Параметры РС для QM расчетов-?

[КВГ]

Всем привет! Извините, если не совсем "в тему", но хотелось бы использовать опыт посетителей именно этой страницы. Большая просьба высказать соображения по след. теме (желательно с учетом низкого уровня моих познаний, в т.ч. и терминологических): нужно купить РС для квантовохимических расчетов. Имеется скромная сумма около 100 тыс. руб., ориентация в расчетах в первую очередь на PC Gamess Грановского. Вопросы такие:

1) Мне кажется, что безопаснее брать 2-хядерный Athlon (не топовый) - более низкие частоты процов, у меня один есть - вроде ничего. Gamess ведь поддерживает "двухядерность" и для Атлонов?

2) А вот про Opteron'ы ничего не знаю… Смотреть в эту сторону или нет?

3) Может, кто-то знает, не планируется ли в будущем поддержка 4-ядерных РС в Gamess? Я понял так, что сейчас этого нет. Или я ошибаюсь?

4) RAID нужен? Если да, то что предпочтительнее? RAID контроллер, видимо, - чтобы не грузил проц?

5) Если RAID что-то дает, то след. вопрос - поддерживают ли RAID контроллеры только одну пару дисков или есть и для двух пар HDD?

6) Каков оптимальный размер дисков? Ультраскоростные диски имеет смысл смотреть или они в смысле надежности не очень?

7) Надо ли обзаводиться дополнительно ультраскоростным диском для форс-мажорных обстоятельств (каких именно - не знаю!)?

А что - винду лучше ставить с SP1, а не с SP2? (что это у меня смайлик подменяет восьмой пункт?)

9) Пока хочу под виндой считать, но если под Линукс, то что лучше? SuSE, я слыхал, тормозит по сравнению с некоторыми другими? Но под ней, кажется, много считают? А Mandrive, Debian, Fedora?

10) Что еще следует непременно иметь в виду? Напр., собственные частоты и частоты обмена имеют существенное значение? 800 МГц хватит? Или подгонять все, что можно, под ~1000МГц?

11) Может, у Intel на выходе есть что-то в меру новое и в то же время весьма надежное ? Или так не бывает?..

[Darth Vasya]

Тогда не PC, а workstation

Проц: Intel Xeon какой-нибудь топовый (быстрее E7220 вряд ли что-то найдётся - это если больше двух ядер не интересно).

Обратите внимание на скорость памяти и пропускную способность шины.

В RAID можно много дисков напихать, чем больше - тем быстрее будет работать (с оговорками, само собой).

Винду лучше НЕ ставить - она много весит. Линукс. Говорят, Убунту наиболее "эргономичный" дистрибутив, что важно для закоренелого пользователя Винды

[Nik®]

1) здесь не понял в чем заключается опасность, так что берите четырехядерный

2) ИМХО на опти лучше не смотреть (нет ну может на феномы да) а так лучше посмотреть на квад кор от интел, лучше ревизии G0

3) да вроде она там уже давно есть во всяком случае тесты я уже видел и сам пробовал запускать, все отлично считает

4) для гамеса с его "любовью" к дисковому пространству конечно же лучше рэйд контроллер

5) конечно же поддерживают и четыре диска

6) размер дисков определите сами исходя из того что в RAID 0 дисковое пространство суммируется. По поводу sas или scsi дисков могу Вам сказать
что они весьма надежны, имеют много дополнительных фич типа NCQ, TCQ которые на мой взгляд не всегда нужны в повседневных задачах и соответственно имеют немалую цену. Соответственно под эти диски необходима серверная материнская плата или рэйд контроллер которые стоят немало. Если уж и хотите скоростные диски то выше рапторов не подниматься ИМХО.

7) Вот здесь довольно интересная ситуация: что лучше собрать рэйд 0 из четырех дисков и завести на нем четыре рабочих директории для каждой копии гамеса (в случае четырех ядерного проца) или же оставить каждый диск сам по себе и разнести рабочие директории по отдельным дискам ?
сам незнаю, но использую второй вариант, может кто то экспериментировал и знает в каком случае производительность будет лучше ?

А чем вам не нравится сп2 ? имхо ничем не хуже, всякие разговоры про то что сп2 работает как то не так не поддерживаю и считаю их бессмысленными

9) Здесь конечно лучше использовать server 2003 имхо, но цена на него весьма кусучая поэтому совершенно очевидно что альтернатива ему GNU/Linux

10) ИМХО обращать внимание на частоту шины FSB/HT имеет в том случае если у Вас на одной плате работает более четырех физических ядер, например при переходе от шины 1066 QPB до 1333 QPB для процессоров интел прирост составляет не более 5%.

