Подскажите пожалуйста где найти онлайн базы спектров белков

[limarodessa]

Всем доброго времени суток

Прошу поделиться ссылками на базы в сети где были бы приведены спектры белков

Например мне известна база спектров органических соединений

Spectral Database for Organic Compounds

А есть ли что либо подобное для белков или биополимеров в целом ?

Спасибо

P. S. Если модераторы считают что моему вопросу место в Физическая химия то с пониманием отнесусь к перемещению созданной мною темы в более релевантный раздел

[avor]

Мне такие базы неизвестны. Кроме того мне кажется, что такие базы в большой степени бессмысленны. Большинство белков бесцветны. Цветных белков мало гемо-миоглобины, цитохромы, хлорофиллы, церулоплазмин, гемоцианин,ферритин. Есть еще группа флуоресцентных белков родом из медузяки и пожалуй это все что на слуху. ИК, УФ и обычные ЯМР спектры малоинформативны. Кроме всего прочего многие белки просто не получены в количествах достаточных для снятия спектров да никто и не ставит себе целью их снимать. Более или менее интересны для изучения белков и их строения и поведения спектры кругового дихроизма и флуоресцентные спектры, но их обычно никто в базы не собирают они встречаются в статьях, где их изучают.

[EvgeniyChup]

NMR и рентгены можно найти здесь:

Код: Выделить всё

http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=4I7M

Для открытия "рентгена" я пользовался программой Bioeclips

[Мармозет]

Попадалось такое в старых биохимических справочниках, но народ довольно быстро забил на эти глупости и перестал это измерять и публиковать. Это никому не интересно. Зачем это? Могут снять конкретный белок под свою внутреннюю задачу (ну, положим, очистку от нуклеотидов посмотреть), но публиковать это не станут, если логика исследования не понуждает. Я всю жизнь проработал с белками, но применения такой базе не вижу. Чего там сравнивать у разных белков между собой?

КД и флуоресценцию снимают тоже ситуативно. Для сравнения разных состояний одного и того же белка.

[Мармозет]

NMR и рентгены можно найти здесь:

Код: Выделить всё

http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=4I7M

Для открытия "рентгена" я пользовался программой Bioeclips

Ну, это ка бы не совсем спектры. Или, если быть точнее, совсем не спектры. И если при получении структур белков методом ЯМР спектры таки снимаются, то рентгеновский метод к спектрам отношения не имеет совершенно. Дифракция там. На кристалле. Спектроскопией это обзывают только представители какого-то зооинженерного факультета.

[wait]

Ну, это ка бы не совсем спектры.

Вас направили правильно.
Это как бы совсем спектры, в этой базе информация примерно о 100000 биологических структур полученных разными методами.

[Мармозет]

Вас направили правильно.
Это как бы совсем спектры, в этой базе информация примерно о 100000 биологических структур полученных разными методами.

Файлы PDB это координаты, вычисленные из разных первичных данных. Вы способны отличить координаты от спектров? Спектры в эту базу не постят, там данные по химическим сдвигам, если есть. Это необязательные данные.

Далее, повторю: данные из РСА к спектроскопии даже не имеют отношения. Совсем. Заявляю это как человек кристаллы выращивавший, снимавший, первичную обработку проводивший и структуру из всего этого считавший.

[EvgeniyChup]

NMR и рентгены можно найти здесь:

Код: Выделить всё

http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=4I7M

Для открытия "рентгена" я пользовался программой Bioeclips

Спектроскопией это обзывают только представители какого-то зооинженерного факультета.

Я рентгеновскую дифракцию спектроскопией никогда и не называл, НО очень удобно РСА посмотреть электроны, а ПМР протоны, что-бы получить представление о нативной структуре белка; на PDB для ТС может найтись информация о том, работал к.л. с белками для которых он ищет спектры.

[Лечащий Врач]

Лучше бы топикстартер обозначил свою задачу. Потому что, ну, _идентифицировать_ белки как соединения можно только в твердой фазе по порошкограммам (отличать полиморфы — актуально для применяемых в фармакологии белков, особенно инсулина), и для тех 10-15 белков, для которых подобные исследования проводились, это все равно исключительно непросто. И в норме требует, кхм, синхротрона — я только одну работу видел, где это делали на лабораторном дифрактометре, и год назад это звучало свежо и необычно.