Баг в cubegen.exe (Gaussian09)

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1379
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Баг в cubegen.exe (Gaussian09)

Сообщение Vit Nhoc » Сб янв 15, 2022 11:17 am

Мне нужно сделать визуализацию молекулярных орбиталей, содержащих H-функции, в Chemcraft. Чтобы проверять ошибки, мне необходимо сравнивать картинки и кубы, сгенерированные Chemcraft-ом, с аналогичными картинками и кубами, сгенерированными другими программами. Для этого я всегда использовал утилиту cebegen.exe в Gaussian. Но теперь сильное ощущение, что эта утилита неправильно генерирует кубы для орбиталей, содержащих H функции.
Я взял файл formchk (.fch) и стал его править вручную: у первой МО сделал нулевыми все АО, за исключением одной. После этого этот fch файл был запущен в cubegen и построен куб этой орбитали, и нарисована картинка.
Картинка орбитали Fxxx:
fxxx.jpg
Картинка орбитали Gxxxx:
gxxxx.jpg
Картинка орбитали Hxxxxx:
hxxxxx.jpg
Последняя орбиталь определённо выпадает из общей тенденции. Формула для расчёта электронной плотности в кубе, например для орбитали Fxxx – x*x*x*exp(-k*(x*x+y*y+z*z)). Соответственно для орбитали Gxxxx – x*x*x*x*exp(-k*(x*x+y*y+z*z)). Логично, что для орбитали Fxxx картинка должна быть антисимметричная, а для Gxxxx симметричная. Но самое непонятное – для Fxxx и Gxxxx облако расположено вдоль оси X, а на полученной картинке для Hxxxxx вдоль оси Y. Неужели это баг в cubegen.exe?
Я использовал cubegen.exe из дистрибутива Gaussian09. Хочу поставить дистрибутив Gaussian 16: скачал файлы с торрента, и скачался G16-C01-AVX. Наверно это образ диска, а как его запустить?
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
"Ты должен сделать добро из зла, потому что больше его сделать не из чего". АБ Стругацкие.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1379
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Баг в cubegen.exe (Gaussian09)

Сообщение Vit Nhoc » Сб янв 15, 2022 12:13 pm

Прошу прощения, кажется это у меня была ошибка (в Chemcraft неправильно читался fch файл, и соответственно я неправильно делал в нём правки). Но вопрос как установить Gaussian 16 так же актуален.
"Ты должен сделать добро из зла, потому что больше его сделать не из чего". АБ Стругацкие.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13067
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Баг в cubegen.exe (Gaussian09)

Сообщение Гесс » Сб янв 15, 2022 12:34 pm

Я предполанаю что вы скачали G16-C01-AVX.tbJ с рутрекера под Линукс.
На Линуксе сначала .tbJ распаковать путем tar xvJf Имя.tbJ
Общий процесс установки прописан на https://www.webmo.net/support/binaries_linux.html

На всякий случай: "ChemPort не поощряет использование нелицензионного софта.".

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 15 гостей