Физическая теория живой клетки. Незамеченная революция

[Smol]

Коллега Vladimir Matveev, а ведь коллега VTur выдвинул свои конкретные обвинения против теории Линга...
Ну, там либрационные колебания, вращение молекул, перескок протона... Расклинивающее давление... Параметр порядка при описании жидкокристаллической структуры... Постоянные скачки теплоёмкости при нагревании и постепенном разрушении структуры.. Почему в воде нет трения покоя? И т.д.
Что Вы на это скажете?

[treygol]

Vladimir Matveev

Что рассматривается в качестве адсорбента?
Первого молекулярного слоя воды.
Второго молекулярного слоя воды.
Третьего молекулярного слоя.
Направление электрического дипольного момента молекул в этих слоях?
Что такое стабилизация связанной вод?

[Vladimir Matveev]

...Если под "изгибом змеи" вы понимаете фолдинг белка (процесс), то его взгляд совершенно неинтересен, поскольку этот процесс неплохо изучен.

Да я же не спорю, я вообще в этом деле человек новый, дилетант... Поэтому, если не трудно, вкраце, скажите, из-за чего начинает "сворачиваться" (я слово "фолдинг" первый раз слышу) белок... Что является первопричиной, началом развития нервного импульса, как настоящая наука описывает этот процесс...

Надеюсь, что и "поклонники Линга" свое описание дадут, вот и посмотрим, правда ли "теория Линга" может сказать новое слово в "учении о клетке", или это только их фантазии...

По Лингу, белки стабилизируются в развернутом состоянии различными лигандами и, в первую очередь, АТФ. Если возникают условия, когда АТФ отщепляется от белка или расщепляется им - белок изменяет свои свойства таким образом, что приоритетными становятся водородные связи между пептидными группами, а не с водой - образуются вторичные структуры белка, вода десорбируется, карбоксильные группы изменяют свою селективность от K+ к Na+. Химическая модификация белка (например, фосфорилирование) тоже может спровоцировать сворачивание белка. Фолдинг хорошо изучен и исследован в связи с проблемой денатурации глобулярных белков. В присутствии денатуранта (мочевины, например) термодинамически более выгодно развернутое состояние белка. По мере уменьшения концентрации денатуранта постепенно начинается свертывание белка с образованием интермедиатов, т.е. конформаций промежуточных между полностью развернутой конформацией и полностью свернутой (глобулой). Интересно, что лет 20 назад были открыты белки, для которых все время быть в развернутой конформации - их НАТИВНОЕ состояние. Особенности аминокислотного состава и аминокислотной последовательности не позволяют им сворачиваться в глобулы, но те или иные элементы вторичной структуры они образовывать могут. Линг на основе своих экспериментов, таких, как равновесное распределение веществ между клеткой и средой (с одной стороны) и модельной системой и средой (с другой) предсказал существование НАТИВНО-РАЗВЕРНУТЫХ белков за 30 лет до того, как их открыли те, кто не хотел читать его книг и статей.

[Smol]

...Что рассматривается в качестве адсорбента?
Первого молекулярного слоя воды.
Второго молекулярного слоя воды.
Третьего молекулярного слоя.
Направление электрического дипольного момента молекул в этих слоях?
Что такое стабилизация связанной воды?

Коллега Треугол, ну в первом слое ясно, что диполи воды притягиваются к местам свободной электронной плотности (всяким там полярным группировкам) в макромолекуле белка... Во втором слое новые диполи воды притягиваются к "задней части" ранее притянутых диполей воды первого слоя... И так далее...

[Polychemist]

В таком случае, почему закон распределения ПЭГ ТАКОЙ ЖЕ, как и у веществ, которые "коллапса" не вызывают?

А не знаю! Может время наступления коллапса зависит от количества проникшего в-ва? Или не достигается равновесие? Единственный критерий я указал выше - "встречный" эксперимент. Его не было. Значит нет предмета для обсуждений. Кстати, уж если Вас это сильно задевает, может приведете полное описание эксперимента, как положено в журнале - что за мембрана (размер пор или отсечка по кДа), объем мешка, каким методом меряли концентрации (это нетривиальная задача в 18% белке).

