Моделирование, комплексообразование

[Любитель_Манниха]

Коллеги, нужно поэксплуатировать следующее моделирование: рисуется органическая молекула типа краун-эфира, и модель должна адекватно и очень желательно- наглядно,а не в виде кучи цифр, отображать размер полости, чтобы понять, какой катион металла туда лучше всего запихнуть. Модель, которую творит ACD Chemsketch/3DViewer меня пугает, нарисовал 18-краун-6, рядом калий, смотрю модель SpaceFill, так калий чуть ли не больше молекулы крауна Какую прогу посоветуете?
PS: сильно прошу не пинать

[avelon]

попробуй avagadro если в 3D. там можно молекулярной механикой геометрию оптимизировать. или MarvinSketch может получится

[Любитель_Манниха]

Мда, авогадро вообще не фурычет, файлы не хочет открывать

[Cherep]

возможно OpenBabel не установлен?

[Любитель_Манниха]

Не установлен. Он без OpenBabel какие-то форматы должен открывать? Я пробовал MOL, CHM, CDX, CML, на всё один ответ- "сбой при чтении файла молекул". Установил OB, ничего не поменялось.

[Marxist]

Установил OB, ничего не поменялось.

А авогадро проинформирован о пути к бабелю?

[Любитель_Манниха]

Гм. Никакого пункта в настройках по этому поводу у него нет, а библиотека openbabel-2.dll кстати входит в поставку, так сказать. Хорошо хоть по smiles нормально рисует. Отпишу-ка разработчикам PS: открыл для себя марвин

[Cherep]

Я пробовал MOL, CHM, CDX, CML, на всё один ответ- "сбой при чтении файла молекул".

Может, не "Open", а "Import"?

[Cherep]

Ghemical ещё как альтернатива.
В неё структуры проще запихивать с помощью GChemPaint
Типа рисуешь хрень, а потом правой кнопкой кликаешь на хрень и выбираешь "Export to Ghemical"

[Любитель_Манниха]

Я пробовал MOL, CHM, CDX, CML, на всё один ответ- "сбой при чтении файла молекул".

Может, не "Open", а "Import"?

результат аналогичный

[Marxist]

библиотека openbabel-2.dll

Меня терзают смутные сомнения © в том, что есть смысл использовать это под вендой. У неё же кривой формат концов строк, так что с этим могут быть проблемы.