Установление механизма противоракового действия веществ.

[waxman]

Доброго времени суток. Нужна помощь в вопросе который возможно сформулирую некорректно (т.к. занимаюсь синтезом). Был получен ряд органических соединений которые обладают противораковой активностью. Есть два предположительных механизм действия этих веществ, первая гипотеза базируется на общности структур с известными лекарственными препаратами, вторая на основании т.н. "сравнительного анализа" (метод основанный на изучении селективности цитотоксического действия на различные линии раковых клеток). Первый механизм основан на связывании с рецептором, второй с ферментом. Необходимо узнать какой именно механизм работает (или исключить оба). Также был бы благодарен если кто либо посоветовал какую либо литературу по вышеупомянутой теме. Заранее благодарен.

[starless]

Ищете людей, у которых есть системы для тестирования in vitro на каждую из этих мишеней, делаете соответствующие испытания. Только убедиться, что работает именно такой механизм, на основании этих испытаний будет нельзя, но зато можно будет точно убедиться, что работает не он, если активности не будет. Да, формулировка "обладают противораковой активностью" -- ни о чём.

[waxman]

Дело в том что у нас в университете есть хорошо оснащенная лаборатория (ИФА, всякие планшетные ридеры), просто там такими исследованиями не занимались. Я грешным делом подумал может это можно и у нас сделать, только надо знать как и купить нужные реактивы/ферменты. Противораковую делали в NCI http://dtp.nci.nih.gov/branches/btb/ivclsp.html. Ряд веществ практически на нет сводили рост некоторых линий клеток. Хотя еще раз оговорюсь что я не спец в этих вопросах.

[starless]

Я грешным делом подумал может это можно и у нас сделать, только надо знать как и купить нужные реактивы/ферменты.

Правильно подумали. Отработка методики может занять до полугода (включая доставку), а ради одного раза делать это не имеет смысла, поскольку очень разорительно.

[waxman]

Не ради одного раза. У нас четыре кафедры занимаются синтезом потенциальных биоактивных веществ. И везде в публикациях (в наших журналах) пишут предположительный механизм. Лабораторию о которой я говорил создали для клинических исследований, хотя там можно делать гораздо больше. Проблема в том что для того что бы они начали работать в этом направлении им надо принести доказательство того что это возможно (а желательно хоть наброски методик). Ну на меня это и повесили (хотя мой интерес там тоже есть). Поэтому и клянчу подобные методики, публикации с матчастью, книги и т.д., ну или хотя-бы совет в каких журналах это найти.

[starless]

Ну ищите по словам "название вашей мишени" +assay

[waxman]

Спасибо буду работать)

[starless]

Просто методики экспериментов для рецепторов и ферментов очень разные и требуют совершенно различного аппаратурного оформления. Если вы откроете любую статью с биологическими испытаниями веществ на нужную вам конкретную мишень, методика там будет.

[waxman]

Я это уже понял. В конце концов выберу несколько, переведу понесу шефу, пусть разбираются.

[StYV]

То что активно на клетках еще не означает что это оно. А как хотя бы на мышках? И это не закрывает вопрос.
Если для статей - то на клетках уже неплохо.
Да и культуры клеток тоже денег стоят.
С уважением StYV.

[Nastja]

Для предположительного механизма можно попробовать сделать компьютерное моделирование, это конечно совсем не эксперимент, но почти ничего не стоит, хорошо смотрится в статье или отчете, и позволяет отбросить заведомо тупиковые варианты (или предложить возможные нетупиковые).

"ИФА и ридеры" это вовсе не хорошо оснащенная лаборатория, кстати. Узнайте подробнее, какими методиками там владеют.

А вещество случайно не флюоресцирует?

[waxman]

http://www.zsmu.edu.ua/tip_194.html Это что у нас есть. Ребята которые там работают говорят что это одна из лучших лаб такого профиля в Украине. Докинг делаем, но все таки хотелось чуть посерьезней.

