GAMESS эффективность работы

вопросы строения молекул и квантовой химии
Закрыто
VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

GAMESS эффективность работы

Сообщение VTur » Пт авг 31, 2007 2:13 pm

При расчете больших молекул (блее 20 атомов), ангармонических колебаний и т.д. GAMESS вовсю елозит диск, при этом загрузка процессора не более 20%. При этом требует для работы несколько узлов. Как обратить ситуацию? 100% загрузки процессора, дисковое пространство не более 10GB на одном - двух узлах?

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 682
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Re: GAMESS эффективность работы

Сообщение Yurii » Пт авг 31, 2007 2:50 pm

VTur писал(а):При расчете больших молекул (блее 20 атомов), ангармонических колебаний и т.д. GAMESS вовсю елозит диск, при этом загрузка процессора не более 20%. При этом требует для работы несколько узлов. Как обратить ситуацию? 100% загрузки процессора, дисковое пространство не более 10GB на одном - двух узлах?
Ознакомтесь с темой "Применение Gaussian для расчета на 1 компе больших молекул" - там есть интересная информация и про gamess.

Marxist

Re: GAMESS эффективность работы

Сообщение Marxist » Пт авг 31, 2007 3:14 pm

VTur писал(а):При расчете больших молекул (блее 20 атомов), ангармонических колебаний и т.д. GAMESS вовсю елозит диск, при этом загрузка процессора не более 20%. При этом требует для работы несколько узлов. Как обратить ситуацию? 100% загрузки процессора, дисковое пространство не более 10GB на одном - двух узлах?
Оперативную память расширить. Он у Вас своп использует по полной, а нормальной памяти ему мало.

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: GAMESS эффективность работы

Сообщение VTur » Вс сен 02, 2007 3:07 pm

Оперативки 2 Гига. Дальше некуда.

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 682
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Re: GAMESS эффективность работы

Сообщение Yurii » Вс сен 02, 2007 3:55 pm

VTur писал(а):Оперативки 2 Гига. Дальше некуда.
Если Вы хотите заниматься квантовохимическими расчетами серьезно, советую переходить на Gaussian.

Nord
Сообщения: 2227
Зарегистрирован: Сб фев 14, 2004 5:36 pm

Re: GAMESS эффективность работы

Сообщение Nord » Вс сен 02, 2007 6:16 pm

Yurii писал(а):Если Вы хотите заниматься квантовохимическими расчетами серьезно, советую переходить на Gaussian.
Если Вы хотите заниматься квантовохимическими расчетами серьезно, советую переходить на Molpro

"Gaussian - квантовая химия для домохозяек!" © мой. Плюс откровенно свинская по отношению к пользователей и вообще учёному миру политика запрета сравнений результатов с другими пакетами. Нет, я никому Gaussian не советовал, не советую и не буду советовать.
Не важно, что о вас говорят современники, важно что о вас скажут потомки

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 682
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Re: GAMESS эффективность работы

Сообщение Yurii » Пн сен 03, 2007 8:38 am

Nord писал(а):Если Вы хотите заниматься квантовохимическими расчетами серьезно, советую переходить на Molpro..."Gaussian - квантовая химия для домохозяек!"
По поводу Molpro ничего сказать не могу. Разве что вел переговоры с Вернером о включении моей диагонализации в Molpro.
Gaussian появился благодаря гению Попла. Следуя Вашей логике, Эйнштейна надо квалифицировать как бомжа, а его творения объявить достойными мусорной корзинки.

Nord
Сообщения: 2227
Зарегистрирован: Сб фев 14, 2004 5:36 pm

Re: GAMESS эффективность работы

Сообщение Nord » Пн сен 03, 2007 8:59 am

Yurii писал(а): Gaussian появился благодаря гению Попла. Следуя Вашей логике, Эйнштейна надо квалифицировать как бомжа, а его творения объявить достойными мусорной корзинки.
Я уважаю Попла не только как учёного, но и человека с высокими принципами. Он хотел, чтобы Gaussian распространялся свободно, но на старости лет его фактически отстранили от участия в судьбе его детища и на свет появился монстр под названием Gaussian Inc., который стал успешно "впаривать лохам" квантовую химию, причём на совершенно драконовских условиях: никаких исходных кодов (даже за деньги), никаких сравнений результатов. Одно это лично меня отвращает от использования сей программы, несмотря на глубочайшее уважение к профессору Поплу.
Не важно, что о вас говорят современники, важно что о вас скажут потомки

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 682
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Re: GAMESS эффективность работы

Сообщение Yurii » Пн сен 03, 2007 9:34 am

Nord писал(а):... никаких исходных кодов (даже за деньги) ...
Под Linux исходный код продается. Я сам его транслировал под EM64T (на Core 2 DUO E6700 грамотно оттранслированная программа имеет скорость в 6 раз больше, чем скорость g03 для ОС Windows на P4 3.6 GHz, снимаются ограничения по памяти (как RAM, так и дисковой), что позволяет считать довольно большие системы). Из текста программы понял, почему у них очень медленно работает полуэмпирика на больших системах.

