Расчет асимметрии пика и количества тарелок

[Deminolog]

Добрый вечер, коллеги!
Скажите пожалуйста, а кто как считает эти параметры? Формулы приводить не надо, спасибо, я их итак знаю Меня интересует возможность автоматизации В постране Шимадзу это есть, адекватность проверю, а вот в XCalibur этого нет Может у кого-то есть еще какой софт путевый для таких вещей? А то хочется плюшек добавить, чтобы работа симпатичной была, а не сугубо практическое решение конкретной задачи, а считать самому - ну уж очень ломает, все-таки почти 60 соединений, а программ элюирования будет несколько, да еще и несколько колонок Все это для ВЭЖХ-МС

[Deminolog]

Неужто никто не считает эти вещи? Или нет софта для этого? Коллеги, если у кого Analyst, Compass, LCMS-solution (5 версия с триалом) есть - пожалуйста, гляньте. Ну оч хочется
Ну или хотя бы ткните мордой, как это сделать в XCalibur Пока что воюю с ним, уж больно не удобен... Процессинг подразумевает только количку, а мне нужен пока что только качественный анализ...

[iskariot]

не, ну чистоту пика хорошо AMDIS определяет... Там вроде как и симметричность анализируется. Но вот количество тарелок Не знаю, если честно. Для большинства объектов, с которыми работал, это и не требовалось - так, только по МС чистоту глянуть в затрудненных случаях

[Deminolog]

Амдис очень, очень плохо работает с симметричностью, проверял многократно. Там, где асимметрия явно 1.2-1.4, он может показать 1. Чистоту пика в нем не контролировал, честно говоря (я так понимаю, здесь и про угол чистоты идет речь?), поэтому сказать не могу...
С решением задачи появились кое-какие зацепки, если получится - поделюсь рецептом

[vmu]

Там, где асимметрия явно 1.2-1.4, он может показать 1.

Программа может считать асимметрию пика по-разному. Смотрите, что конкретно она Вам выдаёт. Асимметрию на 10% высоты? На 5% высоты по USP? Некоторые программы, например ChemStation, могут выдавать ещё и свои специфические характеристики асимметрии (см. с. 240 в http://www.chem.agilent.com/Library/use ... anding.pdf).

[Deminolog]

Здравствуйте!
Про специфику каждой программы я помню, меня интересуют классические представления об асимметрии пика. Т.е. когда на полувысоте мы берем отношение сторон от центра. Само по себе понятие Tailing действительно обязывает к указанию, на какой высоте пика берется эта величина. АМДИС берет эту величину именно так, как надо мне (по умолчанию, о чем, собственно, написано в начале мануала).
Плюс ко всему, АМДИС - это все-таки программа для работы с файлами ГХ-МС. Хотя, конечно, ANDI файлы он и с ВЭЖХ-МС открывает на "ура". Хотя, конечно, считают они по одним и тем же формулам Другое дело, что от того, что он возьмет за исходные данные зависит конечный результат.
В этом плане мне больше нравится работа ChromManager из пакета ACD Labs. С ним сейчас и вожусь. Единственное, что немного раздражает - не хочет пока что считать исправленное время удерживание и количество тарелок Ну даже если и не захочет - это я и сам посчитаю в экселе, имея все остальные данные. Для меня самым важным являлись асимметрия и ширина на полувысоте. Самому их считать в большом массиве данных (обрабатывая все руками) - будет слишком даже по моим меркам

[MONSTA]

Я тут может буду нести шизню, на первый взгляд, но попробуйте Ёксель. Он имеет абсолютно уникальную по по возможностям надстройку "Поиск решения". Фишка в том, что она не ставится по дефолту, ее нужно потом дополнительно устанавливать.

Если у Вас все в порядке с пониманием уравнений, под которые можно загнать данную зависимость, то "Поиск решения" вполне тут подходит. Считаете сумму квадратов отклонений между опытными и расмсчитанными данными (если точек сравнительно мало, подходит и стандартная функция Ёкселя-мокселя), а потом этой надстройкой сводите эту функцию к минимуму.

[vmu]

Интересно, с каких пор коэффициент асимметрии на половине высоты пика стал "классическим". Не припомню, чтобы его вообще где-либо приводили. Такой коэффициент малоинформативен, поскольку, как правило, асимметрия наиболее выражена на малой высоте ("хвостатые" (tailing) или "фронтящие" (fronting) пики). Я бы скорее назвал классическим коэффициент асимметрии (отношение отрезков от центра) на 10% высоты.
Число тарелок, действительно, чаще всего считают из ширины на полувысоте (либо методом касательных).