[Smol]

... когда АТФ отщепляется от белка или расщепляется им - белок изменяет свои свойства таким образом, что приоритетными становятся водородные связи между пептидными группами, а не с водой - образуются вторичные структуры белка, вода десорбируется, карбоксильные группы изменяют свою селективность от K+ к Na+. Химическая модификация белка (например, фосфорилирование) тоже может спровоцировать сворачивание белка...

Коллега Marxist, а от Вас я пока не получил ответа на то, почему это вдруг белок начинает сворачиваться, что является первопричиной этого процесса... Может этот ответ и есть в той ссылке на Википедию, которую Вы дали, только я его там не нашел (английский плохо знаю)...

[Vladimir Matveev]

А почему "нечистая" вода?

Ну вам же не нравятся данные, приведённые VTur для чистой воды. Хотя все нормальные эксперименты ставятся сначала на чистой, а уже потом на нечистой (природной), и теории для нечистого выводятся на основе чистого

Линг, в отличие от Вас, оперирует понятиями "связанная (адсорбированная) вода" и "свободная вода".
И что такое "природная" вода? Ключевая или из-под крана?

[Vladimir Matveev]

Присоединяюсь к Smol.

Выложите, пожалуйста, книгу Линга или его теорию на форум.

А то, как то не правильно это, не критика получается - а критиканство.

Это как в той песне поется "Если в кране нет воды, воду выпили ... лжеученые, - алхимия, алхимия - кругом одна алхимия".

Книга продается. Умельца, который ее оцифровал бы еще не нашлось.

[Vladimir Matveev]

Так все-таки, сформулируйте, почему "антихимия"? Изучил статьи коллеги VTurа, где там исследуются моменты связи воды с белками? Все это - для чистой воды... Почему это Вы на сложную многофазную и многокомпонентную систему распространяете выводы (кстати, никак не опровергающие понятие "структурирование") сделанные для лишь одного элемента этой системы, для воды? Где Ваша научная честность?

Где в теории структурированной воды находятся такие понятия: либрационные колебания, вращение молекул, перескок протона? Где у них расклинивающее давление? Где параметр порядка при описании их "жидкокристаллической" структуры? Где постоянные скачки теплоёмкости при нагревании и постепенном разрушении структуры? Почему в воде нет трения покоя? и т.д. и т.п.
Это всё хоть для чистой воды, хоть для грязной должно быть объяснено. Это воспроизводимые экспериментальные данные.

Вы хотите, чтобы все решения прямо сейчас внесли в студию?
Что касается структур, возникающих в чистой воде, то эта область исследований весьма далека от завершения: разные исследователи видят разные структуры. Объяснений масса - выбирай по вкусу. Так что, вносить в студию структуры чистой воды рано.

[treygol]

... И так далее...

И не далее и не так.
Для объема воды VTur - дал ссылки. Это по объемной структуре воды.
Для границы раздела фаз, дополнительно действует "короткая" молекулярная сила отталкивания и "длинная" молекулярная сила притяжения.
Кстати, а какая Вами адсорбция рассматривается ?

[Vladimir Matveev]

Выложите, пожалуйста, книгу Линга или его теорию на форум.

Владимир Матвеев давал ссылку где-то в этом посте, ближе к началу. Она и в инете была.

Вот эта ссылка еще раз: http://www.bioparadigma.spb.ru/russianling/russianling.htm
Почему-то находятся люди, которые готовы годами перемывать кости Лингу ради только того, чтобы сэкномить 500-600 рублей. Совет: купите, прочтите и успокойтесь. Либо громите Линга в рецензируемой литературе. Вот это будет действительно борьбой за чистоту науки. Статьи и книги Линга опубликованы не в "Известиях Бермудской академии наук", а в таких журналах и издательствах, к которым большинство из нас и на пушечный выстрел не подпустят. Это я к тому, что рецензируемые издания с удовольствием примут статьи по опровержению теории Линга. Marxist, например, за год его героической борьбы с Лингом написал на форуме столько, что текста хватит статей на 10. А толку? Товарищ Marxist, пишите научные статьи и опровергайте всё, что Вы считаете ошибочным. Этим Вы принесете реальную пользу науке. Говорю это без всякой иронии.

