как строить карту реакции?

[Love]

Подскажите, пожалуйста, как построить карту реакции, в какой проге или еще как?
Реакция не сложная, обмен водорода, но сами молекулы достаточно большие (в сумме около 50-60 атомов).
Какие-нибудь идеи есть?

[Сержл]

Карта реакции, это как? Может я от жизни отстал.

[helicase]

надо полагать, имеется в виду энергетический профиль реакции

[surius]

Думаю, это что типа координата реакции как Х, как У-энергия, ну а как Z-какой-нить параметр. Я прав?

А вы по расчетным данным собираетесь карту строить, или по эксперименетальным? Но в любом случае идея общая: Строите энергетический профиль реакции про фиксированном значении параметра S. Потом для значения параметра S+dS. Ну и так нужное колличество итераций.
А когда будите иметь массив, уже можно будет или ручками, но лучше, наверное в маткаде или по любви...

[ИСН]

Карту чего от чего собираетесь строить? Сириусу в мозг прыгнуло одно, мне - довольно-таки сильно другое, а все телепаты в отпуске.

[Love]

Задача состоит в следующем, есть реакция, надо построить карту данной реакции - энергетическую схему. Вопрос в следующем, как получить данные, чтобы ее построить.
то что само "рисование" проводится в матлабе, это понятно. Как найти параметры, исходя из которых строить. В какой проге можно их расчитать. Были попытки использовать для этих целей HyperChem, но или я чего не понимаю, или он не строит в принципе карту реакции, а только находит переходное состояние.

[amge]

Задача состоит в следующем, есть реакция, надо построить карту данной реакции - энергетическую схему. Вопрос в следующем, как получить данные, чтобы ее построить.
то что само "рисование" проводится в матлабе, это понятно. Как найти параметры, исходя из которых строить. В какой проге можно их расчитать. Были попытки использовать для этих целей HyperChem, но или я чего не понимаю, или он не строит в принципе карту реакции, а только находит переходное состояние.

Из переходного состояния можно осуществить спуск по IRC до нижележащей стационарной точки (в обе стороны, если ПС несимметрично, и проверить, посчитав гессиан, что спустились в минимум, о то бывает, что в другое ПС). По оси X будут точки IRC, по оси Y - энергия. Построить график. Это, IMHO, самый правильный подход, так как зачастую для реакции не удается найти какого-либо геометрического параметра молекулы, который можно было бы однозначно связать с протеканием реакции.
Если такой параметр имеется, то все проще. Тогда можно просканировать реакцию: для серии геометрий с различной замороженной величиной этого параметра прооптимизировать остальные и построить график параметр-энергия.
В большинстве квантово-химических программ для IRC и для сканирования есть специальные ключевые слова.

[Love]

Благодарствую!!!

[Cherep]

<offtopic>
*ворчит*
матлаб, небось, пиратский
</offtopic>

[VTur]

Если в наличии ПС и два минимума, то обычно стою в Ворде, если насчитали кучу энергий на склонах кривой вдоль координаты реакции, то и Екселем можно. Но все пользуются Мэплом.

[Love]

Простите, а в Ворде это как?

[ИСН]

Берёт и гнёт руками кривую Безье, очевидно. По трём точкам, что там морочиться-то.

[EvgeniX]

зачастую для реакции не удается найти какого-либо геометрического параметра молекулы, который можно было бы однозначно связать с протеканием реакции.
Если такой параметр имеется, то все проще. Тогда можно просканировать реакцию: для серии геометрий с различной замороженной величиной этого параметра прооптимизировать остальные и построить график параметр-энергия.

Только надо учитывать, что расчитанная энергия в случае заморозки часто бывает несколько заниженная.

[SSR]

Если такой параметр имеется, то все проще. Тогда можно просканировать реакцию: для серии геометрий с различной замороженной величиной этого параметра прооптимизировать остальные и построить график параметр-энергия.

Если параметр найден (а это в нетривиальном случае можно сделать только задним числом), на мой взгляд, часто проще и корректнее стоить график относительно значений данного параметра в полученных точках IRC. Сканирование далеко не всегда может адекватно выявить конкретный канал превращения и поэтому, как правило, его используют для получения приблизительных геометрических параметров той или иной стационарной точки, с которыми потом и работают.

Обычно характер движения системы в непосредственной близости от ПС связан либо с выраженным поступательным движением либо с вращением группы атомов (редко характер движения оказывается различным - например, при термической циклизации бутадиена). В большинстве случаев можно найти ключевые для описания энергетики превращения геометрические параметры, по крайней мере, для части пути.

Визуализацию и обработку можно оформить в массе программ: получили массив данных, а дальше хоть в Mathematica, хоть в Maple etc. Никто не запрещает строить трёхмерные графики, где энергия представляется функцией двух энергетических параметров. Полистайте J. Phys. Chem. A или J. Chem. Phys. - увидите, как разные авторы решают для себя проблему графического представления данных.

[VTur]

Если Вам нужен профиль реакции, то в Гауссиане я особо на параметре не зацикливаюсь. Если предварительно нашел TS, то далее считаю Opt(tight,QST3,path=8). Если нет TS, можно Opt(tight,QST2,path=8), но у меня это было дольше по времени, чем два расчета TS и QST3. Получите 8 точек, из них одна TS, две другие - реагенты и продукты. Профиль строится руками. Координату реакции выбираете сами.

Другой путь, например, B3LYP/6-311++G(3df,3pd) Geom(Check),Guess(Read) IRC(Tight,MaxPoints=8,MaxCycle=100).
В chk файле геометрия TS. Координата реакции и энергии вдоль неё выдаются автоматом. Энергия TS посредине списка. Все геометрии так же выводятся на каждом шаге, а потом и скопом выдаются в конце. Так, что можете выбрать свою координату реакции. Просто шаг будет не равномерный. Профиль хорошо стоится в ГауссВью. Я рассчитывал всю термодинамику во время таутомерного перехода, поэтому всё строил руками.
Для карты (две переменные) нужно запускать сканирование и ждать долго-долго.

А что это у меня вместо цифр смайлики? Вирусами снабжаете?