GAMESS оптимизация

обсуждение вопросов физической химии и химической физики
physical chemistry and chemical physics: discussions for professionals
Ответить
Amora
Сообщения: 24
Зарегистрирован: Пн окт 06, 2008 12:34 pm

GAMESS оптимизация

Сообщение Amora » Пт окт 16, 2009 12:32 pm

Здравствуйте,
не понимаю в чем может быть ошибка, но job не запускается...
помогите найти ошибку...

-----------------
$CONTRL SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE COORD=UNIQUE MPLEVL=2 UNITS=ANGS $END
$SYSTEM TIMLIM=600 MEMDDI=100 MWORDS=1000 $END
$BASIS GBASIS=ACCT $END
$DATA
C2H4...C2H4  opt
C1
C 6.0 0.6663717510 0. 0.
C 6.0 -0.6663717510 0. 0.
H 1.0 1.230519756 0. 0.9232441928
H 1.0 1.230519756 0. -0.9232441928
H 1.0 -1.230519756 0. -0.9232441928
H 1.0 -1.230519756 0. 0.9232441928
C 6.0 0. 0.6663717510 3.8
C 6.0 0. -0.6663717510 3.8
H 1.0 0. 1.230519756 4.723244193
H 1.0 0. 1.230519756 2.876755807
H 1.0 0. -1.230519756 2.876755807
H 1.0 0. -1.230519756 4.723244193
$END

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2046
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: GAMESS оптимизация

Сообщение amge » Пт окт 16, 2009 1:46 pm

Не многовато ли памяти запросили (8 G для каждой ноды + 0.8 G общей) ?

Amora
Сообщения: 24
Зарегистрирован: Пн окт 06, 2008 12:34 pm

Re: GAMESS оптимизация

Сообщение Amora » Пт окт 16, 2009 2:21 pm

amge писал(а):Не многовато ли памяти запросили (8 G для каждой ноды + 0.8 G общей) ?
Поставила MEMDDI=5, но все равно ошибка:


**** THERE ARE ATOMS LESS THAN 0.100 APART, QUITTING... ****
EXECUTION OF GAMESS TERMINATED -ABNORMALLY- AT Fri Oct 16 13:19:35 2009
440000 WORDS OF DYNAMIC MEMORY USED
ON NODE 0 STEP CPU TIME= 0.00 TOTAL CPU TIME= 0.0 ( 0.0 MIN)
TOTAL WALL CLOCK TIME= 0.0 SECONDS, CPU UTILIZATION IS 0.00%
A fatal error occurred on DDI Process 0.
A fatal error occurred on DDI Process 1.
ddikick.x: application process 1 quit unexpectedly.
ddikick.x: Fatal error detected.
The error is most likely to be in the application, so check for
input errors, disk space, memory needs, application bugs, etc.
ddikick.x will now clean up all processes, and exit...
ddikick.x: Sending kill signal to DDI processes.
ddikick.x: Execution terminated due to error(s).
unset echo
----- accounting info -----
Fri Oct 16 13:19:38 CEST 2009
Files used on the master node webern50.u-bourgogne.fr were:
-rw------- 1 yu0930ka icb 592 Oct 16 13:19 /work/icb/yu0930ka/gamess/C2H4C2H4_opt.F05
-rw-r--r-- 1 yu0930ka icb 261760 Oct 16 13:19 /work/icb/yu0930ka/gamess/C2H4C2H4_opt.F10
-rw------- 1 yu0930ka icb 592 Oct 16 13:19 /work/icb/yu0930ka/gamess/C2H4C2H4_opt.inp
-rw-r--r-- 1 yu0930ka icb 15938 Oct 16 13:19 /work/icb/yu0930ka/gamess/C2H4C2H4_opt.log
while: Expression Syntax.
Starter(9014): Return code=1
Starter end(9014)

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2046
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: GAMESS оптимизация

Сообщение amge » Пт окт 16, 2009 2:38 pm

И MWORDS=1000 -- зачем столько?

Похоже, какой-то глюк.
THERE ARE ATOMS LESS THAN 0.100 APART -- это неправда.

Попробуйте все 0. заменить на 0.0

Amora
Сообщения: 24
Зарегистрирован: Пн окт 06, 2008 12:34 pm

Re: GAMESS оптимизация

Сообщение Amora » Пт окт 16, 2009 2:47 pm

amge писал(а):И MWORDS=1000 -- зачем столько?

Похоже, какой-то глюк.
THERE ARE ATOMS LESS THAN 0.100 APART -- это неправда.

Попробуйте все 0. заменить на 0.0


Заменила, все равно то же самое выводит...

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2046
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: GAMESS оптимизация

Сообщение amge » Пт окт 16, 2009 3:14 pm

Вот такой инпут у меня считается без ошибок

Код: Выделить всё

 $CONTRL SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE COORD=UNIQUE MPLEVL=2 UNITS=ANGS $END
 $SYSTEM TIMLIM=600 MEMDDI=8 MWORDS=32 $END
 $BASIS GBASIS=ACCT $END
 $DATA
 C2H4...C2H4  opt
 C1
 C 6.0  0.666371751 0.0          0.0
 C 6.0 -0.666371751 0.0          0.0   
 H 1.0  1.230519756 0.0          0.9232441928
 H 1.0  1.230519756 0.0         -0.9232441928
 H 1.0 -1.230519756 0.0         -0.9232441928 
 H 1.0 -1.230519756 0.0          0.9232441928
 C 6.0  0.0         0.666371751  3.8
 C 6.0  0.0        -0.666371751  3.8 
 H 1.0  0.0         1.230519756  4.723244193
 H 1.0  0.0         1.230519756  2.876755807
 H 1.0  0.0        -1.230519756  2.876755807
 H 1.0  0.0        -1.230519756  4.723244193
 $END

Amora
Сообщения: 24
Зарегистрирован: Пн окт 06, 2008 12:34 pm

Re: GAMESS оптимизация

Сообщение Amora » Пт окт 16, 2009 3:20 pm

amge писал(а):Вот такой инпут у меня считается без ошибок

Код: Выделить всё

 $CONTRL SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE COORD=UNIQUE MPLEVL=2 UNITS=ANGS $END
 $SYSTEM TIMLIM=600 MEMDDI=8 MWORDS=32 $END
 $BASIS GBASIS=ACCT $END
 $DATA
 C2H4...C2H4  opt
 C1
 C 6.0  0.666371751 0.0          0.0
 C 6.0 -0.666371751 0.0          0.0   
 H 1.0  1.230519756 0.0          0.9232441928
 H 1.0  1.230519756 0.0         -0.9232441928
 H 1.0 -1.230519756 0.0         -0.9232441928 
 H 1.0 -1.230519756 0.0          0.9232441928
 C 6.0  0.0         0.666371751  3.8
 C 6.0  0.0        -0.666371751  3.8 
 H 1.0  0.0         1.230519756  4.723244193
 H 1.0  0.0         1.230519756  2.876755807
 H 1.0  0.0        -1.230519756  2.876755807
 H 1.0  0.0        -1.230519756  4.723244193
 $END
СПАСИБО БОЛЬШОЕ!!!!!!! пошло!

Ответить

Вернуться в «физическая химия / physical chemistry»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 3 гостя