Как закрепить конформацию лиганда при докинге?

вопросы современной биологической химии, молекулярной биологии, химической энзимологии и смежных наук
biochem, molbio, chemical enzymology and related discussions for professionals
Ответить
nebeli
Сообщения: 82
Зарегистрирован: Сб янв 27, 2018 1:43 am

Как закрепить конформацию лиганда при докинге?

Сообщение nebeli » Пт июн 02, 2023 4:52 pm

Добрый день. При проведении докинга в программе MOE на этапе выбора файла со структурой лиганда (.mdb или .sdf) программа сама и принудительно меняет конфигурацию двойной связи нашей молекулы. Как это можно избежать?
Думаю мой вопрос не сложный, и наверняка есть какая-то настройка.

Аватара пользователя
Vanya Ivanov
Сообщения: 1741
Зарегистрирован: Пн авг 29, 2005 6:40 pm

Re: Как закрепить конформацию лиганда при докинге?

Сообщение Vanya Ivanov » Ср июн 07, 2023 12:24 am

nebeli писал(а):
Пт июн 02, 2023 4:52 pm
принудительно меняет конфигурацию двойной связи нашей молекулы.
Не понятно:
т.е. изменяет цис- транс- конфигурацию?
или меняет таутомерию или представление ароматичности?

nebeli
Сообщения: 82
Зарегистрирован: Сб янв 27, 2018 1:43 am

Re: Как закрепить конформацию лиганда при докинге?

Сообщение nebeli » Ср июн 07, 2023 5:11 pm

Vanya Ivanov писал(а):
Ср июн 07, 2023 12:24 am
Не понятно:
т.е. изменяет цис- транс- конфигурацию?
или меняет таутомерию или представление ароматичности?
Меняет цис- на транс- (в моем случае вернее Z- на E-), не таутомеры. В исходном файле (.mdb или .sdf) молекула изображена в виде Z-диастереомера относительно двойной связи. В окне запуска докинга, после указания расположения файла, на предпросмотре уже вылазит E-изомер и далее считается он. У меня тризамещенная двойная связь, - пробовал водород менять, на любой неводородный атом - конфигурация сохраняется, но это получается, естественно не та молекула. Перекопал все настройки в ожидании увидеть что-то вроде галочки "не трогать двойные связи", или что-то близкое, но не нашел.

Аватара пользователя
Vanya Ivanov
Сообщения: 1741
Зарегистрирован: Пн авг 29, 2005 6:40 pm

Re: Как закрепить конформацию лиганда при докинге?

Сообщение Vanya Ivanov » Пт июн 30, 2023 11:39 am

В МОЕ практически не работал, так знакомился ... конкретно присоветовать ничего не могу.
Но в MGL-tools (AutoDock) можно просто указать вращающиеся и не вращающиеся связи лиганда и\или боковых радикалов аминокислот. Это просто сохраняет желаемую конформацию или конфигурацию. Странно, что это не предусмотрено в МОЕ, хотя вроде бы это более мощный вычислительный пакет ПО. Пробуйте решить задачу в AutoDock или Vina.

nebeli
Сообщения: 82
Зарегистрирован: Сб янв 27, 2018 1:43 am

Re: Как закрепить конформацию лиганда при докинге?

Сообщение nebeli » Вс июл 09, 2023 11:39 pm

Vanya Ivanov, спасибо за ответ, буду далее при редкой необходимости работать в AutoDock, если там необходимая настройка на виду, но вопрос по MOE сохраняет актуальность

Ответить

Вернуться в «биохимия и молекулярная биология / biochemistry and molecular biology»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: Google [Bot] и 14 гостей