как правильно назвать Кi и IC50?

[Vanya Ivanov]

Коллеги, к сожалению, первый раз столкнулся с "проблемой" как озаглавить таблицы с Ki и IC50.
В приличных англоязычных журналах я писал :binding constants... и всех устараивало, но вот старички из рускоязычных журналов требуют точных названий для таблиц.
Константа ингибирования - Ki - это по смыслу не правильно, т.к. мы не определяем процесс ингибирования функции белка. Мы просто в буфер добавляем наш лиганд, белок и меченный лиганд (не субстрат) и измеряем минимальные концентарации где меченный лиганд еще определяется в растворе, отфильтрованном от системы. Мы определяем концентрацию при конкурентном связывание.
т.е. по смыслу - константа связывания
как вообще принято благозвучно обзывать по русски Ki и IC50?

[Marxist]

Вообще-то K_i -- это константа связывания для процесса ингибирования. Если у вас не ингибитор -- само обозначение K_i некорректно. По-русски вполне адекватно писать "константа связывания".

IC₅₀ -- это концентрация ингибитора, соответствующая 50% активности фермента. Более коротко -- только жаргон. Для остальных механизмов -- EC₅₀. Вообще-то IC₅₀ -- общеизвестное сокращение, его можно даже не расшифровывать и редакторы в этом смсыле неправы; константы лучше всё-таки вводить по-честному (и определять по-честному, по некольким точкам).

Мы определяем концентрацию при конкурентном связывание.
т.е. по смыслу - константа связывания

Концентрация по смыслу не является константой.

[Vanya Ivanov]

Концентрация по смыслу не является константой

.

но мы же выражаем Ki и IC50 в молях (nM, mM и т.п), т.е. это кол-во лиганда на 1 моль белка, в присуствии некого кол-ва конкурентного лиганда и буфера. По смыслу и есть концентрация, кол-во в-ва в смеси.
что тут неправильного?

[Marxist]

IC₅₀ -- это концентрация лиганда в системе. Она зависит от многих параметров, в том числе от концентрации белка, и не является термодинамическим параметром (строго говоря, в общем случае она может быть использована только для сравнительной характеристики лигандов, но не для абсолютной). Константа связывания таким параметром является и считается по стандартному соотношению для реакции связывания. Она может совпадать с концентрацией по размерности, но физический смысл у неё иной, на то она и константа. Есть классическая статья Ченга и Прусоффа, где выводятся взаимосвязи IC₅₀ и константы ингибирования для разных механизмов взаимодействия.

[Vanya Ivanov]

Спасибо за статью. часто о ней слышал, но в руках не держал. да в общем то, я и в уравнениях не разбирался.
месил биомассу с хим соединениями, получал данные со счетчика вводил в комп и получал IC50 особо не вникая.
Но раз уж заговорили об этом, хотя это не много не по теме, - есть вопрос:
мне фармакологи неоднократно объясняли в каких случаях мы должны вычислять Ki, а в каких IC50.
Однако "... вот я не понял, нет все понятно, но что конкретно ты имела ввиду..."

т.е. если есть один перегиб на кривой "лиганд-белок скорость-концентарация" , тогда Ki корректно, а если лиганд связывается с несколькими местами или разными способоми с белком, тогда получаются несколько Ki и проще определять IC50. А что не судьба посчитать последнюю Ki в этом случае при наивысшей концентарации лиганда и выдать ее за константу?

[Marxist]

А что не судьба посчитать последнюю Ki в этом случае при наивысшей концентарации лиганда и выдать ее за константу?

Это неправильно. Во-первых, важной может быть не она, а во-вторых, они могут друг на друга накладываться и посчитать её не получится.

[Vanya Ivanov]

А-а-а, вот оно как.

Еще вопрос, вроде бы по теме терминологии:
сейчас работаю с цифрами MIC (миним ингиб конц) для бактерий, в сущьности или сказать обобщенно - можно это представить как Ki, как термин адекватный по смыслу ?

Это ведь не зависит от объекта ингибирования, ведь на культурах тканей обределяют IC50. Вероятно можно говорить и о Ki на бактериальных культурах? Термин MIC - это в общем больше исторически сложившийся термин или я не прав?

[Marxist]

О K_i можно говорить только применительно к процессам, описываемым классической термодинамикой. Это же константа равновесия реакции! Поэтому никакие МИК и IC₅₀ не адекватны ей по смыслу.

А разница между МИК и IC₅₀ в том, что для МИК нет количественного критерия (те самые 50; иногда ведь считают и IC₂₀, и IC₉₀): это минимальная концентрация, которая ингибирует рост. У роста нет 100%. А на клетках обычно меряют некий более-мене стандартизованный отклик, для которого легко определяются 50%.