Nord
Сообщения: 2227
Зарегистрирован: Сб фев 14, 2004 5:36 pm

Re: GAMESS эффективность работы

Сообщение Nord » Пн сен 03, 2007 10:11 am

Yurii писал(а):
Nord писал(а):... никаких исходных кодов (даже за деньги) ...
Под Linux исходный код продается. Я сам его транслировал под EM64T (на Core 2 DUO E6700 грамотно оттранслированная программа имеет скорость в 6 раз больше, чем скорость g03 для ОС Windows на P4 3.6 GHz, снимаются ограничения по памяти (как RAM, так и дисковой), что позволяет считать довольно большие системы). Из текста программы понял, почему у них очень медленно работает полуэмпирика на больших системах.
Насколько мне известно, он не продается, а выделяется для расширения его функциональности. Причём все авторские права на изменения вы передадите Gaussian Inc. Хотите работать на эту контору?
Не важно, что о вас говорят современники, важно что о вас скажут потомки

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 682
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Re: GAMESS эффективность работы

Сообщение Yurii » Пн сен 03, 2007 10:46 am

Nord писал(а):... Хотите работать на эту контору?
Более 70% расчетов в мире приходится на Gaussian. Причем чем цивилизованней страна, тем процент больше. Это мне напоминает Макдональдс. Когда я работал в США (тогда у нас этой тошниловки еще не было), то удивлялся, почему они не загибаются (зайдешь туда, а там всего 2-3 человека со смуглым цветом кожи). Только теперь я понял, что их бизнес паразитирует на странах 3 мира. Зайдите у нас - там надо постоять в очереди. Можно провести прямую параллель с gamess, которую втюхивают странам 3 мира (и мы должны с благодарностью принимать этот данаев дар из-за нашей повсеместной нищеты). Я не хочу бросит тень на создателя PC Gamess Грановского. Просто его талант стал заложником gamess.

Nord
Сообщения: 2227
Зарегистрирован: Сб фев 14, 2004 5:36 pm

Re: GAMESS эффективность работы

Сообщение Nord » Пн сен 03, 2007 11:26 am

Yurii писал(а):Более 70% расчетов в мире приходится на Gaussian. Причем чем цивилизованней страна, тем процент больше. Это мне напоминает Макдональдс. Когда я работал в США (тогда у нас этой тошниловки еще не было), то удивлялся, почему они не загибаются (зайдешь туда, а там всего 2-3 человека со смуглым цветом кожи). Только теперь я понял, что их бизнес паразитирует на странах 3 мира. Зайдите у нас - там надо постоять в очереди. Можно провести прямую параллель с gamess, которую втюхивают странам 3 мира (и мы должны с благодарностью принимать этот данаев дар из-за нашей повсеместной нищеты). Я не хочу бросит тень на создателя PC Gamess Грановского. Просто его талант стал заложником gamess.
А Вы относите себя к людям, которые покупают дороже лишь потому, что "дешёвое не бывает качественным"? Ну-ну. Или Вам платят за PR Gaussian'а?

Не надо здесь популизма, хорошо? Из этих 70% людей подавляющее большинство - пользователи, ничего не делающие для квантовой химии, а лишь её пользующие. Это не плохо, но не является показателем интеллектуального и технического превосходства gaussian'а, а лишь говорит о хорошем маркетинге. Я бы провел аналогию с Windows и Linux. Последний много гибче, производительнее и удобнее, но всем же надо "работать, а не разбираться".

Более того, код gaussian'а написан по большей части даровым трудом студентов и аспирантов, которым ничего не перепадает из доходов Gaussian Inc. И ошибки там лепятся соответствующие, да и такое отношение мне лично не импонирует.

