Форум химиков

Скажите пожалуйста, как расчитывается энергия кавитиции (cavitation energy) и энергия отталкивания (repulsion energy) в модель РСМ. Буду премного благодарен.

Энергия образования полости рассчитывается аналитически с использованием выражений теории масштабной частицы (scaled particle theory), разработанной для описания термодинамических свойств смесей твердых сфер. В расчетах используется несколько адаптаций этого формализма. Полость представляется как совокупность перекрывающихся сфер. В PCM Гауссиана, помнится, энергия образования полости рассчитывется по формуле Пьеротти-Клаверье как сумма SPT вкладов с весами, равными долям поверхностей сферических сегментов, "контактирующих" с растворителем.
Для расчета repulsion energy используется два подхода. Дешевый и быстрый на основе аддитивной схемы эмпирических атом-атомных потенциалов. При этом распределение растворителя относительно растворенной молекулы считают однородным (гомогенное приближение). Другой способ - оригинальный метод Amovilli-Mennucci, основанный на использовании модельного гамильтониана, описывающего обменное отталкивательное взаимодействие молекулы с поляризуемой средой. Насколько помню, именно первый реализован в Гауссиане. Подробнее см. обзоры. в exchange.

В результате расчета с использованием модельи РСМ соединений с водородными связями получаются отрицательные колебательные частоты. Расчет с использованием ключевых слов tight и vtight от них избавится не бозволяет. Можно с ними что-нибудь сделать? Расчитывается стационарное состояние.

возможно, у Вас не совсем стационарное состояние
оптимизацию геометрии в растворе проводили?

helicase
возможно, у Вас не совсем стационарное состояние
оптимизацию геометрии в растворе проводили?

Да

А можно поподробнее, что за система?

Ассоциаты из двух трех и более молекул метанола.