Оптимизация геометрии высокосимметричных систем

[Droog_Andrey]

При расчёте икосаэрдического B₇₂H₇₂^2- Гауссиан оптимизирует геометрию по всем четырём с лишним тысячам внутренних координат, хотя степеней свободы там всего восемь. В итоге Link 103 отжирает под гиг памяти и занимает более 80% времени расчёта.

Может, как-то можно заставить Гауссиан вести оптимизацию именно по степеням свободы?

[Yu/2]

А какой используется метод уточнения геометрии?

[amge]

Может, как-то можно заставить Гауссиан вести оптимизацию именно по степеням свободы?

А если попробовать понизить симметрию до ближайшей абелевой группы (D2?) ?

Кстати, Droog_Andrey, не поделитесь геометрией ? Сам такое я ни в жизнь не нарисую

[Droog_Andrey]

А если попробовать понизить симметрию до ближайшей абелевой группы (D2?) ?

От этого число внутренних кооринат не уменьшится, а время на SCF и расчёт производных вырастет во много раз.

А какой используется метод уточнения геометрии?

Opt(VeryTight,GDIIS)

не поделитесь геометрией ? Сам такое я ни в жизнь не нарисую

http://www.primefan.ru/stuff/chem/72.rar

Ещё весьма устойчивы [B₄₂H₄₂]^2- симметрии Ih и октаэдрический [B₂₄H₂₄]^2-.

[Yu/2]

Opt(VeryTight,GDIIS)

Насколько я знаю, для GDIIS не имеет значения насколько симметрична система. Только количество параметров имеет значение. А их много. Вот и тормозит. А симметризация прибавок ко _всем_ параметрам уже делается отдельно.

[Droog_Andrey]

Оно и без GDIIS так же тормозит, только шагов оптимизации получается больше.

[Yu/2]

Оно и без GDIIS так же тормозит, только шагов оптимизации получается больше.

А там и дефолтный метод тоже не использует информацию о симметрии. ;)

[Droog_Andrey]

Это всё мне прекрасно известно.

Вот я и спрашиваю, как заставить Гауссиан работать со степенями свободы.

[Yu/2]

Никак.

[Reizen]

Может быть, убрать вообще использование "внутренних" координат и оптимизовать в декартовых? Правда, тогда количество шагов возрастёт...

И ещё "рационализаторское предложение" - отредактировать список внутренних координат вручную Поудалять из него всё лишнее.

Работа эта, может быть, и займёт много времени, но зато результат будет как раз тот, что надо.

[Yurii]

При расчёте икосаэрдического B₇₂H₇₂^2- Гауссиан оптимизирует геометрию по всем четырём с лишним тысячам внутренних координат, хотя степеней свободы там всего восемь. В итоге Link 103 отжирает под гиг памяти и занимает более 80% времени расчёта.

Может, как-то можно заставить Гауссиан вести оптимизацию именно по степеням свободы?

Вы, мне кажется, не ту задачу решаете: у меня на моем 4-ядерном компе скорость счета почти в 30 раз превышает вашу. Вывод: займитесь железом и софтом.
Привожу расчет одной точки:
http://rapidshare.com/files/278065405/B ... -.rar.html
А 6d вместо 5d обязательно?

[Droog_Andrey]

У меня старый Атлон 1.4 Ггц с 384 Мб мозгов.

Я очень рад за ваш быстрый комп, но вопрос в том, что Link 103 работает 80% времени, а не в абсолютной скорости.

Судя по всему, ожидать каких-то улучшений в этом направлении следует в Gaussian 09.

С rapidshare у меня не скачивается.

А 6d вместо 5d обязательно?

Посмотрите орбитальки, особенно симметрии A.

[Droog_Andrey]

Может быть, убрать вообще использование "внутренних" координат и оптимизовать в декартовых? Правда, тогда количество шагов возрастёт...

Попробую.

И ещё "рационализаторское предложение" - отредактировать список внутренних координат вручную Поудалять из него всё лишнее.

Работа эта, может быть, и займёт много времени, но зато результат будет как раз тот, что надо.

В примере с [B₇₂H₇₂]^2- написал Opt(VeryTight,ModRedundant) и после геометрии напрямую указал 8 степеней свободы:


* R
* * R
* * * R
* * * * R
1 2
1 8
1 16
1 61
1 129
129 141
61 141
61 62

Попробую и этот вариант.

[Yurii]

Я очень рад за ваш быстрый комп

Самое главное, чтобы вам комфортно работалось. Считать по 18 дней - это мазохизм. И на виндовом гауссиане считать что то серьезное - это несерьезно.

Link 103 работает 80% времени

По своему опыту скажу, что лучше к декартовым не переходить (IOp(1/18=10)), хотя 103 при этом практически жрать времени не будет, а уменьшить число степеней свободы ручками.

А 6d вместо 5d обязательно?

Посмотрите орбитальки, особенно симметрии A.

Чтобы понять, этого недостаточно.

[Droog_Andrey]

Считать по 18 дней - это мазохизм.

Этот расчёт шёл фоном и был не к спеху. Я вот только сейчас к этой теме вернулся, хотя те расчёты были весной.

В примере с [B₇₂H₇₂]^2- написал Opt(VeryTight,ModRedundant) и после геометрии напрямую указал 8 степеней свободы:


* R
* * R
* * * R
* * * * R
1 2
1 8
1 16
1 61
1 129
129 141
61 141
61 62

Прямо так "в лоб" не получилось:

Код: Выделить всё

 NTrRot=-1 NTRed=     8 NAtoms=  144 NSkip=  -418
 Problem with coordinate system.
 Error termination via Lnk1e in E:\G03W\l103.exe at Thu Sep 10 23:09:18 2009.

Но оказалось вполне достаточным просто убить все двугранные углы:

* * * * R

и продолжительность шага оптимизации геометрии сократилась с полусуток до нескольких минут:
http://www.primefan.ru/stuff/chem/72!.rar

Огромное спасибо Reizen за совет. Теперь расчёты изомеров B₇₀C₂H₇₂ буду вести именно так

[VTur]

А не получилось то, что Вы считаете в z-матрице?

[Droog_Andrey]

В смысле, Opt(Z-matrix)? Не пробовал.

[VTur]

Можно и так. Я имел ввиду доудолялись расширенных координат до z-матрицы

[Droog_Andrey]

Нет, в z-матрице по-другому чутка получается.

Так, как сейчас - отлично.

[Yurii]

... Но оказалось вполне достаточным просто убить все двугранные углы:

* * * * R

и продолжительность шага оптимизации геометрии сократилась с полусуток до нескольких минут: ...

Все зависит от конкретной задачи: можно и пролететь. Например, для расчета системы с симметрией IH, содержащей не одну сотню тяжелых атомов (не только углеродов), для полуэмпирики этот выбор оправдан, а уже в неэпирическом расчете этого не имеет смысла делать.