P.S. ИМХО серверные комплектующие лучше не брать поскольку все они стоят очень больших денег особенно буферизованная память а для расчетов, сами знаете, чем больше памяти тем лучше
Здесь весьма заманчивым выглядит предложение взять процессор Q6600 ревизии G0 и разогнать, разгон с 266 Мгц FSB до 333 они в подавляющем большинстве берут с легкостью и без повышения напряжения на ядре, правда здесь необходимо заранее позаботиться о производительном куллере на тепловых трубках.(у меня во всяком случае Q 6600 работает в разгоне на 3.0 ГГц с 4 ГБ памяти, я думаю и у многих других тоже)

[КВГ]

Прошу прощения: молчал, т.к. трафик давно кончился, теперь ем чужой. А сообщения о наличии ответов не приходят в этом случае, чего я не знал и думал, что нет ответов. Большое спасибо за советы!
Как будто просматривается такой вариант: лучше брать интеловский квад Q6600 ревизии G0 и малость разогнать. ОС - либо server 2003 (никогда даже не видел), либо GNU/Linux. Сказевые диски не брать, обойтись RAID 0 с контроллером - скажем, на 4 диска, обычные или раптор. Я люблю диски по 500 Гб почему-то.
Если по деньгам не проходит, то смотреть на Intel Xeon E7220 или еще что-то из этой линейки. Про Убунту только слышал (скоро пришлют какую-то версию, погляжу).
Но если можно, то еще несколько вопросов:
1) Разгон от 266 FSB до 333 МГц не великоват, (это уже больше не только 10-ти, но даже и 20-ти %)? Кулер, само собой, закажу по Вашей рекомендации.
2) Надо непременно лицензированную версию server 2003?.. Нас пока в этом смысле не ограничивают.
3) РС Gamess поддерживает работу на server 2003? А под GNU/Linux?
4) А винду какую-нибудь попроще нельзя поставить на 4-ядерный?
3) Совсем не понял: "четыре рабочих директории для каждой копии гамеса / разнести рабочие директории по отдельным дискам". Я только начал осваивать Gamess. Это для параллельного счета нескольких задач? Я читал, что и для одной-то задачи лучше иметь три диска - системный, для Гамесс и для файла подкачки (а хотелось бы еще и зеркалировать данные для больших задач…).
4) По поводу 4 Гб памяти: server 2003 видит все четыре Гб? WinXP больше трех (с маленьким довеском) не видит. Извиняюсь, если брякнул не то, - серверы для меня темный лес.
5) Примерно какого выигрыша можно ожидать на Q6600 по сравнению с Xeon E7220?
Еще раз - большое спасибо!

[Darth Vasya]

Microsoft Windows Compute Cluster Server

Кстати, вопрос знатокам: как этот PC-Gamess параллелится, что его можно даже под виндой гонять на нескольких ядрах?

[Marxist]

Из дистрибутивов линукс лучше использовать дебиан как самый устойчивый, или, на худой конец, федору-мандриву-сусе. Убунту не слишком хвалят.

[Nik®]

Если по деньгам не проходит, то смотреть на Intel Xeon E7220 или еще что-то из этой линейки.

Xeon 7220 (2,93 ГГц/2 x 4 Мб L2/80 Вт) $1177
CPU Intel Core 2 Quad Q6600, 2,40GHz, 8Mb, 1066MHz,4Mb Socket-775 OEM 277y.e. 6736руб.
CPU Intel Core 2 Quad Q6700, 2,66GHz, 8Mb, 1066MHz,4Mb Socket-775 BOX 585,15y.e. 14229руб

Вы еще не передумали брать серверные комплектующие ?

1) нет не великоват ИМХО в самый раз тем более что частота FSB 333 Мгц является стандартной для работы чипсетов P35 и X38 так что разгоняться будет только процессор.

2) это на Ваше усмотрение

3) http://classic.chem.msu.su/gran/gamess/

4) можно конечно, Win ХP SP2

5) для работы в SMP режиме, который Вы и будете использовать, необходимо создать "рабочую" директорию для каждого ядра, так что вполне возможно что преимущество рэйда сойдет на нет когда будут выполняться одновременные операции ввода/вывода в каждой рабочей директории, хотя, возможно я ошибаюсь

6) http://technet.microsoft.com/ru-ru/wind ... 30827.aspx

7) http://classic.chem.msu.su/gran/gamess/

[КВГ]

Всем большое спасибо за разъяснения!
Да, Xeon'ы нынче дороговаты (а может, ошибка, и это на с.д. 4хядерный?..). Надо протестовать против таких цен.
Про server 2003 почитал, спасибо за ссылки. Понял так, что лучше Standard Edition, но можно обойтись и Windows Small Business Server? Но первая имеет 64-битную версию - не лучше ли ставить сразу ее, если найдется? Читал, что готовится чистая 64-битная версия PC Gamess.
Посмотрел и сравнение 2х- и 4х-ядерных на сайте PC Gamess, все понял.
Что касается Линукс, то мнение Marxista относительно Debian совпадает с моей информацией, хотя у нас тут больше в ходу SuSE (норвеги, наши соседи, его предпочитают, кажется). А вот в тестах на сайте многоуважаемого А. Грановского, используют и Ubuntu, и Open SuSE 64 bit. Причем, последнюю - как раз для Intel Quad-core Core 2 Quadro QX-6700). Кстати, а насколько сильно проигрывают несерверные ОС - простая винда и линукс? Как-то это можно полуколичественно оценить?

