В данном варианте ”источнику знаний” с доступом к Reaxys остается только загрузить готовый Batch, созданный человеком нуждающимся в поиске, и за один раз провести одновременный поиск нескольких структур, патентов… Следует проверить правильность запроса нажав check syntax, исправить его при необходимости; выдать log file поиска по окончании.
Как же создать такой Batch (заготовку для поиска)?
1. Поиск нескольких структур
Заходим в template пустой базы ISISBase (прикрепленный файл). Структуры заносим в режиме Update. Они автоматически сохраняются. Блокируем появление заместителей в нежелательных местах простановкой атомов водорода Для создания новой ячейки со структурой нажимаем Ctrl+K.
После добавления всех структур в режиме Browse експортируем их как единый SD файл:
File>Export>SDFile, в поле Exported fields добавляем только structure.
Полученный файл загружаем на форум и указываем, какие физ. свойства или реакции надо искать.
2. Поиск по SMILES (линейная форма записи структуры)
Следует обратить внимание, что каждый новый элемент поиска идет в новой строке, который рассматривается как отдельный поиск (query).Создаем .txt файл с текстом(как пример):
Код: Выделить всё
SMILES='N1C=CC2=C1C=CC=C2'
SMILES='OC(=O)C1=CC=CN1'
Заходим например на сайт
Код: Выделить всё
http://www.sigmaaldrich.com/catalog/search/substructure/SubstructureSearchPage
3. Поиск серии патентов
Составляем список патентов в текстовом файле, следует обратить внимание, что каждый новый элемент поиска идет в новой строке или через оператор ;
US2009/8002-номер патента
Код: Выделить всё
CIT.PN=US2009/8002
CIT.PN=US2009/8605
CIT.PN=US2009/10846
Код: Выделить всё
CIT.PN = ep1193256;ep1193252;wo2006/123113;us101004
Если поиск оказался безуспешным, то следует заменить IDE.XPR на IDE.RN
Создаем текстовый документ со списком
Код: Выделить всё
IDE.XPR = 56-41-7
IDE.XPR = 64-17-5
IDE.XPR = 67-56-1
Операторы: -тире <меньше <= меньше равно =равно >больше >=больше равно ( ) скобки ; точка с запятой
”*” = добавление произвольного количества букв
“?” = добавление одной буквы
Список Field Names с примерами значений и объяснениями: Например, мы хотим найти информацию по теме nanomaterials as drug delivery systems
Правильный запрос будет:
Код: Выделить всё
AB.AB = '*nano*' AND AB.AB = 'drug' AND AB.AB = 'delivery'
Пример. Поиск температуры плавления соединений с молекулярной формулой CdH12O14Cl2
Код: Выделить всё
IDE.MOFO = 'CdH12O14Cl2' AND MP exists
1. Например, мы хотим найти производные индола через SMILES и желаемую температуру плавления
80-100. Тогда создаем .txt файл с текстом
Код: Выделить всё
MP.MP=80-100 AND SMILES='N1C=CC2=C1C=CC=C2'
Код: Выделить всё
PHARM.E = '*enzyme*' PROXIMITY (PHARM.TY = 'ic50' OR PHARM.TY = 'ki')