[Guide]Изображения молекулярных орбиталей в gOpenMol

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Аватара пользователя
AK-87
Сообщения: 9
Зарегистрирован: Пн сен 19, 2011 8:18 am

[Guide]Изображения молекулярных орбиталей в gOpenMol

Сообщение AK-87 » Пн ноя 02, 2015 1:32 pm

Допустим, нам нужно получить картинки молекулярных орбиталей в программе gOpenMol исходя из результатов расчетов в Gaussian. Почему именно в gOpenMol? Да, есть много других программ (Gabedit, Avogadro, Jmol наконец), в которых картинки можно сделать гораздо быстрее и проще. Но... не красивее. Количество настроек изображения в gOpenMol превосходит другие известные мне программы. Можете предложить получше? Милости просим.
Итак, по шагам:
1) Подготавливаем .fchk-файл. Для этого нужен .chk-файл.

Код: Выделить всё

formchk 1.chk
Для gOpenMol-2.32 нужен fchk-файл, сделанный в Gaussian 03. Файл, полученный после расчета в 9-м гауссиане приводит к зависанию сей древней программулины.
2) Запускаем gOpenMol и открываем Tools>Plugins>FCHK Handling. В открывшемся окне жмем Browse и выбираем наш .fchk-файл. Затем нажимаем кнопку Load. Получаем вот такое:
fchk.png
3) Выставляем все 3 Grid Parameters на 60 (для более гладких поверхностей). Нажимаем Reset Grain.
4) Ставим точку напротив Use selected orbital и выбираем нужную орбиталь. Звездочкой в списке обозначаются заполненные орбитали (внезапно). Список отсортирован по возрастанию энергии. Затем нажимаем Calculate Grid.
Этот пункт можно повторить столько раз, сколько орбиталей нам нужно отобразить для данной молекулы.
5) Закрываем окно, нажав кнопку Dismiss.
6) Изменим цвет фона в окне со структурой на белый. View>Background color>Color. Выбрать белый и нажать ОК.
7) Изменим стиль отображения молекулы на "balls and sticks". View>Atom type (Внезапно). В открывшемся окне выбираем Licorice. Поменяем толщину цилиндров связей на 0.15 в поле Cyl. rad. Нажмем Apply и закроем окно.
8) Наконец, приступим к отображению орбитали. Plot>Contour. Откроется вот такое окно:
contour.png
Орбитали будут отображаться в верхнем списке. Выберем одну из них.
9) В окне Define contour levels поставим две величины в первой и второй строке. Для этого случая подходящими оказались 0.04 и -0.04.
10) Выберем цвета для положительных и отрицательных областей. Мне нравятся темно-синий и серый.
11) Нажмем Apply.
mo-1.png
12) Еще не все, придется попотеть. Нажмем кнопку Details... возле строки со введенным числом в окне Define contour levels и в появившемся окне выставим настройки так, как на картинке:
contour_details.png
13) После ввода настроек в каждом маленьком окне нажмем Apply и закроем окно. Повторим ту же операцию для второй строки.
14) Почти готово. Теперь расположим нашу молекулу так, как нужно для финального изображения. Помним, что 3D-вращения производится с нажатой левой кнопкой мыши, масштабируем с нажатой правой, а вращаем в плоскости с нажатым колесиком. Размер полученного файла будет совпадать с размером экрана, так что сделаем молекулу как можно больше. Если нужно центрировать структуру, выбираем Edit>Rotate/Translate и в появившемся окне переместим молекулу на нужное расстояние по нужной оси в разделе Translation.
15) Сохраним изображение. File>Hardcopy... Выбираем BMP, указываем имя и расположение файла, нажав кнопку Browse и сохраняем нажатием Apply.
Готово. Вы восхитительны!
homo_h2o.png
Для удаления отображенной орбитали удалим 0.04 и -0.04 в окне Contour Control и нажмем Apply. Затем поставим точку напротив следующей орбитали и повторим пункты 9-15.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 12217
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: [Guide]Изображения молекулярных орбиталей в gOpenMol

Сообщение Гесс » Пн ноя 02, 2015 1:59 pm

:up: :up: :up:
AK-87 писал(а):Для gOpenMol-2.32 нужен fchk-файл, сделанный в Gaussian 03. Файл, полученный после расчета в 9-м гауссиане приводит к зависанию сей древней программулины.
То есть синглпоинт должен быть из третьего гауссиана или достаточно formchk использовать древний? Или formchk с годами не менялся?

Аватара пользователя
surius
Сообщения: 1477
Зарегистрирован: Пт сен 21, 2007 11:20 am

Re: [Guide]Изображения молекулярных орбиталей в gOpenMol

Сообщение surius » Пн ноя 02, 2015 2:24 pm

Гесс писал(а):Или formchk с годами не менялся?
вот .fchk они слава богу не трогали, совсем, и fchk от G98 вы можете его хоть сейчас скормить G09
"Bite my shiny metal ass"
Bender

Аватара пользователя
AK-87
Сообщения: 9
Зарегистрирован: Пн сен 19, 2011 8:18 am

Re: [Guide]Изображения молекулярных орбиталей в gOpenMol

Сообщение AK-87 » Пн ноя 02, 2015 2:25 pm

Гесс писал(а):То есть синглпоинт должен быть из третьего гауссиана или достаточно formchk использовать древний? Или formchk с годами не менялся?

Код: Выделить всё

 Read checkpoint file h2o.chk
 Write formatted file h2o.fchk
 Operation on file out of range.
Такое получается, если chk из G09 насиловать formchk`ом G03, и наоборот. По-видимому, утилиту переписали при переходе на новую версию Гаусяна.

Код: Выделить всё

 diff formchk /opt/g03/formchk
Binary files formchk and /opt/g03/formchk differ

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: YuraM и 3 гостя