[starless]

Докинг делаем, но все таки хотелось чуть посерьезней.

Сделайте серьёзный докинг

[avor]

В этой самой ЦНИЛ отсутствует оборудование для работы с клеточными культурами. Да и для генноинженерных манипуляций оборудования недостаточно. Что касается мишеней. То если бы было оборудование и помещение для работы с культурами клеток, то с рецептором можно было бы поиграть с помощью иммунофлуоресцентных методов(для которых вроде что-то есть) Но это зависит от рецептора. То же и фермент. Если это киназа какая, да еще со специфичной мишенью, то понадобится и генноинженерное оснащение и изотопные работы, а если каспаза какая-то возможно можно обойтись и силами ИФА отдела. Честно говоря, без конкретных мишеней говорить не о чем. Ну и без консультации со спецами, работающими в близких или параллельных с вашими задачами областях поднять с нуля все методы займет однозначно более полугода. Для рецепторных взаимодействий понадобятся меченные драги при чем не только ваши, но и нативные природные лиганды рецептора и возможно всякие аффинные и микроаффиные методы. Так что это все ооочень не просто.

[waxman]

У меня фермент топоизомераза 2 (на него in vitro методику нашел, там определяются продукты релаксации ДНК методом электрофореза), рецептор у меня EGFR (к эпидермальному фактору роста), методы тоже нашел, и там действительно везде делается на культурах клеток.
Ув. avor, возможно Вы бы могли мне посоветовать какую нибудь литературу по теме ИФА применительно к моей проблеме.

[starless]

На EGFR разве нельзя чисто киназную активность мерять?

[waxman]

Такого вроде не находил. Если я правильно понимаю то Вы предлагаете оценить интенсивность процесса фосфорилирования? Поищу еще, может что-то пропустил.

[starless]

Ну это же рецепторная тирозиновая киназа, существуют тысячи её ингибиторов. Впрочем, я не предлагаю, а интересуюсь.

[avor]

У меня фермент топоизомераза 2 (на него in vitro методику нашел, там определяются продукты релаксации ДНК методом электрофореза), рецептор у меня EGFR (к эпидермальному фактору роста), методы тоже нашел, и там действительно везде делается на культурах клеток.
Ув. avor, возможно Вы бы могли мне посоветовать какую нибудь литературу по теме ИФА применительно к моей проблеме.

По описанию лабы у меня сложилось впечатление, что для ДНК фореза в лабе ничего нет(а он необходим для анализа топо). А это трансиллюминатор с системой визуализации(фото(теле)камера) горизонтальная форезная камера.

По ИФА есть общая литература, но у вас особый случай у вас не ИФА, а лиганд рецепторные взаимодействия а это грубо говоря требует с нуля отработки формата эксперимента, более того вряд ли подобные системы валидированы. Те прежде чем ставить анализ на поток придется доказывать валидность метода независимыми методами.

[waxman]

У меня фермент топоизомераза 2 (на него in vitro методику нашел, там определяются продукты релаксации ДНК методом электрофореза), рецептор у меня EGFR (к эпидермальному фактору роста), методы тоже нашел, и там действительно везде делается на культурах клеток.
Ув. avor, возможно Вы бы могли мне посоветовать какую нибудь литературу по теме ИФА применительно к моей проблеме.

По описанию лабы у меня сложилось впечатление, что для ДНК фореза в лабе ничего нет(а он необходим для анализа топо). А это трансиллюминатор с системой визуализации(фото(теле)камера) горизонтальная форезная камера.

По ИФА есть общая литература, но у вас особый случай у вас не ИФА, а лиганд рецепторные взаимодействия а это грубо говоря требует с нуля отработки формата эксперимента, более того вряд ли подобные системы валидированы. Те прежде чем ставить анализ на поток придется доказывать валидность метода независимыми методами.

Відділ молекулярної і клітинної біології оснащено апаратним комплексом електрофорезу і імуноблотингу Amersham (Англія). Этот не подойдет?