Примеры входных файлов xtb

[Vit Nhoc]

Мне подсказали ссылку для скачивания Windows версии xtb:

https://github.com/grimme-lab/xtb/relea ... x86_64.zip

Теперь просьба прислать несколько примеров входных файлов с разными типами расчётов, с разными методами (в частности GFNn-xTB), чтобы я всё протестировал.

[Uncle4enni]

Насколько я понял, то болльшая часть заданий можно задать параметрами командной строки, но так как он выводит в консоль, то вывод в файл как у орки через " > out.out"
Например:
XTB.exe file.xyz --opt > out.out оптимизация геометрии из файла file.xyz (стандартный xyz файл)
если нужно задать уровень расчета, заряд и мультиплетность, то аналогично параметрами коммандной строки
--gfn 1 (уровень GFN1-xTB) --chrg 0 (заряд 0) --uhf 1 (не мультиплетность, а колличество неспаренных электронов)

В целом в сети не плохой манул по адресу https://xtb-docs.readthedocs.io/

[Uncle4enni]

А вообще было бы здорово подружить chemcraft с xtb, как быстрый предоптимизатор геометрий и прочего, как это реализовано в chembio3d со штатным US Gamess (геометрию набросал, кнопку нажал оптимизировать на PM3, она бац и и завертелось).

[Vit Nhoc]

А вообще было бы здорово подружить chemcraft с xtb, как быстрый предоптимизатор геометрий и прочего, как это реализовано в chembio3d со штатным US Gamess (геометрию набросал, кнопку нажал оптимизировать на PM3, она бац и и завертелось).

Как думаете, не будет никаких нарушений авторских прав, если я вставлю екзешник xtb в дистрибутив Chemcraft?

[Uncle4enni]

Думаю, что если пользователи будут сами вставлять exeшник в корневую папку, или прописывать путь в настройках, то точно не будет. У ORCA тоже поддержка xtb есть, но в месте с ней она не распостраняется, кому надо те сами вставляют.

[Vit Nhoc]

Думаю, что если пользователи будут сами вставлять exeшник в корневую папку, или прописывать путь в настройках, то точно не будет. У ORCA тоже поддержка xtb есть, но в месте с ней она не распостраняется, кому надо те сами вставляют.

А кто автор xtb и как к нему обратиться?
И вот ещё, как найти екзешник Природы и обратиться к Лайкову? Может мне лучше выбрать Природу для этой задачи, вместо xtb, чтобы поддержать отечественного производителя. Лайков ещё выпускает её?

[Uncle4enni]

XTB делела группа Гримма, в мануале указан емайл xtb@thch.uni-bonn.de
XTB в разы быстрее Природовской полуэмпирики и более функционален (есть реализация неявной сольвотации), у него хорошо написанный манул, и вполне удобный и понятный ввод-вывод. У природы же авторский манал мне никогда не попадался.
В целом мне кажется что XTB более удачный выбор для быстрых прикидочных расчетов, семплирования конформаций, сканирования по переменным, чем природа хотя можно прикрутить и то и другое.

[endlesslake]

Думаю, что если пользователи будут сами вставлять exeшник в корневую папку, или прописывать путь в настройках, то точно не будет. У ORCA тоже поддержка xtb есть, но в месте с ней она не распостраняется, кому надо те сами вставляют.

пишут, что в вышедшем сегодня релизе - распространяется.

[Vit Nhoc]

Просьба подсказать: как в xtb сделать печать градиентов энергии в выходном файле (для синглпоинта)? Сходу не нашёл этого в мануале на сайте.

[endlesslake]

у них это отдельный runtype --grad

[Vit Nhoc]

А вообще было бы здорово подружить chemcraft с xtb, как быстрый предоптимизатор геометрий и прочего, как это реализовано в chembio3d со штатным US Gamess (геометрию набросал, кнопку нажал оптимизировать на PM3, она бац и и завертелось).

Делаю:

viewtopic.php?f=71&t=143274

[endlesslake]

может быть стоит, пока более лучший оптимизатор не готов, дать возможность вызывать встроенный в xtb ?

[Vit Nhoc]

может быть стоит, пока более лучший оптимизатор не готов, дать возможность вызывать встроенный в xtb ?

Тут будет много телодвижений, надо на лету проверять, обновился ли выходной файл. Да и зачем это если даже нынешний оптимизатор годится для задачи "набросал структуру и сделал её чуть красивее/симметричнее"?

[endlesslake]

очень уж медленно.

[Vit Nhoc]

очень уж медленно.

Это потому что конвергентор пока абсолютно сырой, а дальше я его сделаю намного лучше.