Программы для спектроскопистов

обсуждение вопросов физической химии и химической физики
physical chemistry and chemical physics: discussions for professionals
Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 550
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Программы для спектроскопистов

Сообщение Vit Nhoc » Вс авг 19, 2018 8:31 pm

Здравствуйте,
Я хотел бы спросить спектроскопистов и прочих экспериментаторов, могу ли я внедрить в мою программу Chemcraft новые возможности, полезные для них.
Например такую: подсчёт интегральной площади пика на спектре. Предположим, у нас есть такой спектр:
ir1.JPG
Программа позволит вручную указать границы, по которым проводится подсчёт площади, и какие-то характеристики базовой линии (основания, или как она называется в спектроскопии), от которой идёт отсчёт высоты пика в каждой точке:
ir1_withbase.JPG
Я думаю, эту базовую линию в каждом случае нужно будет рисовать по-своему, тут нужна ручная настройка и визуализация.
Другая возможность – быстрый подсчёт пиков в ЯМР-спектре. Тут, наверно, мне нужно будет много разбираться; вопрос в том, устраивают ли химиков возможности уже имеющихся программ.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 550
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Программы для спектроскопистов

Сообщение Vit Nhoc » Вс авг 19, 2018 8:33 pm

Не получается добавить две картинки в пост, вот вторая картинка:
ir1_withbase.JPG
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

himdim2012
Сообщения: 824
Зарегистрирован: Сб фев 04, 2012 4:20 pm

Re: Программы для спектроскопистов

Сообщение himdim2012 » Вс сен 09, 2018 12:32 am

:offtop: а вы не думали под свой Chemcraft привязать тему с искусственным интеллектом и/или нейросетями? Тема модная нынче...Поучилась бы она и сама без расчетов начала бы рисовать молекулы и спектры, а там не далеко и до свойств веществ :)
- Вас Кузьмой зовут?
- Кузенькой, можно Кузькой, маленький я ещё, семь веков всего, восьмой пошел.

Из м/ф "Домовенок Кузя"

chemigor
Сообщения: 310
Зарегистрирован: Вс июн 21, 2015 5:29 pm
Контактная информация:

Re: Программы для спектроскопистов

Сообщение chemigor » Чт окт 11, 2018 9:10 pm

Полуофф, а можно шепотом, чтоб не побили, а на обычных ЯМРах, базовая линия сильно плывет, что корректировка нужна, или только вблизи пика сольвента?

В моем ЯМРе у меня, к сожалению, плывет, но я ее многомерностью удаляю, и, плывет она из-за типа эксперимента, что я делаю. На 600-900ках то, что приходило мне на обработку там не до базовой линии было, только многомерные замесы и, из-за этого я не знаю как обычно у других бывает, так как нету под рукой Магретека или Оксфорда на перманентных магнитах.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 550
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Программы для спектроскопистов

Сообщение Vit Nhoc » Чт окт 11, 2018 10:32 pm

chemigor

Я не очень понял ваш вопрос. В моём примере, как видно, базовая линия плывёт везде. Это какие-то студенты снимали. Я к сожалению не знаток в ЯМР, и не знаю насколько такое распространено.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11074
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Программы для спектроскопистов

Сообщение Гесс » Чт окт 11, 2018 11:18 pm

Выше ИК

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 550
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Программы для спектроскопистов

Сообщение Vit Nhoc » Пт окт 12, 2018 12:22 am

Ой, ну да.
С ЯМР я не помню, чтобы у меня была задача проведения линии фона и подсчёта площади пика. Но с ЯМР много своих заморочек, насколько хватает возможностей имеющихся программ?

chemigor
Сообщения: 310
Зарегистрирован: Вс июн 21, 2015 5:29 pm
Контактная информация:

Re: Программы для спектроскопистов

Сообщение chemigor » Пт окт 12, 2018 4:16 pm

Спасибо больше за ответы!

Я в общем спрашивал, больше как софтописатель, а не как юзер, а, так как пока имею опыт только своих данных с ЯМРа и видел то, что делается на очень сильных магнитах, просто любопытствую как бывает у других.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11074
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Программы для спектроскопистов

Сообщение Гесс » Пт окт 12, 2018 4:36 pm

Если мы про окончательный вид спектра (а не про всякое фурье) то там обычно в центральной части базовая линия вполне горизонтальная если вещество не из канавы а у оператора руки не из жопы, даже на 40-вках. В прогах типа Topspin есть утилиты для игр с базовой линией. Но я ЯМР софтом в последний раз пользовался лет 10 назад.

chemigor
Сообщения: 310
Зарегистрирован: Вс июн 21, 2015 5:29 pm
Контактная информация:

Re: Программы для спектроскопистов

Сообщение chemigor » Пт окт 12, 2018 5:02 pm

Спасибо Гесс, я примерно такое же раньше тоже видел на 600-900, и, по началу базовой линией заморачиваться не собирался.

