Физическая теория живой клетки. Незамеченная революция

[Vladimir Matveev]

Чем больше ответов, тем больше вопросов.
Мембранный потенциал по Лингу - адсорбционный потенциал, а не трансмембранный. В остальном поверхность клетки не отличается от любой другой ее части.
На поверхности клетки и внутри вода связана развернутыми белками. Такая вода хуже растворяет вещества, чем объемная, и она определяет полупроницаемость клетки.
Развернутые белки клетки связывают не только воду, но и ионы калия.
Связанная вода имеет более низкую энтропию. При распаде ионо-водо-белкового комплекса энтропия системы возрастает (главным образом за счет воды). За счет энтропийного компонента свободная энергия системы уменьшается. Разность энергий - это и есть та энергия, которая идет на совершение биологической работы.
Роль АТФ - в стабилизации ионо-водо-белкового комплекса. При распаде АТФ комплекс разрушается, энергия выделяется.

[Polychemist]

....Какими же местами полимер может сцепится с водой? У нас три полимера: желатин, поливиниметиловый эфир и полиэтиленоксид. Все эти полимеры несут не единичные заряды, а функциональные группы, имеющие дипольный момент.

Т.е. желатин - нейтральный полимер? Такому явно путь в антихимию, чтоб не порочило приличную ветку...

[Vladimir Matveev]

Желатин - белок, полипептидный остов которого (как и любого другого белка) несет череду диполей NH и CO. Именно эти диполи - самые многочисленные в любом белке - и имеются ввиду. Изоэлектрическая точка желатина (коллагена) близка к 7,0 ( http://window.edu.ru/window_catalog/pdf ... 9&p_page=3 ), следовательно, в физиологических условиях он нейтрален. Белков, которые не несут зарядов в водном растворе, не существует. Это не мешает теории Линга, наоборот - заряды на белках ей нужны. Карбоксильные группы остатков бикарбоновых аминокислот связывают, по Лингу, ионы калия в одних условия и ионы натрия - в других.

К сожалению, в читательской аудитории форумов выделяются две группы. Напишешь коротко - найдутся желающие поиздеваться над непроработанными деталями. Напишешь длинно - объявляются недовольные тем, что в сообщении "многа букафф". И тех, и других объединяет отсутствие подлинного интереса к обсуждаемому вопросу.

[Polychemist]

Да, согласен, интереса нет. Ибо есть явные признаки лженаучности, основной из которых - отбор (выхватывание) лишь тех фактов, которые нужны "теории". Ионы надо чем-то связать - вспомнили о карбоксильных группах. Надо связать воду - забыли, что полипептидная цепь экранирована боковыми ионогенными группами, имеющими противоионы. Ну и явные ляпы - "нейтральный желатин" (ИЭТ < 5), "АТФ не является источником энергии потому, что ее (энергии? я правильно понял) нет в этом соединении" И как я понимаю, физики тоже много чего нашли. Как редактору научного чего-то там Вам должно быть известно, что научные статьи с подобными перлами просто отклоняются без права обжалования...

[Vladimir Matveev]

К теории Линга нет интереса у Вас, а у меня нет интереса к тому, что интересно Вам - к скандалам на кухне.
О том, кто и что экранирует в белках, почитайте "Физику белка" Финкельштейна и Птицына.

[Marxist]

Для интересующихся прикладываю ссылку на Финкельштейна. Как это соотносится с утверждениями топикстартера, каждый может решить самостоятельно.

[Vladimir Matveev]

Ближе к теме обсуждения 4-я лекция
http://phys.protres.ru/lectures/protein ... s/l04.html
Из аннотации к этой лекции: "Водородные связи в белковой цепи замещают такие же связи этой цепи с водой..."

[Marxist]

В 4-й лекции рассмтариваются очевидные утверждения. И ни слова про то, как что-то "экранируется".

[Vladimir Matveev]

Трудно писать о том, чего нет...
Полипептидный остов белков свободно взаимодействует с водой в развернутой конформации. При образовании вторичных структур, пептидные группы образуют водородные связи друг с другом, а не с водой... Вот и всё. Никакого таинственного "экранирования", если под этим словом понимать экранирование полипептидного остова развернутой конформации от воды...
Вода дорогу найдет. Это знает каждый водопроводчик.
Спасибо за идею сослаться на интернет-публикацию "Физики белка".

[Marxist]

Карбоксильные группы остатков бикарбоновых аминокислот связывают, по Лингу, ионы калия в одних условия и ионы натрия - в других.

Ерунда это. На поверхности они взаимодействуют с водой. Чтобы связывать ион, надо его координировать хотя бы по 4-м местам, иначе невыгодно, поэтому для ионов есть особые места связывания. И их видно на рентгене.

[Vladimir Matveev]

Вот микрофотография связанного калия в поперечно-полосатом мышечном волокне:
http://www.bioparadigma.spb.ru/hidden_h ... /fig16.gif
В ионообменных смолах, селективных к калию, он тоже преимущественно связан.
Болдырев (рецензент) тоже согласен с тем, что с идеей свободного калия и др. ионов нужно, наконец, расстаться.
Итак, мы имеем факт. Объяснений может быть много, но одно из них должно быть истинным.

[VTur]

Калий то где? Куда смотреть?

[Vladimir Matveev]

Болдырев Александр Александрович — профессор Международного учебно-научного биотехнологического центра при МГУ им. М.В. Ломоносова, заведующий лабораторией клинической нейрохимии Научного центра неврологии РАМН. Профессор А. А. Болдырев является ведущим специалистом мирового уровня в области природных механизмов устойчивости мозга к окислительному стрессу.