[Deminolog]

Насчет Экселя - он же не сможет мне обрабатывать (хотя бы частично) данные хроматограммы. Ширину на полувысоте пика он мне не посчитает, отношения сторон для симметрии тоже не возьмет... Или Вы предлагаете пытаться работать с вариантом txt данных? Честно говоря, ни разу не пробовал.
Знаете, на самом деле Вы меня сейчас заставили серьезно задуматься... Поднял сейчас учебники по хроматографии - и так, и эдак. В статьях - та же петрушка...
Если пик фронтит или хвостит - это должно быть заметно в обоих вариантах расчетов. Другое дело, что на 10% высоты это будет сильнее видно (из приведенных данных). 50% это, в какой-то мере, может тоже оказаться лукавством. Когда коэффициент будет близок к 1, а на 10% будет другая картина... Хм... Спасибо, пожалуй, для представления данных буду брать асимметрию на 10% (честнее будет), а для себя посчитаю и то, и другое (благо, это не займет много времени теперь, зато наглядный материал - почему что и как). Надо теперь посмотреть, считает ли Chrom Manager на 10% 12 версия вроде бы считает, а вот 10 - не знаю...

[MONSTA]

Насчет Экселя - он же не сможет мне обрабатывать (хотя бы частично) данные хроматограммы. Ширину на полувысоте пика он мне не посчитает, отношения сторон для симметрии тоже не возьмет...

Вся петрушка в том, что Эксель имеет много полезных функций, но их вызывать в ином случае - морока страшная. Типа, мы определили высоту пика (в Экселе - элементарно), теперь ищем наиболее подходящее значение для икса, когда игрек равен половине высоты пика. Учет фоновой составляющей тут отбросим, а то вообще ум за разум зайдет. Задаем некую погрешность при поиске, и Эксель эту половину на входящем фронте найдет. Это - семечки. Цветочки будут при поиске соответствующего уровня на нисходящем фронте пика. Тут придется использовать некие функции поиска ячеек, которые в реальности работают несколько не так, как обозначено в справке. Но метод тыка все же помогает.

Короче. По моему опыту, Эксель вполне годится даже для достаточно сложных расчетов. Только он, гад, к ним не особо приспособлен. С этим я не спорю абсолютно, сам накушался до бровей. Тем не менее, Эксель точно позволит при должном умении провести очень даже изощренные вычисления. Надо только знать, как с ним бороться. В данном конкретном случае. Ибо Эксель - он, скотина, многогранен, в другом конкретном случае его придется валить на лопатки совсем другим манером.

[Deminolog]

Мда Постараюсь все-таки обойтись без этого геморроя
Коллеги, у кого есть 12 ACD Lab в полном варианте? С Хром Менеджером? В 10, похоже только на половине высоты Ну или буду признателен за дистрибутивы других программ для обработки данных и дружащих с форматом ANDI.

[StYV]

Может эту проблему решили с помощью Матлаба? Сам таких данных не имею.
С уважением StYV.

[Deminolog]

Уважаемый StYV!
Честно говоря, даже близко не представляю, как в матлабе работать с хроматограммой Там моделировать её? Я вряд ли смогу все с точностью воспроизвести... Из общения с некоторыми коллегами понял, что это не только моя проблема. К сожалению, это такая специфика софта для ВЭЖХ-МС систем, в то время как ВЭЖХ-DAD, например, с этим очень даже дружат...

[Deminolog]

Уважаемые коллеги! Вопрос решен! Спасибо команде UniChrome! Их программа замечательно справилась с поставленной задачей, да еще и проконсультировали по паре интересующих вопросов В общем, доволен, аки слон

[StYV]

Рассматривать хроматограмму как вектор. И там есть множество разных примочек, таких, например, как фильтрование шума.
С уважением StYV.

[Deminolog]

Уважаемый StYV,
Интересная идея, надо будет как-нибудь посмотреть, насколько это реально Вопрос в том, что количество точек, описывающих пик, а также форма кривой от одной точки до другой будет существенно влиять на результат. Хотя если в достаточное количество точек вписать распределение Гаусса (не идеальное, конечно), эта функция должна будет, по идее, неплохо отображать действительность.
Но вот фильтрование шума... Извините за дилетантский вопрос, МатЛаб разве способен работать с исходными, сырыми файлами (хроматограммами)?

[neolyo]

Попробуйте Юнихром, точно считает(в т.ч и эффективные тарелки). Файло шимадзу - понимает

[Deminolog]

Здравствуйте
Чуть выше я как раз про ЮниХром и написал Он все прекрасно считает, понимает и Термовские raw файлы Сейчас тема уже перешла больше в обсуждение "а как еще это можно сделать" Но все равно спасибо!

[StYV]

Матлаб может импортировать данные из экселя, а вот файлы хроматограмм не знаю. По идее нужен контроллер из АЦП и микропроцессора. Сейчас платы с 24-32 разрядным АЦП от TI стоят около 5-6 тысяч рублей, а плата с 32 разрядным МП около 1-2 тысяч рублей.
С уважением StYV.

[zenner61]

Уважаемые товарищи и коллеги!
кто может подсказать, почему я не могу открыть в АМДИС .raw файлы???

Спасибо за посильную помощь