Да, я именно про окончательный вид спектра имел ввиду.

Если брать не дейтерированные сольвенты, то одномерные спектры в районе пиков воды имеет сказочную базовую линию, но она-то идеально вытаскивается второй размерностью (NOESY или HSQC) или градиентом по концентрации, что собственно у меня и делается.

Также из-за того, что в свое время делал пик-пикинг в хроматографии, могу на раз подцепить свой же софт по вытаскиванию пиков на плывущей базовой линии. Вот необходимость в этом у меня пока вызывала сомнения, а увидев тут выше такую замечательную картинку решил спросить на всякий случай.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11074
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Программы для спектроскопистов

Сообщение Гесс » Пт окт 12, 2018 5:35 pm

Не, где то в районе 2005-2010 я видел несколько спектров где скажем мультиплет в районе ароматики превращался в единый горб и уходил в слабое поле пологой гиперболой, но это не каждый день. Ну а негативные пики справа (опционально слева) от положительных я думаю всем знакомы, их нам оператор выкручивала до симметричного вида (40вка умела писать спектры только на бумагу, поэтому А3 и никаких этих ваших ненадежных электронных форматов и постобработки).

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 550
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Программы для спектроскопистов

Сообщение Vit Nhoc » Пт окт 12, 2018 6:13 pm

Скажите, насколько толков и продуман интерфейс для распознавания мультиплетов в современных ЯМР-программах?
Или распознавания мультиплетов вообще нет, а есть только распознавание отдельных пиков?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11074
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Программы для спектроскопистов

Сообщение Гесс » Пт окт 12, 2018 6:46 pm

10 лет назад такого небыло. Как сейчас не знаю, но я с большим подозрением отношусь к софту умнее меня. Расставить метку над каждым пиком проги умели уже тогда и я ни разу не видел чтобы эта опция давала какой то толковый результат на реальных ПМР. Я привык к спектрам до 300ок, и на мой взгляд если два дублета дублетов перекрываются то там уже ловить чтото проблемно. А обычно в мультиплеты набивается больше двух протонов.

Аватара пользователя
Vittorio
Сообщения: 14711
Зарегистрирован: Вс мар 25, 2007 2:33 am

Re: Программы для спектроскопистов

Сообщение Vittorio » Сб окт 13, 2018 12:02 am

Vit Nhoc писал(а):
Пт окт 12, 2018 6:13 pm
Скажите, насколько толков и продуман интерфейс для распознавания мультиплетов в современных ЯМР-программах?
Или распознавания мультиплетов вообще нет, а есть только распознавание отдельных пиков?
АСДЛабз умеет распознавать мультиплеты и считать кссв автоматом, но делает это не идеально. Идеально, подозреваю, сделать можно только вручную.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 550
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Программы для спектроскопистов

Сообщение Vit Nhoc » Сб окт 13, 2018 7:00 am

Vittorio писал(а):
Сб окт 13, 2018 12:02 am
Vit Nhoc писал(а):
Пт окт 12, 2018 6:13 pm
Скажите, насколько толков и продуман интерфейс для распознавания мультиплетов в современных ЯМР-программах?
Или распознавания мультиплетов вообще нет, а есть только распознавание отдельных пиков?
АСДЛабз умеет распознавать мультиплеты и считать кссв автоматом, но делает это не идеально. Идеально, подозреваю, сделать можно только вручную.
Там есть возможность выбрать между ручным/автоматическим распознаванием, скорректировать вручную автоматическое, настроить его?

Polychemist
Сообщения: 8930
Зарегистрирован: Вт дек 21, 2004 11:42 am

Re: Программы для спектроскопистов

Сообщение Polychemist » Сб окт 13, 2018 4:26 pm

Приведенный ИК интегрировать не надо, там по Y пропускание, а не поглощение, сначала надо сконвертировать. В своей программке я сделал интегрирование того интервала, что на экране и проведение базовой по самостоятельно расставляемым точкам, при этом базовая проводится либо сплайном, либо прямыми между точками. Мне (и моим сотрудникам) это кажется более адекватным, чем автоматические варианты.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 550
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Программы для спектроскопистов

