Природа

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Gulnara
Сообщения: 3
Зарегистрирован: Ср фев 07, 2018 2:52 pm

Re: Природа

Сообщение Gulnara » Пн фев 19, 2018 3:35 pm

amge писал(а):
Чт фев 15, 2018 6:12 am
Если никто не ответит, попробуйте задать этот вопрос автору программы Дмитрию Лайкову (Dimitri Laikov <dimitri_laikov@mail.ru>). И если он ответит, отпишитесь здесь, пожалуйста.
Д.Н. Лайков написал:
Нужно запустить отдельно (1) task=hessian,
отдельно (2) task=dipole,
и собрать в исходные данные
вторые производные энергии (1)
и производные поляризуемости (2)
и ещё раз запустить task=hessian.

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2574
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Природа

Сообщение EvgeniX » Вс мар 11, 2018 1:50 pm

EvgeniX писал(а):
Сб дек 30, 2017 8:27 am
Кто-нибудь может объяснить, почему сумма вкладов не равняется полной энергии?

Код: Выделить всё

  E  =    -232.0211375591
  T  =     230.89636282  V  =    -944.03076786  J  =     312.67315771
  Ex =     -33.07586264  Ec =      -1.37265420
Автор ответил, что нужна ещё энергия отталкивания ядер.
Почему Гоголь любимый писатель Шрёдингера?

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 10404
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Природа

Сообщение Гесс » Чт июн 07, 2018 5:25 pm

EvgeniX писал(а):
Вс окт 30, 2016 8:23 pm
Интересно, насколько сейчас вообще большие системы квантовой химией считают, особенно в DFT (не периодические структуры)?
Вот еще свежак
http://iopscience.iop.org/article/10.10 ... aabcfb/pdf
adenine–thymine (poly(dA)-poly(dT)) helix
1-D периодичная но просто наращивали размер ячейки.
sHF3c level of theory, но уже есть и PBEh-3c/HSE-3c, and B97-3c
имплементация в crystal17 но есть имплементации в Orca, Turbomole, Psi4, CP2K, Fermions and TerraChem
11 symmetry operators to generate the primitive cell reduce the computational costs significantly by a factor of 15 - тут без коментариев.
Расчет (singlepoint) делался на one node with 28 CPUs и занял для наибольшей ячейки (2904 атома, 10000 орбиталей) - 2000 CPU часов, то есть около 2 дней.

Кроме того они ссылаются на
Large Scale Condensed Matter DFT Simulations: Performance and Capabilities of the CRYSTAL Code
https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jctc.7b00687
где суперячейки доводили до 13896 атомов (14 тысяч атомов Карл!) с PBE функционалом.
На 4096 CPU 1 SCF итерация занимает час, на 32768 (33 тысячи CPU Карл!) - 15 минут.
там есть еще красивая картинка с последним кластером на 6000 атомов но я не увидел к ней описания в тексте.

Аватара пользователя
uchebnik fiziki
Сообщения: 4198
Зарегистрирован: Пн авг 20, 2012 9:04 pm

Re: Природа

Сообщение uchebnik fiziki » Чт июн 07, 2018 9:31 pm

Гесс писал(а):
Чт июн 07, 2018 5:25 pm
На 4096 CPU 1 SCF итерация занимает час, на 32768 (33 тысячи CPU Карл!) - 15 минут.
Кажется, чуваки не умеют в параллелизацию.
Свобода, равенство, братство.

Или смерть.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 10404
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Природа

Сообщение Гесс » Чт июн 07, 2018 9:37 pm

ну это из ихнего графика скейлинга. Там чтото типа 40% скейлинг. С другой стороны покажите мне прогу которая линейно скейлится до 30 тысяч цпу :D

Аватара пользователя
uchebnik fiziki
Сообщения: 4198
Зарегистрирован: Пн авг 20, 2012 9:04 pm

Re: Природа

Сообщение uchebnik fiziki » Чт июн 07, 2018 9:42 pm

А и не должно такого быть. Любая параллелизация имеет максимум эффективности. И зависит он не столько от проги, сколько от системы (не ОС, конечно).
Свобода, равенство, братство.

Или смерть.

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 652
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Re: Природа

Сообщение Yurii » Пт июн 08, 2018 1:47 am

Высоко-симметричные системы на кластерах плохо распараллеливаются.
прозвище "Фабержé" легендарный разведчик Дроздов получил за свое уникальное умение работать с информацией, добывать ее и превращать в драгоценность высшей пробы.

ximi
Сообщения: 1921
Зарегистрирован: Вс янв 29, 2012 7:50 pm

Re: Природа

Сообщение ximi » Пт июн 08, 2018 10:11 am

Закон Амдала.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 3 гостя