Недавно начал изучать молекулярную динамику с помощью громакса. Решил попрактиковаться на простых молекулах в воде.
Подскажите, пожалуйста, как можно с помощью команды g_bond просмотреть изменение длины определённой связи во времени? Если делать как написано в файле справки:
g_bond -f <имя_файла_траектории>.xtc -n <имя_индексного_файла>.ndx -o
(Gromacs создаёт файлы: bonds.xvg и distance.xvg.) то получается что в файле distance.xvg содержатся данные как изменяется средняя длина связи во времени.
Была идея создать в индексном файле группу, содержащую только те два атома, изменение длины связи между которыми необходимо проследить. И над этой группой произвести нужную операцию.
Посоветуйте, правильным ли будет данный подход или может быть стоит использовать какие-то дополнительные опции g_bond?
P.S. В поисках ответа на данный вопрос в интернете ничего не нашёл кроме ссылок на файл помощи gromacs'а
. Есть ли какие-нибудь ресурсы, где можно было бы посмотреть примеры использования программ для анализа результатов симуляции молекулярной динамики (не плохо бы на русском или английском языке 
)?