Профессор Болдырев — лауреат премии АМН СССР им. В. С. Гулевича (1968), Нью-Йоркской Академии наук (1989), член Международной Академии открытий и изобретений (1999), Лондонской Дипломатической Академии (2000), почетный профессор Королевского Колледжа Лондона (1999-2002) и Международного университета им. А. Швейцера (с 2000 г.), Заслуженный профессор МГУ им. Ломоносова (2007).

Продуктивная научная и педагогическая деятельность А. А. Болдырева сочетается с активной общественной позицией. Он является членом редколлегий журналов «Нейрохимия», «Бюллетень экспериментальной биологии и медицины», «Анналы клинической и экспериментальной неврологии», «J. Alzheimer Disease», членом Бюро Научного Совета по проблемам биохимии животных и человека, членом Российского биохимического общества, Европейского, Американского и Международного нейрохимических обществ.

Работы профессора Болдырева хорошо известны в России и за рубежом. Им опубликовано более 400 статей в рецензируемых российских и международных журналах. Он является автором 5-ти монографий и 4-х учебников, один из которых, «Введение в биомембранологию», стал базовым для чтения спецкурса для студентов по специальностям «биохимия» и «физиология» во многих университетах, включая МГУ им. М. В. Ломоносова и Гаванский Университет (Республика Куба).

Источник: http://www.lib.krasu.ru/node/3381

[Polychemist]

Ну что же, достойное заверщение темы, автор капитулирует и дает ссылку на учебник, в котором рассматриваются классические мембраны. Антихимия, туда и едем.

[Marxist]

Антихимия, туда и едем.

Наконец-то!

[Vladimir Matveev]

Отзыв на книгу Гильберта Линга
«Физическая теория живой клетки (незамеченная революция)»,
Санкт-Петербург, «Наука», 2008.

Здравствуйте, глубокоуважаемый Александр Вячеславович! (А.В. Малыгин – издатель: http://www.medlinks.ru/article.php?sid=23670 ).

Вам пишет Синицын Николай Иванович из Саратова. Огромное Вам спасибо за издание в России великолепной книги Гильберта Линга "Физическая теория живой клетки. Незамеченная революция". Я со своим учеником, Елкиным Владимиром Александровичем, только что увидел книгу Линга. Она произвела на меня ошеломляющее впечатление по двум причинам. Во-первых, по новизне и силе книги. А во-вторых, потому, что мы в последние годы занимаемся вопросами, к которым пришел Линг в своей книге. И хоть мы работаем достаточно далеко от физики живой клетки, наши физические представления о ней оказались очень близкими к описанным в книге, а результаты, описанные в книге, очень полезны для нас. Подготавливая сейчас к публикации довольно серьезную статью, под впечатлением от книги Линга я даже хотел специально к этой статье в виде какого-то расширенного эпиграфа сказать о своем впечатлении от книги Линга и в двух словах о полученных нами с Елкиным В.А. результатах. Словом, книга произвела на нас ошеломляющее впечатление.

С уважением,
Ваш Николай Синицын
http://www.sgu.ru/node/37384

Синицын Н.И., доктор физико-математических наук, профессор, академик РАЕН, зам. директора по научной работе Саратовского филиала Института радиотехники и электроники им. В.А.Котельникова РАН, заслуженный деятель науки РФ, лауреат государственной премии РФ.

Рецензии и отзывы: http://www.bioparadigma.spb.ru/russianl ... i_list.htm

***

Дискуссия в интернете:
http://video.mail.ru/inbox/vladimir.matveev/47/392.html

[gwyneblaidd]

Белков, которые не несут зарядов в водном растворе, не существует.

На чем тогда основан метод изоэлектрического фокусирования белков?

50-100мг/мл

Это в клетке или в растворе яичного белка? Был бы такой выход на электрофорез - как бы легче жить стало, а ведь мы концентрацию по Бредфорду меряем, все точно, а вот до 5мг не минимум, а максимум! это как раз то что есть. Не забывайте клетка растений - 90% вода, умещайте все компоненты в оставшиеся 10%

[Vladimir Matveev]

Вопросы:
1) На чем тогда основан метод изоэлектрического фокусирования белков?
2) Это в клетке или в растворе яичного белка? Был бы такой выход на электрофорез - как бы легче жить стало, а ведь мы концентрацию по Бредфорду меряем, все точно, а вот до 5мг не минимум, а максимум! это как раз то что есть. Не забывайте клетка растений - 90% вода, умещайте все компоненты в оставшиеся 10%

Ответы:
1) Повторю еще раз: все белки в растворе несут заряды. Изоэлектрическая точка это такая концентрация водородных ионов в среде, когда количество положительных зарядов на белке РАВНО количеству отрицательных зарядов.
2) Сверхвысокая концентрация белка - это в клетке. В зрелой растительной клетке вакуоли занимают большую часть клетки. Забыли?

[gwyneblaidd]

С первым утверждением согласен, в принципе все растворенные вещества несут заряд, при его потери - выпадают в осадок. Заряд на растворенных белках есть всегда, но суммарный заряд может быть равен нулю. Но вот со вторым - вакуоль это ж все-таки часть клетки, поэтому выделять ее отдельно нет смысла. ВО многих тканях вакуоли не такие уж и большие. Я после нашей дискуссии осадил метанолацетатом из фенольной вытяжки белки клетки кукурузы, вот скоро пересчитаю максимальную концентрацию белка - тогда скажу точнее.

[Vladimir Matveev]

Важно, как рассчитывать концентрацию белка в растительной клетке. Зачем присовокуплять вакуоли, если там 99,99% воды???
Функции клетки реализуются в цитоплазме, частью которой вакуоль не является...