NEB

[Demuret]

Можете кто-нибудь пожалуйста помочь с решением вопроса
Как синхронизовать атомы в xyz файле для реагентов и конечного продукта для метода neb, не полностью ручным способом?

[Гесс]

В кемкрафте можно перенумеровать одним кликом для согласования двух открытых окон.

[Demuret]

Спасибо.

[amge]

Еще способы

[amge]

Раз уж появилась тема про NEB, спрошу про свою проблему.
Почему-то у меня в орке 5.03 NEB работает неполноценно. Тогда как в орке 4 - нормально. Никто не знает, в чем дело?
Тестовый пример прикладываю.

[dycost]

Раз уж появилась тема про NEB, спрошу про свою проблему.
Почему-то у меня в орке 5.03 NEB работает неполноценно. Тогда как в орке 4 - нормально. Никто не знает, в чем дело?
Тестовый пример прикладываю.

Орка 5.04, артефактов не наблюдаю.

[amge]

Орка 5.04, артефактов не наблюдаю.

Спасибо большое! Что-то стало понятно. Оказывается, у меня тоже работает, но только если задавать количество ядер меньше 16. А на умолчаемых 16 ядрах почему-то глючит. Больше - не проверял (у меня только 16).

[Гесс]

Орка 5.04, артефактов не наблюдаю.

Спасибо большое! Что-то стало понятно. Оказывается, у меня тоже работает, но только если задавать количество ядер меньше 16. А на умолчаемых 16 ядрах почему-то глючит. Больше - не проверял (у меня только 16).

То есть на 8 работает? Я бы первым делом проверял "больше/меньше числа атомов в молекуле".

[amge]

Орка 5.04, артефактов не наблюдаю.

Спасибо большое! Что-то стало понятно. Оказывается, у меня тоже работает, но только если задавать количество ядер меньше 16. А на умолчаемых 16 ядрах почему-то глючит. Больше - не проверял (у меня только 16).

То есть на 8 работает? Я бы первым делом проверял "больше/меньше числа атомов в молекуле".

У меня тоже первым делом именно такая мысль появилась, про "больше/меньше числа атомов". Но нет, проверял на 1, 2, 4, 8, 12 и 15 ядрах. Работает. А на 16 - фиг.