priroda-frequencies calculation

[YuraM]

Глубокоуважаемые специалисты по Природе,
недавно установил природу на кластер, пока опыта расчетов на ней мало, но уже есть некоторые воросы, буду рад, если кто-то может помочь:

1. Параллелиться ли она больше чем на одну ноду (8 ядер)?. Я что-то пробовал, но больше чем на одну ноду не получалось.

2. Я пробовал считать частоты нормальных колебаний на 8 ядрах, но что-то так и не дождался за 12 часов, мне кажется программа зависает.(мол-ла 77 атомов c1). Или же, причина в том, что здесь надо обязательно под каждое ядро указывать свою директорию под tmp файлы.

Какие-то идеи, комментарии?

[VTur]

Я пробовал считать частоты нормальных колебаний ... мол-ла 77 атомов c1. Какие-то идеи, комментарии?

Ваще-е!

[YuraM]

Ваще-е!

What does that mean?

[Shiver]

Ваще-е!

Тоже не очень понимаю возмущения... Гессиан посчитать - это проблема?

[EvgeniX]

Ваще-е!

Тоже не очень понимаю возмущения... Гессиан посчитать - это проблема?

Ответы есть здесь: http://www.qchem.ru/f/kvantovo-khimiche ... a-priroda/

При запуске расчёта колебательной задачи на 4-х ядрах не некотором шаге
"Solving for responses ..." программа зависает. Нужно указывать использование не более 2-х ядер.

Используется модель MPI - разделяемая память (shared-memory). На кластере не запустить.

[YuraM]

Спасибо, EvgeniX!(Евгений?)

Так и знал ,что не бывает такого, чтобы все было просто идеально

[amge]

2. Я пробовал считать частоты нормальных колебаний на 8 ядрах, но что-то так и не дождался за 12 часов, мне кажется программа зависает.(мол-ла 77 атомов c1). Или же, причина в том, что здесь надо обязательно под каждое ядро указывать свою директорию под tmp файлы.

Пример для ориентировки: расчет Природой гессиана (аналитически) PBE/3z на однопроцессорном Athlon XP 2500+ молекулы C₅₄H₃₆ занял 5.5 часов. Если бы это был не чистый DFT и численный гессиан, было бы намного дольше.

Про качество расчетов. В случае сложных полиароматических углеводородов (их мы сравнивали с экспериментом, для других классов соединений -- не знаю) методом PBE/3z в области С-С экспериментальный и расчетный спектры очень похожи, настолько, что расчетные спектры использовали для подтверждения строения/идентификации; области С-Н не похожи.

[VTur]

Ваще-е!

What does that mean?

У меня Гауссиан 30 ядер считает двое суток (не менее). А все, что менее этого времени, то с экспериментом и сравнивать бессмысленно.
И какая у Природы точность в валентных колебаниях водородов?
Вообще, каков средний квадрат отклонения?

[VTur]

Ваще-е!

Тоже не очень понимаю возмущения... Гессиан посчитать - это проблема?

Вопрос количестве атомов и методе расчета.

[Shiver]

Вопрос количестве атомов и методе расчета.

Как уже говорилось - чистыми DFT методами на неплохом трехэкспонентном базисе считаются молекулы порядка фуллерена за времена порядка часа. Приемлема ли точность получаемых цифр определяется потребностями человека. Если человек знает что хочет и может получить - он может это получить очень быстро.
P.S. А вы чем и что гауссианом-то считаете? Больно медленно выходит - высоко прецизионные методы используете? Или гауссиан безобразничает?

[VTur]

А вы чем и что гауссианом-то считаете? Больно медленно выходит - высоко прецизионные методы используете? Или гауссиан безобразничает?

Алкильные радикалы, ну и другие радикалы, а перед этим исходные молекулы.
И вот получаю что-то похожее

%chk=Nonyl_3_wfn.chk
%mem=1200MB
Default route: MaxDisk=40000MB
----------------------------------------------------------------------
# opt=(calcfc,tight,gdiis) freq b3lyp/6-311++g(3df,3pd) geom=connectivity scf=tight 6D 10f
...
Job cpu time: 4 days 14 hours 20 minutes 9.0 seconds.

[amge]

И какая у Природы точность в валентных колебаниях водородов?
Вообще, каков средний квадрат отклонения?