А вот еще Nik® пишет, что "...преимущество рэйда сойдет на нет…" - а поточнее никто не может сказать? Очень нужен рэйд или не очень? Или уж тут смотреть по финансам? А у вас, Nik®, есть рэйд?

Еще раз большое спасибо, кое-что стало понятно.

[Nik®]

ИМХО если планируете более 4 Гб памяти (благо DDR 2 щас дешевая) то ставьте первую, если найдется конечно или же последовать совету который дал Вам Marxist

думаю что особой разницы в скорости работы между сервеной и не серверной системой нет, просто первые более стабильны в работе

я монтировал рэйд на ICH9R, скорость конечно увеличилась но поскольку это не чисто аппаратный рэйд то я его размонтировал обратно,
более менее нормальный рэйд контроллер стоит порядка $200 а хороший $500(мои финансы не позволяют) так что смотрите по финансам
ну и обзоры соответственно

[КВГ]

Большое спасибо, с железной начинкой более-менее разобрался. Если можно, то хотелось бы прояснить ситуацию с вспомогательным софтом: у Грановского есть ссылки на 4 программы, относящиеся к т.н. graphical front end - PCGam, RUNpcq, Facio, ChemCraft. Но вообще-то мне нужно иметь не только graphical end, но и "graphical beginning", т.е. где-то сформировать структуру, потом хорошо бы, наверное, эту структуру предварительно оптимизировать в МД-программе, считать координаты атомов и ввести их в input для PC Gamess.
Соответственно возникает по кр. мере два-три вопроса:
1) какая из перечисленных программ позволяет строить структуры, в т.ч. из готовых фрагментов - октаэдров, додекаэдров и т.п., и считывать координаты непосредственно из нее (без использования МД)? Расчет координат, как правило, - целая проблема! Если никакая не позволяет, то может, кто-то знает подходящую free?
2) Совместима ли какая-то из перечисленных 4-х программ с какой-либо МД-программой? И надо ли стремиться предварительно оптимизировать структуру в МД?
3) Вероятно нужен еще и конвертор форматов файлов, позволяющий пристыковать к PC Gamess плоды предварительных трудов? А какой конвертор? У Gamess (US)и PC Gamess одинаковые форматы рабочих файлов? Т. е., ежели будет написано, что есть конверсия в input format of Gamess, то следует ли из этого, что это относится и к PC Gamess?
Спасибо!

[Marxist]

1) какая из перечисленных программ позволяет строить структуры, в т.ч. из готовых фрагментов - октаэдров, додекаэдров и т.п., и считывать координаты непосредственно из нее (без использования МД)? Расчет координат, как правило, - целая проблема! Если никакая не позволяет, то может, кто-то знает подходящую free?
2) Совместима ли какая-то из перечисленных 4-х программ с какой-либо МД-программой? И надо ли стремиться предварительно оптимизировать структуру в МД?
3) Вероятно нужен еще и конвертор форматов файлов, позволяющий пристыковать к PC Gamess плоды предварительных трудов? А какой конвертор? У Gamess (US)и PC Gamess одинаковые форматы рабочих файлов? Т. е., ежели будет написано, что есть конверсия в input format of Gamess, то следует ли из этого, что это относится и к PC Gamess?
Спасибо!

1-2. Гиперкем, Пимол
3. ОпенБабель

[КВГ]

1-2. Гиперкем, Пимол

А что это за "Пимол"? Знаю только Q-mol, jmol, Openmol. Это тоже viewer?

[Darth Vasya]

PyMol

вроде ещё GaussView всякий ничего так

[Yu/2]

Кстати, вопрос знатокам: как этот PC-Gamess параллелится,

Часть (бОльшая) методов через MPI, часть традиционный multithreading.

что его можно даже под виндой гонять на нескольких ядрах?

А в чем проблема при нескольких ядрах под виндой?

[Darth Vasya]

А в чем проблема при нескольких ядрах под виндой?

MPI?

[КВГ]

PyMol

вроде ещё GaussView всякий ничего так

А PyMol-то платный. Наша бухгалтерия не умеет оплачивать в у.е. А компилировать в Питоне не умеем ни бухгалтерия, ни я ...

[Yu/2]

А в чем проблема при нескольких ядрах под виндой?

MPI?

Ну, MPI (по крайней мере MPI-1) под винду есть и работает.

[Marxist]

А PyMol-то платный. Наша бухгалтерия не умеет оплачивать в у.е. А компилировать в Питоне не умеем ни бухгалтерия, ни я ...

Пимол бесплатный до версии 1.0, поэтому надо качать версию 0.99. Компиляция там не требуется, особенно питоновская компиляция.

[Darth Vasya]

Ну, MPI (по крайней мере MPI-1) под винду есть и работает.

(пошёл гуглить)

[КВГ]

Пимол бесплатный до версии 1.0, поэтому надо качать версию 0.99. Компиляция там не требуется, особенно питоновская компиляция.

Понял, спасибо!