Кхм, проба пера: водородная связь с олефинами.

[pH<7]

Код: Выделить всё

#B3LYP/STO-3G test scrf (pcm, solvent=h2o) opt

Нужна была оптимизованная геометрия для пары веществ для дальнейшего докинга с белками. В одном из них был фрагмент 2-аллилфенола. Заметил, что оптимизаторы любят приближать OH-группу к двойной связи. Расчёт двух конформаций в газовой фазе показал, что А менее стабильна, чем B (на 5.1 кДж/моль) и более стабильна в воде (на 1.7 кДж/моль).

Ну и стоило ли это того?

[Marxist]

а трёхмерную картинку можно?

[pH<7]

Эээ влом, можно OUT файлы просто выложить?

[pH<7]

В общем выложил. Входные координаты для газовой фазы - ММ2 оптимизация в Chem3D 10, для воды - из оптимизированной газовой фазы.

[Lexx]

Код: Выделить всё

#B3LYP/STO-3G test scrf (pcm, solvent=h2o) opt

Нужна была оптимизованная геометрия для пары веществ для дальнейшего докинга с белками. В одном из них был фрагмент 2-аллилфенола. Заметил, что оптимизаторы любят приближать OH-группу к двойной связи. Расчёт двух конформаций в газовой фазе показал, что А менее стабильна, чем B (на 5.1 кДж/моль) и более стабильна в воде (на 1.7 кДж/моль).

Ну и стоило ли это того?

Примено так и должно быть. Только для расчета в воде не учитывается специфическое взаимодействие. А энергии - скорее всего далеки от реальности.

[Darth Vasya]

Код: Выделить всё

#B3LYP/STO-3G

Вот эта фраза мне не совсем понятна: оптимизировать что-то с таким базисом всерьёз нельзя. Соответственно, при такой точности непонятно и зачем использовать B3LYP - PBEPBE/CEP-31G*, на мой взгляд, для энергий вполне должно подойти при сравнимой скорости расчёта.

[pH<7]

Господа, я и не сомневался, что я всё делал не так.

К тому же, это описано:
http://www.tim.hi-ho.ne.jp/dionisio/pag ... ction.html