некоторых программ позволяет создавать инпуты, но их всеравно зачастую приходится допиливать вручную.
Гаусвьювер для Гауссиана, ТмольХ для турбомоля, GV и еще какая то хрень для Молкаса, IQmol для Q-Chema, Материалстудия для включенных в нее пакетов.

[Beiri]

вот скрин того, что мне удалось сделать

[uchebnik fiziki]

1. Не работайте под рутом.
2. export PATH=$PATH:/your/path/to/executable
3. g09

[Beiri]

мои знания в линуксе очень скудны. Будьте любезны, подробнее опишите порядок действий.

[uchebnik fiziki]

Пожалуйста, прочитайте любое руководство по использованию bash. Там используются ровно те же функции, что и в виндовой консоли, и в консоли макоси, только некоторые из них по-другому называются.

[Гесс]

Пожалуйста, прочитайте любое руководство по использованию bash.

А это точно баш? Собственно это не так много меняет.

cd /usr/local/chem/g09-64-D01/
vi testalex.com
откроется окно vi, скопируйте в него (как vi пользоваться знаете?)

Код: Выделить всё

$RunGauss
%chk=testalex.chk
# RHF/6-31G* Name=Alex

Likwid

0 1
H 0.000000000 0.000000000 0.000000000
H 1.000000000 0.000000000 0.000000000

После последней заполненной строки должно остаться две пустые строки.
Закройте сохранив и вбивайте дальше в терминал

ls
export PATH=$PATH:/usr/local/chem/g09-64-D01/
echo $PATH
g09 testalex.com

Покажите что скажет.