Gamess отнюдь не такое г*но, как Вы хотите представить. В gaussiane откровенно хромают многоконфигурационные методы, учет релятивистских эффектов, неадиабатики и прочих "вкусностей", интересных специалистам.

Многие вполне коммерческие проекты тоже лучше: те же Molpro и Molcas, а также заточенный на параллельность Q-Chem.

Будьте честны и признайте, что ничего большего gaussian'а Вы не использовали и защищаете лишь свой привычный инструмент. Что ж, это естественно, но не дальновидно.
Не важно, что о вас говорят современники, важно что о вас скажут потомки

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 682
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Re: GAMESS эффективность работы

Сообщение Yurii » Пн сен 03, 2007 12:30 pm

Nord писал(а):Не надо здесь популизма, хорошо? Из этих 70% людей подавляющее большинство - пользователи, ничего не делающие для квантовой химии, а лишь её пользующие. Это не плохо, но не является показателем интеллектуального и технического превосходства gaussian'а, а лишь говорит о хорошем маркетинге. Я бы провел аналогию с Windows и Linux. Последний много гибче, производительнее и удобнее, но всем же надо "работать, а не разбираться".

Более того, код gaussian'а написан по большей части даровым трудом студентов и аспирантов, которым ничего не перепадает из доходов Gaussian Inc. И ошибки там лепятся соответствующие, да и такое отношение мне лично не импонирует.

Gamess отнюдь не такое г*но, как Вы хотите представить. В gaussiane откровенно хромают многоконфигурационные методы, учет релятивистских эффектов, неадиабатики и прочих "вкусностей", интересных специалистам.

Многие вполне коммерческие проекты тоже лучше: те же Molpro и Molcas, а также заточенный на параллельность Q-Chem.

Будьте честны и признайте, что ничего большего gaussian'а Вы не использовали и защищаете лишь свой привычный инструмент. Что ж, это естественно, но не дальновидно.
Как я понимаю, подавляющее большинство пользователей этого форума как раз и есть те пользователи, о которых Вы пишите с таким пренебрежением и или от незнания или от всякого рода дезинформации или от ограниченности финансовых возможностей не знают, за какую соломинку ухватиться. Денег нет - пользуйтесь от безвыходности gamess или pc gamess. Есть деньги - берите программу получше (я не представляюсь всезнайкой и уже Вам отвечал: "По поводу Molpro ничего сказать не могу. Разве что вел переговоры с Вернером о включении моей диагонализации в Molpro."). И не надо все сваливать на маркетинговую политику. Не было бы гения Попла, не было бы и 70%. На западе люди умеют считать деньги. Я понимаю, что Вас тошнит от Гауссиана. И понимаю, что он совсем не идеален. Например, для расчета полуэмпирикой больших систем он не годится. Пришлось мне модифицировать gamess с разрешения Шмидта (см. мои статьи [9-11] на странице, посвященной процессору P4: http://www.thesa-store.com/products/ ). Но для подавляющего большинства пользователей, которым позволяют финансовые возможности, выбор Gaussian'а - наилучший выход. Что касается моих отношений с создателями Gaussian'а, то они перпендикулярные по ряду причин.

Аватара пользователя
IB
Сообщения: 3098
Зарегистрирован: Ср июл 25, 2007 9:12 pm

Re: GAMESS эффективность работы

Сообщение IB » Пн сен 03, 2007 1:42 pm

Nord писал(а):
Yurii писал(а):Более 70% расчетов в мире приходится на Gaussian. Причем чем цивилизованней страна, тем процент больше. Это мне напоминает Макдональдс. Когда я работал в США (тогда у нас этой тошниловки еще не было), то удивлялся, почему они не загибаются (зайдешь туда, а там всего 2-3 человека со смуглым цветом кожи). Только теперь я понял, что их бизнес паразитирует на странах 3 мира. Зайдите у нас - там надо постоять в очереди. Можно провести прямую параллель с gamess, которую втюхивают странам 3 мира (и мы должны с благодарностью принимать этот данаев дар из-за нашей повсеместной нищеты). Я не хочу бросит тень на создателя PC Gamess Грановского. Просто его талант стал заложником gamess.
А Вы относите себя к людям, которые покупают дороже лишь потому, что "дешёвое не бывает качественным"? Ну-ну. Или Вам платят за PR Gaussian'а?

