Расчет спектров УФ-Видимый

[tarahov]

Пожалуйста, посоветуйте, какой софт (лучше бесплатный, если нет, то где скачать) использовать для расчетов и интерпретации спектров в УФ-видимой области. Я работаю со спектрами комплексов полифенолов (растительных флавоноидов) с металлами (железо, медь, алюминий и др.). Хочу понять, какие части спектра каким группам принадлежат, почему и как меняется спектр при изменении среды (например рН, диэлектрические свойства растворителя, соотношение вещество:металл). Я не физхимик, если программа дает просто распечатку цифр и букв, без пояснений, мне трудно понять, что это значит.

[o-oxhem]

По первому пункту: программа ORCA http://www.thch.uni-bonn.de/tc/orca/
Скачивается после бесплатной регистрации (только для целей статистики).
Это далеко не единственный выбор. Но очень хороший.

По второму пункту: любая квантовохическая (или по-новому квантово-химическая) программа даёт набор цифр, но это не тел. номера. В них есть смысл и определённые пояснения (комментарии) программа выдаёт. Существуют программы для пост-процессинга - различные визуализаторы спектров, молекулярной геометрии и т.п.
Но одозначно в физических величинах надо разбираться: неизвестная величина - плохой результат.

[tarahov]

Огромное спасибо за подсказку!

[tarahov]

Я скачал ORCA, причем несколько разных версий. Например, "orca_win_exe_2.6.71b.zip". При раскрытии оказалось, что там содержится несколько папок, вложенных последовательно друг в друга. В последней папке - несколько десятков файлов .exe. Ни один из них не открывается (у меня Win.XP). Возможно, где-то должна находиться программа, которая всем этим управляет, но я ничего не нашел. Задал вопрос на форуме ORCA, но никто не отвечает. Пожалуйста, объясните, как это работает?

[suprachemister]

PhotochemCAD

Код: Выделить всё

http://www.photochemcad.com/index.html

PhotochemCAD is database of absorption and fluorescence spectra, including molar absorption coefficients and fluorescence quantum yields, has been compiled for 125 photochemically relevant compounds. An accompanying program enables calculation of oscillator strengths, natural radiative lifetimes, transition dipole moments, Forster energy-transfer rates, multicomponent analysis, simulations of fluorescence spectra upon energy transfer among linear arrays of pigments, calculations of blackbody radiator curves at different temperatures and Lorentzian and Gaussian peak distributions. The program runs under Windows 95 and is equipped with extensive literature references and help features.

[tarahov]

PhotochemCAD - это хорошо, но где взять?

[EvgeniX]

Я скачал ORCA, причем несколько разных версий. Например, "orca_win_exe_2.6.71b.zip". При раскрытии оказалось, что там содержится несколько папок, вложенных последовательно друг в друга. В последней папке - несколько десятков файлов .exe. Ни один из них не открывается (у меня Win.XP). Возможно, где-то должна находиться программа, которая всем этим управляет, но я ничего не нашел. Задал вопрос на форуме ORCA, но никто не отвечает. Пожалуйста, объясните, как это работает?

Управляет всем orca.exe, только просто-так его не запустишь, ему нужно передавать путь к файлу-заданию (входному файлу), а выходные данные записывать в файл расчёта. Синтаксис примерно следующий, в командной строке набрать:

cd /d "..\Orca 2.6.35"
orca.exe "..\file.in" > "..\file.out" 2> nul

Всё описано в файле руководства, который также можно скачать с сайта (OrcaManual_2.6.35.pdf).

[suprachemister]

[tarahov]

Спасибо за подсказки. PhotochemCAD - бесплатный софт, но, если я правильно понял руководство, он не позволяет рассчитывать спектры на основании хим. формулы. Спектры надо брать из готового списка или вводить самому для дальнейших подсчетов.

А вот руководство к Orca - это действительно может быть полезным. Как я сам не догадался про это? Раньше я не пользовался софтом, который бы управлялся таким образом. На первый взгляд кажется страшно неудобно.

[EvgeniX]

На первый взгляд кажется страшно неудобно.

Наоборот, это наиболее удобный способ задания исходных данных для проведения расчётов. Программы на месте не стоят, из-за появления новой функции никто глупо заново проектировать интерфейс, думать, куда добавить новую кнопочку, появление же новой кнопочки в оконной программе приводит к затруднениям в работе. Используемый же принцип применяется во всех уважаемых квантовохимических программах (ORCA, Природа, GAMESS US, FireFly и т.д.), позволяет одинаково проводить расчёты как на личном персональном компьютере, так и на мощных кластерах, находящихся на другом конце земного шара.