[Vladimir Matveev]

Белки в клетке от белков вне клетки в той же среде сильно отличаются?

Сильно! В клетке, по сравнению с пробиркой, высочайшая концентрация белка. Все чаще говорят о том, что белок в клетке упакован почти также плотно, как в атомы в кристалле. Поэтому, белок в клетке - часть системы, взаимодействующей с другими элементами системы, белок в пробирке - одинокий странник. Поэтому отличается он от того же белка в клетке или нет - вопрос совершенно не изученный.

[Vladimir Matveev]

Имею существенное подозрение, что вне мешка, что делает эксперимент бессмысленным. И с чего взяли, что установилось диф. равновесие? С того, что выждали 5 сут? А дикую вязкость содержимого мешка учли? И вообще, забавно, что люди, отрицающие общепринятый смысл биомембран ставят опыты по диализу, т.е. изолируют белок мембраной . Ну киньте тот белок в избыток воды или физ.раствора и померьте распределение НМС в глобуле и в растворе, 21-й век на дворе... Ну на крайняк залить в диализный мешок разбавленный раствор белка... Ну ясно дело, фаза белка будет обогащена НМС, но в количестве, вполне объяснимом специфическими взаимодействиями с функциональными группами.

5 суток выдерживали не с бодуна. В предварительных опытах устанавливают время наступления диффузионного равновесия. Такие опыты полагается делать даже на студенческих практикумах потому, что это элементарное требование методологии.

Если рассматриваемый опыт поставить с нативным гемоглобином (с теми же функциональными группами), то графики для различных веществ практически сольются (http://www.bioparadigma.spb.ru/hidden_history/images/fig23.gif). В развернутом белке больше функциональных групп доступно для Ваших "специфических взаимодействий", а концентрация веществ в мешке, тем не менее, МЕНЬШЕ! Вот когда Вы объясните разницу между этим и 24-м рисунком, тогда и продолжим разговор.

Пожелание: может быть прекратим охоту на дурачков?

[Polychemist]

Почему-то находятся люди, которые готовы годами перемывать кости Лингу ради только того, чтобы сэкномить 500-600 рублей. Совет: купите, прочтите и успокойтесь.

Не надо ругаца! Вы сюда сами пришли и не уходите, причем пришли явно в рекламных целях... Большинство Вам отвечающих просто трепеццо для умственной разрядки, куда-то идти от монитора, чего-то долго читать - зачем? Своих дел хватает... И вполне естественно, что обсуждаем, то что видим на мониторе. А видим Вас с описанием странных опытов и теорий. Их и обсуждаем. "Не нравится - не ешь".
P.S.
Если для Вас лично недоступна возможность публикаций в хороших журналах, не надо обобщать на всех присутствующих.

[treygol]

Почему-то находятся люди, которые готовы годами перемывать кости Лингу ради только того, чтобы сэкномить 500-600 рублей. Совет: купите, прочтите и успокойтесь. Либо громите Линга в рецензируемой литературе. Вот это будет действительно борьбой за чистоту науки.

Да не громлю я Линга. Я не биолог, и чего мне его громить.

Меня интересовал сугубо узкий вопрос - генерирование (механизм) постоянного электрического тока на границе раздела фаз. В данном случае как возможно топливный элемент (источник тока).

Из дискуссии я уже понял, что его здесь нет и он у Линга не рассматривался. Так что я свой ответ получил.

Удачи Вам.