Не надо здесь популизма, хорошо? Из этих 70% людей подавляющее большинство - пользователи, ничего не делающие для квантовой химии, а лишь её пользующие. Это не плохо, но не является показателем интеллектуального и технического превосходства gaussian'а, а лишь говорит о хорошем маркетинге. Я бы провел аналогию с Windows и Linux. Последний много гибче, производительнее и удобнее, но всем же надо "работать, а не разбираться".

Более того, код gaussian'а написан по большей части даровым трудом студентов и аспирантов, которым ничего не перепадает из доходов Gaussian Inc. И ошибки там лепятся соответствующие, да и такое отношение мне лично не импонирует.

Gamess отнюдь не такое г*но, как Вы хотите представить. В gaussiane откровенно хромают многоконфигурационные методы, учет релятивистских эффектов, неадиабатики и прочих "вкусностей", интересных специалистам.

Многие вполне коммерческие проекты тоже лучше: те же Molpro и Molcas, а также заточенный на параллельность Q-Chem.

Будьте честны и признайте, что ничего большего gaussian'а Вы не использовали и защищаете лишь свой привычный инструмент. Что ж, это естественно, но не дальновидно.
Я крайне далёк от серьёзных познаний в тонкостях квантово-механических рассчетов. Иногда, я пользуюсь ими на уровне, как тут говорилось, "домохозяйки" и совершенно этого не стесняюсь (и это не означает, что я не стараюсь оценить точность своих рассчётов из сравнения с другими модельными рассчетами или сравнением с экспериментальными данными).

Тем не менее, должен отметить, что по форме, высказывания одного из уважаемых знатоков напоминают ведение "религиозных войн", и кроме этого в них постоянно проскальзывает пренебрежение оппонентом. Какой смысл? Даже если возможности Gaussian "в целом" хуже Gamess, это не означает того, что для определённого круга задач первый не может справляться лучше (преимущество каждой из программ на определённых задачах демонстрировалось адептами обоих лагерей неоднократно). Пусть политика Gaussian Inc. ни у кого не вызывает восторга, но сам уровень программы от неё зависит весьма опосредованно.

Не стоит давить оппонента тем, что он ничего не понимает, поддерживает коммерческую политику Gaussian (читай - продался и предал идеи GPL), и закидывать его гневной риторикой. Аргументы получаются почти сплошь ad hominem ("уважаю - не уважаю"). Оппонента этим все равно не переубедишь, а нам, простым смертным, были бы больше интересны реальные факты, а не слоганы. И извините, что заикнулся и помешал светской беседе :).

Аватара пользователя
Lexx
Сообщения: 1205
Зарегистрирован: Пн фев 28, 2005 12:44 pm
Контактная информация:

Сообщение Lexx » Пн сен 03, 2007 1:45 pm

Я лично пользуюсь gamess, меня он вполне устраивает. О гаусиане ничего сказать не могу, его я пока не пробовал. Дорого.

Тут сегодня качал книжку о modern computational chemistry, там глава про gamess была, я ее сам пока не читал особо, но в обменник положил.
А я вот паровоз поднимал... Но не поднял.

Nord
Сообщения: 2227
Зарегистрирован: Сб фев 14, 2004 5:36 pm

Re: GAMESS эффективность работы

Сообщение Nord » Пн сен 03, 2007 2:12 pm

IB писал(а):Тем не менее, должен отметить, что по форме, высказывания одного из уважаемых знатоков напоминают ведение "религиозных войн", и кроме этого в них постоянно проскальзывает пренебрежение оппонентом. Какой смысл? Даже если возможности Gaussian "в целом" хуже Gamess, это не означает того, что для определённого круга задач первый не может справляться лучше (преимущество каждой из программ на определённых задачах демонстрировалось адептами обоих лагерей неоднократно). Пусть политика Gaussian Inc. ни у кого не вызывает восторга, но сам уровень программы от неё зависит весьма опосредованно.

Не стоит давить оппонента тем, что он ничего не понимает, поддерживает коммерческую политику Gaussian (читай - продался и предал идеи GPL), и закидывать его гневной риторикой. Аргументы получаются почти сплошь ad hominem ("уважаю - не уважаю"). Оппонента этим все равно не переубедишь, а нам, простым смертным, были бы больше интересны реальные факты, а не слоганы. И извините, что заикнулся и помешал светской беседе :).
Мысль первая. Об этике.
Моим принципом является "не лечить здоровых людей". Очень часто, когда я пытаюсь донести разумные аргументы до людей, они отвечают "а мы хотим так поступать как нам вздумается", не утруждая себя попыткой вникнуть в аргументы. Посему это мой последний пост в споре о гауссиане. Воля ваша, как поступить: покупать или не покупать. Не хотите прислушаться - ваше право.