По моему скромному опыту -- плохая. По крайней мере, в случаях, о которых я писал выше, расчетные и экспериментальные спектры в области валентных колебаниях водородов были непохожи друг на друга.

[Shiver]

Алкильные радикалы, ну и другие радикалы, а перед этим исходные молекулы.
И вот получаю что-то похожее

%chk=Nonyl_3_wfn.chk
%mem=1200MB
Default route: MaxDisk=40000MB
----------------------------------------------------------------------
# opt=(calcfc,tight,gdiis) freq b3lyp/6-311++g(3df,3pd) geom=connectivity scf=tight 6D 10f
...
Job cpu time: 4 days 14 hours 20 minutes 9.0 seconds.

Для полноты картины надо было сказать что-нибудь про общее количество базисных функций, но у вас, хоть и ДФТ, зато толстый базис... И все-таки, Гауссиан, как мне кажется, перегибает с длительностью.

По моему скромному опыту -- плохая. По крайней мере, в случаях, о которых я писал выше, расчетные и экспериментальные спектры в области валентных колебаниях водородов были непохожи друг на друга.

Э, нет, коллега. Сначала поставьте B3LYP с аналогичным базисом... Тогда можно будет говорить о Природе. А считая PBE/3z - надо быть осторожным.

[amge]

Э, нет, коллега. Сначала поставьте B3LYP с аналогичным базисом... Тогда можно будет говорить о Природе. А считая PBE/3z - надо быть осторожным.

Пробовал я Природе DFT/B3LYP. Получается довольно дикая геометрия. Вот riDFT/B3LYP -- нормально. Но очень долго. То что надо быть осторожным -- согласен. Лучше сначала посчитать что-нибудь родственное, для чего имеются экспериментальные данные, которые можно сравнить с расчетом.

[Shiver]

Пробовал я Природе DFT/B3LYP. Получается довольно дикая геометрия. Вот riDFT/B3LYP -- нормально. Но очень долго. То что надо быть осторожным -- согласен. Лучше сначала посчитать что-нибудь родственное, для чего имеются экспериментальные данные, которые можно сравнить с расчетом.

DFT с B3LYP в терминах природы не должен работать - это даже по input.txt видно (DFT - это стандартный GGA, никаких гибридных функционалов). Там чуть ли не просто чистый кулон от функционала остается - без обменных интегралов, потому и быстро. B3LYP надо использовать именно с ridft. И да, это дольше. Но и данные по-достовернее.

[VTur]

Алкильные радикалы, ну и другие радикалы, а перед этим исходные молекулы.
И вот получаю что-то похожее

%chk=Nonyl_3_wfn.chk
%mem=1200MB
Default route: MaxDisk=40000MB
----------------------------------------------------------------------
# opt=(calcfc,tight,gdiis) freq b3lyp/6-311++g(3df,3pd) geom=connectivity scf=tight 6D 10f
...
Job cpu time: 4 days 14 hours 20 minutes 9.0 seconds.

Для полноты картины надо было сказать что-нибудь про общее количество базисных функций, но у вас, хоть и ДФТ, зато толстый базис... И все-таки, Гауссиан, как мне кажется, перегибает с длительностью.

Step number 16 out of a maximum of 154
...
Two-electron integral symmetry is turned off.
766 basis functions, 921 primitive gaussians, 766 cartesian basis functions
37 alpha electrons 36 beta electrons
nuclear repulsion energy 432.1837636935 Hartrees.
...
Item Value Threshold Converged?
Maximum Force 0.000000 0.000015 YES
RMS Force 0.000000 0.000010 YES
Maximum Displacement 0.000056 0.000060 YES
RMS Displacement 0.000014 0.000040 YES
Predicted change in Energy=-5.141303D-12
Optimization completed.
-- Stationary point found.

Для радикалов это еще быстро!
Насчет спектра. Если Ваш расчетный гармонический спектр совпадает с экспериментальным, значит Вы что-то не то сделали.
Но можно добиться среднеквадратичного отклонения между частотами менее 25 см^-1. Но базис больше того, что я указал (Даннинговские 4-5Z). Я использую этот (6-311++g(3df,3pd)), когда знаю чем масштабировать.