Переучёт растворителя при добавлении в модель молекул воды

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 857
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Переучёт растворителя при добавлении в модель молекул воды

Сообщение Vit Nhoc » Ср авг 17, 2022 11:42 am

Мне надо максимально точно учитывать в расчётах растворитель (воду). Использую !CPCM(Water) в Орке, но судя по всему это очень неточный подход. Решил попробовать добавить большое число explicit water molecules в модель:
manyh2o.jpg
Похоже, с таким подходом нужно как-то крайне осторожно выбирать начальную геометрию для оптимизации, т.к. будет огромное число локальных минимумов.
Интересно, есть ли сейчас подходы, где молекулы растворителя учитываются как-то в динамике, методами вроде Монте-Карло или МД? А растворённое вещество считается по-старому (оптимизация и т.д.).
И ещё вопрос - не будет ли с таким подходом (CPCM(Water) и добавленные в модель молекулы воды) растворитель учитываться дважды? Т.е. может быть для корректного расчёта следует убрать CPCM(Water)?
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 1052
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Переучёт растворителя при добавлении в модель молекул воды

Сообщение Shorku » Чт авг 18, 2022 10:16 pm

Дисклеймер: я не в курсе, я мимо проходил.

В целом это старая и проработанная область с кучей литературы и разный мнений. Перед изобретением велосипеда лучше сначала погуглить.
Кластер + континуум - нормальная была когда-то тема, но вы и так уже сами себе ответили про множество минимумов. Двойного учета не будет. Продолжение этой философии - ONIOM.
В целом все зависит от того, зачем оно надо и на чем можно сэкономить. Лучше всего, конечно, молдинамика, но там опять же вариантов очень много: можно DFT в плоских волнах, можно молмеханику и обсчитывать потом снэпшоты с тем же ониом. Тот же ониом использовали и для молдинамики.
Make quantum chemistry, not war

Аватара пользователя
Droog_Andrey
Сообщения: 2641
Зарегистрирован: Сб сен 29, 2007 8:29 pm
Контактная информация:

Re: Переучёт растворителя при добавлении в модель молекул воды

Сообщение Droog_Andrey » Пт сен 02, 2022 11:13 am

Самый большой гемор это учёт энтропийного фактора. Чем больше явно заданных молекул растворителя, тем сильнее занижается энтропия.
2^74207281-1 is prime!

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 3 гостя