Кто работал с Химерой под линуксом?

вопросы современной биологической химии, молекулярной биологии, химической энзимологии и смежных наук
biochem, molbio, chemical enzymology and related discussions for professionals
Ответить
denismihail
Сообщения: 2
Зарегистрирован: Пн фев 21, 2022 5:22 am

Кто работал с Химерой под линуксом?

Сообщение denismihail » Пн фев 21, 2022 5:31 am

Коллеги, отзовитесь, кто работал с Химерой (UCSF-Chimera) под линуксом?
AutoDock Vina (программа для молекулярного докинга) больше не существует как веб-сервис.
Она встроена/интегрирована в UCSFChimera в качестве доп. модуля и устанавливается автоматически вместе с химерой.
Собственно вопрос:
При попытке дочить лиганд к рецептору возвращает ошибку:
UserError: "/opt/UCSF/Chimera64-1.16/share/vina/" is not an executable
Service 'local:/opt/UCSF/Chimera64-1.16/share/vina/' is unavailable.
Все файлы по указанному пути исполняемые, проверено (chmode +rwx).
Что не так?
Кто-то сталкивался?
--------------------------------------------------------------------------
(теги: Chimera, AutoDock, молекулярный докинг)

Аватара пользователя
Ahha
Сообщения: 3765
Зарегистрирован: Чт сен 20, 2007 7:02 pm

Re: Кто работал с Химерой под линуксом?

Сообщение Ahha » Пн фев 21, 2022 6:07 am

Сразу скажу, я виной пользовался только как standalone программой, деталей ее связки с химерой не представляю. Но из общелинуксовых соображений скажу так:
1) в записи "/opt/UCSF/Chimera64-1.16/share/vina/" у вас точно последний слэш не лишний? Такая запись предполагает директорию, а химера, судя по всему, ждет конкретный файл: "/opt/UCSF/Chimera64-1.16/share/vina". Черт-е знает, это может иметь значение. Если же "/opt/UCSF/Chimera64-1.16/share/vina/" действительно директория, наверное, стоит попытаться указать химере исполнимый файл из этой директории, что-то типа "/opt/UCSF/Chimera64-1.16/share/vina/vina".
2) если с предыдущим пунктом всё в порядке, проверьте, что представляет собой этот самый файл: тупо запустите его. Вдруг он ругнется на то, что ему каких-то библиотек у вас не хватает?
Когда начинает изменять память, практики заводят записную книжку, а романтики садятся писать мемуары.

Ответить

Вернуться в «биохимия и молекулярная биология / biochemistry and molecular biology»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 7 гостей