Расчёт параметров кинетики роста бактерий

вопросы современной биологической химии, молекулярной биологии, химической энзимологии и смежных наук
biochem, molbio, chemical enzymology and related discussions for professionals
Ответить
Demiurg
Сообщения: 440
Зарегистрирован: Вт мар 09, 2010 3:33 pm

Расчёт параметров кинетики роста бактерий

Сообщение Demiurg » Вт мар 24, 2020 11:46 pm

Здравствуйте уважаемые участники форума!

Понимаю, что вопрос непрофильный для форума, в общем-то. Но просто не знаю куда ещё можно обратиться с моим вопросом (молбиол в последнее время совершенно деградировал).

На основании данных по измерению светорассеяния (длина волны - 600 нм) бактериальных суспензий нужно рассчитать параметры кинетики роста бактерий.
И если с кое-какими интересующими меня параметрами я уже разобрался (продолжительность лаг-фазы, время удвоения в экспоненциальной фазе роста, скорость роста в экспоненциальной фазе), то как рассчитать продолжительность экспоненциальной фазы роста (она же лог-фаза) я не знаю :dontknow:

Насколько мне известно готовых решений (реализованных в виде того или иного софта) для определения параметров бактериального роста не существует до сих пор (несмотря на полную теоретическую разработку этого вопроса). Да, есть всякие программки (реализованные либо на питоне, либо в командной строке), одной из которых я и пользуюсь. Но она как-раз таки не рассчитывает продолжительность лог-фазы роста...

Кинетические кривые, которые я получаю, имеют вид, как на рисунке. Интервал между измерениями составлял 15 мин.

Буду благодарен любой помощи!

Спасибо!
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
bigM
Сообщения: 1970
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2017 2:05 am

Re: Расчёт параметров кинетики роста бактерий

Сообщение bigM » Ср мар 25, 2020 12:10 am

если вы имеете в виду точку, где логарифмическая функция выйдет на плато, то я бы исходил из условия, что в точке перехода разница между значениями второй производной (ускорение в данной точке) от найденной логарифмической функции в точках tx и t(x-1) была равна нулю или мало от него отличалась.
Последний раз редактировалось bigM Ср мар 25, 2020 12:22 am, всего редактировалось 3 раза.
Не красота спасёт мир, а транквилизаторы.

Аватара пользователя
bigM
Сообщения: 1970
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2017 2:05 am

Re: Расчёт параметров кинетики роста бактерий

Сообщение bigM » Ср мар 25, 2020 12:13 am

собственно основная сложность знать основание логарифма...
Не красота спасёт мир, а транквилизаторы.

Demiurg
Сообщения: 440
Зарегистрирован: Вт мар 09, 2010 3:33 pm

Re: Расчёт параметров кинетики роста бактерий

Сообщение Demiurg » Ср мар 25, 2020 10:03 am

Спасибо!

Мне хотелось бы определить продолжительность фазы exponential (что на рисунке).

Логарифм в данном случае натуральный, с основанием 2,71828.

Ось Y также можно представлять в виде ln(Yi/Y0), т.е. виде нормированного значения ростового критерия (в моём случае ростовым критерием является измерение во времени значения OD 600). В этом случае кривые роста будут идти из начала координат, что облегчает их сопоставление.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
bigM
Сообщения: 1970
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2017 2:05 am

Re: Расчёт параметров кинетики роста бактерий

Сообщение bigM » Ср мар 25, 2020 6:10 pm

из вашего графика не следует, что экспоненциальный участок является экспоненциальной функцией. мне кажется, он линейный, а вся кривая напоминает сигма-функцию.
Не красота спасёт мир, а транквилизаторы.

Аватара пользователя
bigM
Сообщения: 1970
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2017 2:05 am

Re: Расчёт параметров кинетики роста бактерий

Сообщение bigM » Ср мар 25, 2020 7:06 pm

если допустить, что на этом интервале функция линейна (окололинейна), то первая производная меняться не будет (будет изменяться незначительно).
Не красота спасёт мир, а транквилизаторы.

Ответить

Вернуться в «биохимия и молекулярная биология / biochemistry and molecular biology»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 1 гость