Леонид писал(а):Для молекулы dicnq (файл прикреплен) был вычислен electron density surface, с помощью Гауссиана с ДФТ методом.
Результаты вообщем логичные, основное скопление electron density наблюдаетеся на гетороатомах(азот который более электронегативный чем углерод).
Экспериментальные результаты в общем совпадают, болеее "позитивные" участки участки имеют интеракцию или с более "негативными" участками соседней молекулы или с анионами вокруг нее и наоборот.
Но есть один страный результат который выпадает из этого ряда(единственое отличие, в первых двух случаях была интеракция с солвентом, в последнем ее нет). Где азот с нитрильной групы (N22) одной молекулы находится на очень близком растоянии от азота ароматичного schiff base (N16), последний в вычислениях хоть и не очень выделяется на фоне ароматичных углеродов но все же имеет чуть более высокую электроплотность по сравнению с ними.
Как такое может быть? Да и они наблюдаются на крайне близком растоянии друг от друга что еще более удивительней.
Здравствуйте, Леонид!
Вы справедливо отметили, что структурные изменения (можно сравнить изображённые на Fig. 2 и Fig.3 димеры DICNQ) происходят при появлении молекул C2H5OH.
Значит, в этом можно искать причину стабилизации именно такого расположения плоских
молекул dicnq:
молекула C2H5OH (точнее отрицательно поляризованный О-атом), Н-связанная с N1-атомом молекулы_1 dicnq,
вступает в дополнительное межмолекулярное взаимодействие с положительно поляризованным с-атомом нитрильной группы молекулы_2 dicnq.
Итак, молекулы C2H5OH - это "связки" между молекулами dicnq
(я привёл иллюстрацию к рассуждениям см gjf-file. Нарисовал приблизительно. Если Вы приведёте декартовы координаты, то будет очень полезно, так как это облегчит работу тем, кто хочет Вам помочь )
Кстати, необходимо отметить, что молекулы dicnq в димере ориентированы противоположно друг другу - пАры нитрильных групп различных молекул dicnq в димере расположены напротив друг друга, что можно объяснить так:
фрагмент молекулы_1 dicnq - ароматическое кольцо, которое находится под влиянием нитрильных групп)
с меньшей электронной плотностью, взаимодействует с ароматическим фрагментом (другой молекулы dicnq)
с некоторым (относительным) избытком электронной плотности - так стабилизируется комплекс с переносом заряда
одинаковое (см. и ср. fig2 и fig3 ) относительное расположение CN-групп свидетельствует об общности природы взаимодействия и синтезе комплекса с переносом заряда. Молекулы C2H5OH участвуют в переносе заряда и стабилизируют другое расположение молекул dicnq.
ps Вы рассуждаете о зарядах на атомах. Атомы в молекуле (как и их заряды)
необходимо правильно определять. Вами имеет смысл вычислить с помощью Gau$$ian
заряды на атомах (по Mulliken, Lowdin, ESP, NPA) и для некоторых AIM.
Или вычитать электронные плотности молекул dicnq до и после синтеза комплекса с переносом заряда,
а затем до и после микро-сольватации.
ps Если Вы приведёте координаты (геометрии) из Support Inf, то возможно мой ответ изменится и, быть может, станет точнее и определённее.
