Править структуру P450 в Spartan-e.

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Paul_Atreides
Сообщения: 42
Зарегистрирован: Сб мар 17, 2018 11:27 am

Править структуру P450 в Spartan-e.

Сообщение Paul_Atreides » Вс авг 05, 2018 11:04 pm

Приветствую!
Для нужд докинга, требуется навесить кислород, на атом железа, в структуре цитохрома P450BM3:

https://www.rcsb.org/structure/1jpz

Мне посоветовали сделать это в Spartan. Скачал и установил его, но вот править эту структуру никак не выходит.
Будьте добры и ткните меня нуба, как это делается.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11084
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Править структуру P450 в Spartan-e.

Сообщение Гесс » Вс авг 05, 2018 11:25 pm

Я не работаю с белками или со спартаном, и мне много чего непонятно в вопросе.
1) спартан это всетаки расчетный код. Если надо воткнуть атом в некоторое место логично это делать в каком то визуализаторе. Можно например в Кемкрафте, он правда железо в структуре опознает как фтор, но достаточно визуализировать Mol3 и будет ясно куда тыкать.
Из софта заточенного под полипептиды мне понравился когда то SwissParam, но у меня его (за ненадобностью) нет установленного поэтому проверить не могу.
2) или таки потом надо переоптимизировать? все на форсфилде или ониом с порфириновыми фрагментами на ДФТ? Тогда возможно спартан имеет смысл.

Paul_Atreides
Сообщения: 42
Зарегистрирован: Сб мар 17, 2018 11:27 am

Re: Править структуру P450 в Spartan-e.

Сообщение Paul_Atreides » Вт авг 07, 2018 10:22 am

Гесс писал(а):
Вс авг 05, 2018 11:25 pm
Я не работаю с белками или со спартаном, и мне много чего непонятно в вопросе.
1) спартан это всетаки расчетный код. Если надо воткнуть атом в некоторое место логично это делать в каком то визуализаторе. Можно например в Кемкрафте, он правда железо в структуре опознает как фтор, но достаточно визуализировать Mol3 и будет ясно куда тыкать.
Из софта заточенного под полипептиды мне понравился когда то SwissParam, но у меня его (за ненадобностью) нет установленного поэтому проверить не могу.
2) или таки потом надо переоптимизировать? все на форсфилде или ониом с порфириновыми фрагментами на ДФТ? Тогда возможно спартан имеет смысл.
Добавил кислород в программе chemcraft, пытаюсь сохранить в формате XYZ, но при открытии haem domainн бообще исчезает. Не понимаю, что я делаю не так...
3B74C853-C6B8-4846-8D21-8D213CF8E60C.jpeg
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
uchebnik fiziki
Сообщения: 4244
Зарегистрирован: Пн авг 20, 2012 9:04 pm

Re: Править структуру P450 в Spartan-e.

Сообщение uchebnik fiziki » Вт авг 07, 2018 3:18 pm

Простите, а какой такой докинг вы собираетесь делать, что вам спартан нужен? Чем не устраивает более традиционный код для докинга?

Для модификаций удобно использовать Химеру.
Свобода, равенство, братство.

Или смерть.

Paul_Atreides
Сообщения: 42
Зарегистрирован: Сб мар 17, 2018 11:27 am

Re: Править структуру P450 в Spartan-e.

Сообщение Paul_Atreides » Вт авг 07, 2018 4:39 pm

uchebnik fiziki писал(а):
Вт авг 07, 2018 3:18 pm
Простите, а какой такой докинг вы собираетесь делать, что вам спартан нужен? Чем не устраивает более традиционный код для докинга?

Для модификаций удобно использовать Химеру.
Докинг делается в автодок вина, а в спартане мне посоветовали добавить кислород к железу.
В химере мне не удалось установить кислород на железо. Если вас не затруднит, вы не могли бы подсказать, как конкретно это делается?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11084
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Править структуру P450 в Spartan-e.

Сообщение Гесс » Вт авг 07, 2018 5:47 pm

Paul_Atreides писал(а):
Вт авг 07, 2018 10:22 am
но при открытии haem domainн бообще исчезает.
не то чтобы я в этом разбирался, но если вам нужно иметь на выходе формат читаемый автодоком, причем правильно читаемый, и исходный формат - "правильный" - то сохранять нужно сохраняя максимум исходной инфы и по возможности в том же формате. Сохранение в XYZ явно тупиковый путь, там нет никакой информации о доменах и чем либо еще, там только голые координаты.

Paul_Atreides
Сообщения: 42
Зарегистрирован: Сб мар 17, 2018 11:27 am

Re: Править структуру P450 в Spartan-e.

Сообщение Paul_Atreides » Вт авг 07, 2018 6:26 pm

Гесс писал(а):
Вт авг 07, 2018 5:47 pm
Paul_Atreides писал(а):
Вт авг 07, 2018 10:22 am
но при открытии haem domainн бообще исчезает.
не то чтобы я в этом разбирался, но если вам нужно иметь на выходе формат читаемый автодоком, причем правильно читаемый, и исходный формат - "правильный" - то сохранять нужно сохраняя максимум исходной инфы и по возможности в том же формате. Сохранение в XYZ явно тупиковый путь, там нет никакой информации о доменах и чем либо еще, там только голые координаты.
Я не нашел опции сохранения в виде.pdb в Кемкрафте =((

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11084
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Править структуру P450 в Spartan-e.

Сообщение Гесс » Вт авг 07, 2018 6:42 pm

Я подозреваю что вам не просто надо воткнуть атом по координатам но и обозначить его в определенный домен. (Указание на автодок и домены появились после предложения кемкрафта). Я не уверен каким софтом это надо делать. Но посмотрите действительно Chimera и VMD.

Аватара пользователя
uchebnik fiziki
Сообщения: 4244
Зарегистрирован: Пн авг 20, 2012 9:04 pm

Re: Править структуру P450 в Spartan-e.

Сообщение uchebnik fiziki » Вт авг 07, 2018 7:55 pm

Paul_Atreides писал(а):
Вт авг 07, 2018 4:39 pm
Докинг делается в автодок вина, а в спартане мне посоветовали добавить кислород к железу.
Не слушайте дурных советов. Делайте всё в MGLTools, при всей их некрасивости все нужные инструменты там имеются.

Только помните, что серьёзного учёта влияния гема в вине, как и в автодоке, нет. Так что если с кислородом ничего не взаимодействует, его можно не добавлять.
Свобода, равенство, братство.

Или смерть.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 3 гостя