Компьютерное моделирование процессов ассоциации

[worlack]

Привет. Подскажите есть ли какие статьи по поводу компьютерного моделирования процессов ассоциации (мет)акриловых мономеров? Искал в РЖХ, наткнулся на ститью Королева, но в ней описывается только экспериментальная часть, он не проводит компютерное моделирование. Подскажите пожалуйста источники если они есть. И возможно ли провести такое моделирование в программе HyperChem?

[Polychemist]

А чего собственно надо? Ассоциация в вакууме? В конкретном растворителе? А зачем оно Вам надо? Какую реакцию изучаете? В HyperChem можно сделать много, но несколько медленнее, чем в других программах.

[worlack]

Собираюсь писать диплом на тему: "Компьютерное моделирование процессов ассоциации (мет)акриловых мономеров в гомогенных жидкофазных системах". Прежде чем начать писать, хочу изучить литературу, может уже ктото до меня это проделал, посмотретрать каким методом считали они, что получили в итоге. Но пока не могу найти статьи на эту тему. Кое что об этом писал Королев Г.В. но он больше делает упор на экспериментальные данные.

[Polychemist]

Хм, странный диплом, а зачем моделровать ту ассоциацию? Любое моделирование должно иметь цель... Поищите еще на Ермакову. В РЖХиме лучше не искать, пользуйтесь нормальными источниками.

[worlack]

В РЖХиме лучше не искать, пользуйтесь нормальными источниками.

А что подразумевается под нормальными источниками?

[worlack]

Хм, странный диплом, а зачем моделровать ту ассоциацию? Любое моделирование должно иметь цель...

Во-первых, от меня требуется просто смоделировать те опыты которые проводятся в лаборатории нашими магистрантами. И сравнить полученные результаты, ну и объяснить с помощью компьютерной модели почему происходит так, а не иначе. И вторая проблема - я хочу понять почему мономер ассоциируется в определенном количестве. Т.е скажем в одной из работ Королева он экспериментально доказывает что бутилакрилат ассоциируется по 4 молекулы и никак иначе, нонилакрилат скажем по 33, но он не смог смоделировать это на компьютере. Непонятно какие силы препятствуют дальнейшему присоединению молекул. Почему БА ассоциируется только по 4 молекулы и все? Ни по 5 ни по 6. Понятно что в процессе возникают водородные связи, или скажем действую силы Ван дер Ваальса, потому и идет ассоциация, но какая то сила препятствует бесконечному присоединению молекул.

[Marxist]

А что подразумевается под нормальными источниками?

CA, например, или хотя бы Web of Knowledge, да и гугл никто не отменял

Да, и не надо моделировать ничего в гиперкеме -- тем более, что он у вас, небось, ещё и пиратский.

[worlack]

CA - это что?

Да, и не надо моделировать ничего в гиперкеме -- тем более, что он у вас, небось, ещё и пиратский. - а чем так плох гиперкем?

[Marxist]

CA - это что?

Вы делаете диплом и не знаете, что такое СА? Плохо. Chemical Abstracts это

[worlack]

CA - это что?

Вы делаете диплом и не знаете, что такое СА? Плохо. Chemical Abstracts это

Спросил на всякий случай. Вдруг что-то другое подразумевали. А почему вам так не нравится программа гипркем? И какую тогда посоветуете?

[Marxist]

Зависит от того, каким методом вы хотите пользоваться

[worlack]

Зависит от того, каким методом вы хотите пользоваться

ММ+, полуэмпирикой слишком долго придется считать.

[Marxist]

MM+ -- это не метод, а силовое поле.

[worlack]

Методом молекулярной механики буду считать.

[Marxist]

А почему не молдинамикой? и как устроена ваша система? какой растворитель? Откуда будете брать начальную геометрию?

[worlack]

А почему не молдинамикой? и как устроена ваша система? какой растворитель? Откуда будете брать начальную геометрию?

Для начала я хочу посчитать систему в отсутствии растворителя. Начальную геометрию мне задаст гиперчем. Там есть кнопка Add H & Model Build - она сама достроит геометрию, ну а потом можно произвести еще геометрическую оптимизацию молекулы. Как-то так.

[Marxist]

Вы же хотите считать ассоциаты, а не отдельные мономеры. Откуда вы возьмёте геометрию ассоциата?

Отдельные мономеры в вакууме лучше полуэмпирикой считать.

[worlack]

Если говорить о геометрии ассоциата, то она будет блочной. Обсчитаю 128 молекул. 8 молекул по 8 слоев. Может я что не так говорю или понимаю, могу прислать файл Гиперкема, как я рассчитывал в нем.

[Polychemist]

... полуэмпирикой слишком долго придется считать.

Но придется, если хотите хоть как-то доверять результатам... Да еще и разными методами... А иначе и браться не стоит. А уж если замахиваетесь на большие системы, без многопроцессорных кластеров с соотв. софтом никак. Ну а гиперхем, как говорят серьезные люди, он так ничего, быстренько что-нибудь повертеть, но считают не в нем... хоть лично мне он чем-то приятен, даже купил...

[worlack]

А в чем же тогда посоветуете конкретно? Какая программа?