[amge]

На первый взгляд кажется страшно неудобно.

Мне тоже кажется, что это наиболее удобный способ запуска. А если хочется запускать расчет двойным щелчком мышки, то можно сделать bat-файл такого содержания
d:\path\to\orca\orca.exe %1 > %1.out 2> %1.err
(только надо проверить, не помню точно синтаксис bat-файлов).
Затем связать расширение in с этим файлом. Тогда двойной щелчок по инпут-файлу сразу будет запускать расчет.

[tarahov]

В мануале сказано:
Under Windows98/NT the program is called
orca MyMol.inp > MyMol.out

У меня Win.XP. В окошке "Запуск программ" я пишу путь к файлу, а затем эту "магическую" фразу:
D:\Documents and Settings\orca\x86_exe\release\orca MyMol.inp > MyMol.out

Комп отвечает, что Windows не удалось найти этот адрес. Но путь задан без ошибок. Я его просто "вклеил" в строку. Я пробовал много разных вариантов. Ничего не помогает.

Я также пробовал запустить из окошка Командной Строки. Также пишу путь, а потом: orca MyMol.inp > MyMol.out
Машина отвечает: "orca" не является внутренней или внешней командой, исполняемой программой или пакетным файлом"

[Marxist]

добавьте её в PATH. Надеюсь, переменные окружения менять умеете. И многие виндовые программы требуют задания путей к ним без пробелов.

[tarahov]

К сожалению, никогда с этим не имел дела. Буду очень признателен, если Вы объясните подробнее о PATH и о переменных окружения.
А где можно прочитать про это в доступной форме?

[Marxist]

http://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9F%D0% ... 8B_Windows

[tarahov]

Эта ссылка о переменных средах - типичный пример руководства, которое мало помогает.
Итак,из того, что я понял я попробовал следующее:
1.В окошке ЗАПУСК ПРОГРАММ я написал:
PATH=D:\Documents and Settings\1\orca\MyMol.inp>MyMol.out
Она снова ответила, что "Windows не удалось найти..."

2.В окошке КОМАНДНАЯ СТРОКА я не могу ввести эту запись поскольку там по умолчанию стоит запись: "D:\Documents and Settings\1\", которая не подлежит редактированию

3. Я вошел в переменные среды из кнопки МОЙ КОМПЬЮТЕР. Я там записал PATH с указанием пути к папке ORCA. Ну, а дальше-то что? Там нет никакой исполнительной кнопки. Я могу только это сохранить. В руководстве не сказано, как этим пользоваться.

[Marxist]

Читайте внимательнее, где это надо менять. В википедии всё написано.

там по умолчанию стоит запись: "D:\Documents and Settings\1\", которая не подлежит редактированию

Переменные окружения устанавливаются командой set. Смена директории осуществляется командой cd. Вы бы хоть инструкцию почитали.

[suprachemister]

уже обсуждалось
GAMMES для расчета УФ-спектров

[tarahov]

У меня есть GAUSSIAN 3W с которым я хочу работать в Chem3D. Но он не работает. В Chem3D имеется интерфейс GAUSSIAN, но когда я прошу сделать какие-либо вычисления, он говорит:
1) Gaussian Job: # RHF/6-31G Opt Test
error: An error has occurred during the Gaussian calculation. Please see the Gaussian output file for more information: D:\Documents and Settings\1\??? ?????????\Gaussian Interface\QUERCETIN\QUERCETIN.out

В указанном output файле, к которому меня отсылают за дополнительной информацией, кроме стандартной "шапки" с информацией о лицензионных правах программы, записаны результаты вычислений:

Gaussian 03: IA32W-G03RevC.01 3-Apr-2004
03-Aug-2010
******************************************
%Chk=QUERCETIN.chk
--------------------
# RHF/6-31G Opt Test
--------------------
1/18=20,38=1/1,3;
2/9=110,17=6,18=5,40=1/2;
3/5=1,6=6,11=1,16=1,25=1,30=1/1,2,3;
4/7=1/1;
5/5=2,38=5/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,28=1/1;
7//1,2,3,16;
1/18=20/3(1);
99//99;
2/9=110/2;
3/5=1,6=6,11=1,16=1,25=1,30=1/1,2,3;
4/5=5,7=1,16=3/1;
5/5=2,38=5/2;
7//1,2,3,16;
1/18=20/3(-5);
2/9=110/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,19=2,28=1/1;
99/9=1/99;

Может ли кто-нибудь посоветовать, что надо сделать, чтобы результаты появлялись в окне Chem3D?