База стандартных входных файлов для расчётов разных типов

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 524
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

База стандартных входных файлов для расчётов разных типов

Сообщение Vit Nhoc » Сб авг 11, 2018 6:08 pm

В блоге Chemcraft я писал, что решил не внедрять в программу GUI для генерации входных файлов, а вместо этого зарегистрированные пользователи могут скачать большой архив с набором типовых входных файлов для разных расчётов разными программами:

http://simplecompchem.blogspot.com/2016 ... i-for.html

Со мной знакомые соглашались, что лучше иметь под рукой такой архив и модифицировать файлы из него, чем использовать какие-нибудь GUI.
Я писал что прошу прислать мне свои файлы, чтобы дополнить этот архив, и за эту помощь я предлагаю бесплатную лицензию. До сих пор никто не откликнулся. Почему?
Я могу сделать email-рассылку пользователям Chemcraft, предлагая им продление лицензии за присылание мне новых файлов для этого архива. Как думаете, получится из этого что-нибудь?
Эта идея возникла в связи с другой, более масштабной идеей: провести среди пользователей Chemcraft свой опрос, аналогичный Marcel Swart DFT Poll. Пока не знаю, принесёт ли мне это какую-то выгоду.

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 936
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: База стандартных входных файлов для расчётов разных типов

Сообщение Shorku » Сб авг 11, 2018 11:21 pm

Для ORCA это бессмысленно, кмк. В мануале есть примеры входных файлов почти всех базовых типов расчетов. Там можно просто по мануалу идти и дергать инпуты.
Мы не любим успокоительные иллюзии и сказки на ночь.Мы любим газовые атаки и механические марши железных солдат.Однажды,когда после ежедневной предательской работы на этот мир вы ляжете в свои мягкие кроватки,мы пожелаем вам страшной ночи и атомной войны.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 10907
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: База стандартных входных файлов для расчётов разных типов

Сообщение Гесс » Сб авг 11, 2018 11:45 pm

Плю еще https://sites.google.com/site/orcainputlibrary/

для васпа инпуты идут на их сайте.
для гауссиана рассыпаны по всему инету, в частности на резерчгейте.
для природы чтото есть тут http://limor1.nioch.nsc.ru/quant.html но вцелом ввиду отсутствия мануала любое изменение инпута может приводить к непредскауемым последствиям.

Опрос - тоже сомнительно. Ну вот нравятся допустим Shorku M06, Droog Andrey PBE0, а мне B3LYP. И что из этого следует? На мой взгляд ничего. Из такого опроса нельзя ничего сказать ни о "что есть хорошо а что не очень" "в среднем по больнице", ни даже о применимости под конкретные задачи, разве что под каждую задачу делался изнурительный бенчмарк (который другие всеравно смогут раскритковать).

YuraM
Сообщения: 374
Зарегистрирован: Пн ноя 26, 2007 11:07 pm

Re: База стандартных входных файлов для расчётов разных типов

Сообщение YuraM » Вс авг 12, 2018 7:24 am

как мне кажется - выгоду Вам принесет публикация вашей программы в англоязычном reputed журнале, и если пользователи начнут ссылаться на вашу работу через статью. Согласен с мнением выше - опросы бессмысленны, мы, все-таки точной наукой занимаемся. В таких вещах надо смотреть benchmarks по интересующих Вас свойствам и системам.
Кто смел тот и съел

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 524
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: База стандартных входных файлов для расчётов разных типов

Сообщение Vit Nhoc » Вс авг 12, 2018 8:30 am

Насчёт опросов я планирую написать на CCL. Их преимущество перед анализом цитированности в том, что в опросе можно и "лайкать", и "дислайкать", в то время как ситирование основано на анализе только "лайков" и "репостов".

Вот пример сообщения на CCL от Susi Lehtola (по поводу Marsel Swart DFT Poll):
But then again, everyone knows that B3LYP in chemistry and PBE in
physics are the most widely used methods.

In contrast, if you look at anything newer then the citations should be
there. Counting citations is still more scientific than polling a random
bunch of people which functional(s) do they like. That's a self-feeding
loop: B3LYP is popular, because B3LYP is popular, because ...
Это называется "Эффект Матфея" ("Имущему прибудет, у неимущего отнимется и то что он имел" - из библии). Это очень распространённое явление во всех сферах жизни. И бороться с этим как раз помогают опросы, если в них есть дислайки: соотношение лайков и дислайков часто более надёжно характеризует функционал, чем просто количество лайков.
Когда химик проводит расчёт и получает публикабельные данные (есть согласие с экспериментом), он это публикует, а когда нет согласия с экспериментом, он кладёт результаты в стол. Т.е. анализируя статьи, можно набирать только лайки, но редко дислайки. Опрос как раз позволяет собрать дислайки с большого количество людей.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 10907
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: База стандартных входных файлов для расчётов разных типов

Сообщение Гесс » Вс авг 12, 2018 9:40 am

Допустим одну и ту же задачу решают иванов, петров и сидоров (что уже довольно абсурдно). Все они используют свои любимые функционалы и получают какие то публикабельные данные (насколько то совпадающие с экспериментом или с их ожиданиями). Так как методы не сравнивалсь между собой - какой из них обьективно лучше не знает никто из троих и никто в мире. Но каждый продолжает любить и хвалить свой функционал. С другой стороны минусы тоже можно заработать немотивированно - запихнул человек 800 атомную молекулу на Б3ЛИП с cc-pvtz базисом на 8-ядерную машину, а оно взяло и упало. Кто виноват? правильно, B3LYP...

kbob
Сообщения: 696
Зарегистрирован: Сб окт 17, 2009 9:48 am

Re: База стандартных входных файлов для расчётов разных типов

Сообщение kbob » Пн авг 13, 2018 10:21 am

Vit Nhoc писал(а):
Сб авг 11, 2018 6:08 pm
Я писал что прошу прислать мне свои файлы, чтобы дополнить этот архив, и за эту помощь я предлагаю бесплатную лицензию. До сих пор никто не откликнулся. Почему?
Скачиваю файл, вижу какой-то пароль, все дальше меня это тема не интересует.

Почему,
во-первых есть мануалы и форумы техподдержки где для каждой программы и последней ее версии помогут написать инпут,
во-вторых даже я захочу сэкономит 1 день моего времени на чтении мануала или ожидании ответа на форуме, как мне проверить каково качество материала в архиве и какой версии программы он соответствует?
If you are not part of the solution, you are part of the precipitate.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 524
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: База стандартных входных файлов для расчётов разных типов

Сообщение Vit Nhoc » Пн авг 13, 2018 12:53 pm

пароль 112233
Посмотрите ещё раз
Может быть, я тогда сделаю бесплатным (открытым), например архив только со входными файлами, а для зарегистрированных пользователей будет также доступен архив с выходными файлами. Или ещё как-то разделю бесплатную и платную базу.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 2 гостя