[Vladimir Matveev]

Коллега Vladimir Matveev, а ведь коллега VTur выдвинул свои конкретные обвинения против теории Линга...
Ну, там либрационные колебания, вращение молекул, перескок протона... Расклинивающее давление... Параметр порядка при описании жидкокристаллической структуры... Постоянные скачки теплоёмкости при нагревании и постепенном разрушении структуры.. Почему в воде нет трения покоя? И т.д.
Что Вы на это скажете?

Скажу, что VTur перечислил не все эффекты, на которые способна вода. Имеют ли они ФИЗИОЛОГИЧЕСКИЙ смысл - вопрос открытый. Исследования покажут...

[Polychemist]

Вот когда Вы объясните разницу между этим и 24-м рисунком, тогда и продолжим разговор.

На 23-м нет ПЭГ... И что за "предварительные опыты"? Они отличались от конечных? Чем и зачем? Ну а так ясно - раствор нативного глобулярного белка запихали в мешок - диализ идет со свистом. Запихали в мешок нечто вязкое - получили непоймешь что, все ожидаемо... Ну и как обычно - четкой методики нет...

[Vladimir Matveev]

Вот когда Вы объясните разницу между этим и 24-м рисунком, тогда и продолжим разговор.

На 23-м нет ПЭГ... И что за "предварительные опыты"? Они отличались от конечных? Чем и зачем? Ну а так ясно - раствор нативного глобулярного белка запихали в мешок - диализ идет со свистом. Запихали в мешок нечто вязкое - получили непоймешь что, все ожидаемо... Ну и как обычно - четкой методики нет...

Протокол предварительного опыта. В стакан с диализным мешком добавляем исследуемое вещество. Раз в час берем пробы из мешка и омывающего раствора и расчитываем коэффициент распределение вещества.
Строим таблицу:
Время инкубации Коэфф. распределения
1 час (или день) 0,00001
2 час (или день) 0,0001
3 час (или день) 0,001
5 час (или день) 0,01
6 час (или день) 0,1
7 час (или день) 0,11
8 час (или день) 0,119
9 час (или день) 0,12
10 час (или день) 0,12

Вывод: через 10 часов (дней) инкубации наступает диффузионное равновесие глицерина (например).

Теперь понятно?

[Smol]

...Вы сюда сами пришли и не уходите, причем пришли явно в рекламных целях...

Не, у меня такое впечатление, что ему советы полимерщиков нужны, то есть наши с Вами... Так что мы тоже можем свой вклад в биохимию внести... Конечно, наши системы намного проще, но тем не менее...
Вот, кстати, скажите пожалуйста, в гидрогеле (на основе, скажем, поливинилового спирта или метакриловой кислоты) вода находится в структурированном или в каком таком состоянии? Ведь один грамм этого полимера "берет на себя" не 4 г, а до 1000 г воды...

А теперь вопрос к защитнику Линга: может ли его теория объяснить, почему из свиного желатина хороший гель получается, а вот из рыбьего - вообще геля не получается?

[Vladimir Matveev]

Vladimir Matveev

1. Что рассматривается в качестве адсорбента?
2. Первого молекулярного слоя воды.
3. Второго молекулярного слоя воды.
4. Третьего молекулярного слоя.
5. Направление электрического дипольного момента молекул в этих слоях?
6. Что такое стабилизация связанной вод?

1. Адсорбент - белки.
2. Первый слой непосредственно взаимодействует с пептидными группами белка.
3-6. Учитывая регулярный характер чередования функциональных групп пептидной связи вдоль полипептидной цепи, первый адсорбционный слой воды также является регулярной структурой. Чередование положительных и отрицательных полюсов диполей воды на поверхности первого адсорбционного слоя напоминает шахматную доску. Первый слой воды служит адсорбционной поверхностью для связывание второго слоя, второй - третьего и т.д. Физическим механизмом нарастания слоев является УВЕЛИЧЕННЫЙ дипольный момент адсорбированных молекул воды, обусловливающих более прочные водородные связи между молекулами связанной воды по сравнению с объемной (молекулы связанной воды более поляризованы, чем свободные).