Взаимодействие молекул

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Yeugen2018
Сообщения: 188
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Сб авг 04, 2018 10:13 am

Если так, подойдет?
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11084
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Гесс » Сб авг 04, 2018 10:30 am

Гесс писал(а):
Сб авг 04, 2018 9:56 am
Длина O7-H9, H9-O46, O46-H47 примерно одинаковая, где то около 1.25-1.3
В остальном да, расположение атомов нормальное. А вот замораживать чтолибо я не предлагал. Либо обрезать с заменой на простейгие заместители либо оптимизировать как есть. Но не замораживать!

Yeugen2018
Сообщения: 188
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Сб авг 04, 2018 10:38 am

Гесс писал(а):
Сб авг 04, 2018 10:30 am
Но не замораживать!
С прошлой оптимизации еще не убрал "-1"

Yeugen2018
Сообщения: 188
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Чт авг 09, 2018 9:40 pm

Добрый вечер!
Получилось вот такое ПС, но IRC не проходит (ограничение по количеству шагов). Если использовать его в качестве основы? А то не пойму оно подходит или нет (перенос протона H12 от N9 к О10 будет ли осуществляться).
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11084
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Гесс » Чт авг 09, 2018 9:55 pm

скорее всего будет. Движение H17 довольно многообещающее, азот пирамидализнется. Если в IRC нехватает шагов - их можно добавить.
Ну либо вместо IRC провести оптимизацию из смещенной геометрии в минимум.

* "oт О10 к N9"

Yeugen2018
Сообщения: 188
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Yeugen2018 » Чт авг 23, 2018 8:39 am

Доброе утро! Подскажите пожалуйста по умолчанию при каких условиях происходят расчеты оптимизации в Gaussian и как они задаются в кейвордах? Спасибо!

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11084
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Взаимодействие молекул

Сообщение Гесс » Чт авг 23, 2018 9:38 am

Оптимизация игнорирует понятие температуры поэтому можно считать что при 0 кельвинов.
Термохимия считается по умолчанию при 298.15 кельвинах. Модифицируется http://gaussian.com/temp/
Для индивидуальных молекул понятие давления не имеет смысла.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 2 гостя