Мысль вторая. О морали.
Есть определённые нормы, которые следует ставить выше коммерческого интереса. Фирма Gaussian Inc. часто ими пренебрегает. Посему я лишь пытаюсь привлечь внимание к аудитории, что есть пакеты лучше, удобнее, навороченнее, продвинутее, более открытые для разработчика, более приятные для пользователя, чем гауссиан. Единственное, в чём он впереди - в рекламе, причём одним из ходов этой рекламы - использование имени Попла, который именно в силу своей принципиальности был фактически отчужден от созданной под его руководством программы.

Мысль третья. О техническом совершенстве.
Я ненавижу аргументы про распространенность - это ложные ориентиры, сбивающие неискушённого человека, да ещё и подменяющие понятия. Единственное, на что надо ориентироваться - насколько хорошо тот или иной продукт решает твои задачи. Так вот, во многих случаях применение гауссиана НЕ оправдано даже в тех областях, куда его позиционируют рекламщики.

И мысль четвёртая и последняя. Об отношении к оппонентам.
Я стараюсь уважать оппонента, но демагогии и подмены понятий простить не могу.
Не важно, что о вас говорят современники, важно что о вас скажут потомки

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 682
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Re: GAMESS эффективность работы

Сообщение Yurii » Пн сен 03, 2007 2:47 pm

Nord писал(а):...И мысль четвёртая и последняя...
Тут полностью с Вами согласен. По поводу уважения. Уважение завоевывают работой (например, научной - небольшая часть моих работ опубликована на моей странице [1-11], посвященной процессору P4: http://www.thesa-store.com/products/ или спортивной - был чемпионом Северного Флота по боксу). Что касается демагогии и подмены понятий, то это камень в Ваш огород.
Последний раз редактировалось Yurii Пн сен 03, 2007 4:32 pm, всего редактировалось 1 раз.

Аватара пользователя
Yu/2
Сообщения: 541
Зарегистрирован: Сб ноя 15, 2003 12:33 pm

Сообщение Yu/2 » Пн сен 03, 2007 4:30 pm

VTur писал(а):При расчете больших молекул (блее 20 атомов), ангармонических колебаний и т.д. GAMESS вовсю елозит диск, при этом загрузка процессора не более 20%. При этом требует для работы несколько узлов. Как обратить ситуацию? 100% загрузки процессора, дисковое пространство не более 10GB на одном - двух узлах?
Если я правильно понимаю, Вы считаете VSCF (и возможно далее VMP2). Для этого програме нужно вычислить много гессианов, что требует много памяти (часто гораздо больше Ваших 2Гб, это зависит от базиса в основном). Для большей скорости расчета GAMESS хранит на диске данные. Если Вы хотите избавиться от "елозинья" диска - включите численный метод расчета гессиана и "прямой" SCF (Direct SCF). Тогда будет все время 100% загрузка процессора. Но я бы не советовал этого делать. Во-первых, время расчета увеличится на порядок. Во-вторых, точность и устойчивость VSCF может сильно упасть из-за ошибок в численных гессианах.

Аватара пользователя
Yu/2
Сообщения: 541
Зарегистрирован: Сб ноя 15, 2003 12:33 pm

Re: GAMESS эффективность работы

Сообщение Yu/2 » Пн сен 03, 2007 4:43 pm

Yurii, а Вы нам покажете выходной файл Гауссиана, где сделана оптимизация C120 B3LYP-ом за 1 час с базисом 6-31G? :)

И еще, Вы нам покажете Ваш метод диагонализации матриц? :)

И еще, Вы нам покажете Ваш метод перемножения матриц? :)

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 682
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Re: GAMESS эффективность работы

Сообщение Yurii » Пн сен 03, 2007 5:01 pm

Yu/2 писал(а):Yurii, а Вы нам покажете выходной файл Гауссиана, где сделана оптимизация C120 B3LYP-ом за 1 час с базисом 6-31G? :)))
Вы в отзыве написали, что это похоже на вранье. Как я понимаю, и господин NORD с Вами солидарен. С точки зренья приверженца gamess этот результат действительно кажется несусветной чушью. Выложите свой адрес. Я Вам его пришлю. Правда там не 1 час, а чуть поболе (еще 1 минута или одна секунда,- точно не помню).

Закрыто

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: Metalian и 16 гостей