Сообщение Vit Nhoc » Сб окт 13, 2018 6:49 pm

Polychemist писал(а):
Сб окт 13, 2018 4:26 pm
Приведенный ИК интегрировать не надо, там по Y пропускание, а не поглощение, сначала надо сконвертировать. В своей программке я сделал интегрирование того интервала, что на экране и проведение базовой по самостоятельно расставляемым точкам, при этом базовая проводится либо сплайном, либо прямыми между точками. Мне (и моим сотрудникам) это кажется более адекватным, чем автоматические варианты.
Я ведь тоже думаю о том, чтобы именно такой вариант реализовать в Chemcraft: ручное задание опорных точек для сплайна или полинома (хотя и автоматическое тоже можно, кому что понравится; в любом случае линия фона будет показана на общем графике). Вся "идеология" Chemcraft построена на таких принципах, а также на максимальной интеграции программы с другими, вроде Origin (например рассчитанный спектр с уширениями линий в Chemcraft можно через Clipboard скопировать в Origin/Excel).
И ещё хочу заодно задать очень сумбурный вопрос: не будут ли недовольны какие-нибудь пользователи, если программы вроде моей будут предлагать совсем уж широкий выбор сервисных утилит для чего угодно, из-за чего в научной работе станет ненужным умение программировать?

chemigor
Сообщения: 310
Зарегистрирован: Вс июн 21, 2015 5:29 pm
Контактная информация:

Re: Программы для спектроскопистов

Сообщение chemigor » Сб окт 13, 2018 11:17 pm

Vit Nhoc писал(а):
Сб окт 13, 2018 6:49 pm
И ещё хочу заодно задать очень сумбурный вопрос: не будут ли недовольны какие-нибудь пользователи, если программы вроде моей будут предлагать совсем уж широкий выбор сервисных утилит для чего угодно, из-за чего в научной работе станет ненужным умение программировать?
пока у Вас в софте не будет достаточных компонент искусственного интеллекта, которые бы смогли бы у Вашего пользователя самому вникнуть в его проблему, склассифицировать то, что надо решить, вывести необходимые математические формулы, на основе них все запрограммировать, обработать результаты химических экспериментов, а потом написать статью, что ни один рецензент не сможет докопаться, то можно об этом не беспокоиться.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 550
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Программы для спектроскопистов

Сообщение Vit Nhoc » Пн ноя 05, 2018 11:37 pm

Мне пришла в голову идея ещё одной утилиты.
Когда читаешь старые статьи, например с ИК-спектрами, часто в таблицах приводится не вся информация, которую видно на графике спектра. Например, там могут быть отдельные слабые частоты, не представленные в таблице. Тогда может потребоваться узнать частоту и интенсивность этих полос спектра.
А как узнать в цифрах положение полосы, если есть просто картинка? Тут можно, например, использовать линейку, приложив её к экрану. Конечно такой подход очень неудобный, проще иметь специальную программу. В этой программе вы через Clipboard вставите рисунок графика (скопированный через клавишу PrintScreen), далее кликнете на двух точках, для которых подписана абсцисса и ордината, и далее кликните на нужной точке, и программа пересчитает её координату.
Нужна кому-нибудь такая утилита?

Аватара пользователя
madschumacher
Сообщения: 732
Зарегистрирован: Ср авг 05, 2015 4:30 pm

Re: Программы для спектроскопистов

Сообщение madschumacher » Пн ноя 05, 2018 11:51 pm

Vit Nhoc писал(а):
Пн ноя 05, 2018 11:37 pm
Нужна кому-нибудь такая утилита?
Вообще такие утилиты существуют, и даже в некотором разнообразии (емнип, даже в Origin есть плагин для такого). Но если Вы сделаете интерфейс лучше, чем у них, то будет здорово.
Vit Nhoc писал(а):
Пн ноя 05, 2018 11:37 pm
В этой программе вы через Clipboard вставите рисунок графика (скопированный через клавишу PrintScreen), далее кликнете на двух точках, для которых подписана абсцисса и ордината, и далее кликните на нужной точке, и программа пересчитает её координату.
PrintScreen не очень хорошо, т.к. его разрешение фиксировано, а графики бывают весьма значительного размера/иметь некоторые детали, которые необходимо увеличивать. Поэтому в таких утилитах обычно сразу загружают исходник изображения (автоматически подразумевается чтение кучи разных форматов).
Вообще, из того, с чем лично я сталкивался, обычно самым фиговым является именно задание абсциссы и ординаты парой точек:
  • их можно не очень прямо поставить относительно оси (учитывая, что сканы могут быть весьма кривыми),
  • иногда расплывшиеся точки затрудняют постановку отметок на разных отметках на осях (лучше иметь возможность понаставить кучу точек в разных местах с разными значениями, а потом усреднить).
И да узрел Охламон, что сие есть круть несусветная!

Ответить

Вернуться в «физическая химия / physical chemistry»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 1 гость