Входные файлы для GROMACS

[Sartorius]

Всем доброго времени суток.
Разыскивается (если такое вообще есть) конструктор входных файлов для GROMACS. Представляю это себе так: Задаю ячейку, рисую структуру (скажем как в Chem3D), расставляю заряды на атомах, сольватирую, переношу, поворачиваю и т.п., указываю силовое поле которое хочу использовать (из стандартной коллекции громакса). На выходе - gro и top.
Кто-нибудь встречал такое?
PS
Вообще большая просьба ко всем кто работает с громаксом поделиться информацией о софте, который они испольуют для построения конфигураций и топологий.

[Marxist]

Дык там вроде набор скриптов был, которые из пдб-шников всё это делают. Впрочем, я его щупал очень давно и недолго, потому что перешёл на более продвинутый софт

[Sartorius]

Marxist, действительно есть pdb2gmx. Но оно довольно примитивное (таr мне на первый взгляд показалось). Все равно требуется вручную редактировать типы атомов, что бы они соответствовали типам из силовых полей громакса.

ЗЫ
Чем кстати создавали pdb-ки? Можно ли там заряды на атомах расставлять? Что за более продвинутый софт если не секрет

[Marxist]

Все равно требуется вручную редактировать типы атомов, что бы они соответствовали типам из силовых полей громакса.

Ну не знаю, по идее, не должно быть такого, чтобы он совсем все типы атомов не понимал. Может, у вас система какая-то левая?
Скорее всего, народ писал кучу самописных приблуд, так что вдумчивое гугление и изучение мэйл-листа может помочь. повторюсь, я с громаксом не работал

Чем кстати создавали pdb-ки?

качал из PDB, также использовал Sybyl разных версий и текстовые редакторы.

Можно ли там заряды на атомах расставлять?

ЕМНИП, стандарт формата PDB не подразумевает зарядов на атомах. Разве в громаксе они не имплементированы в силовое поле? Впрочем, есть способы располагать заряды в вариабельных столбцах формата (где обычно b-фактор сидит), но это не значит, что они будут читабельны.

Что за более продвинутый софт если не секрет

AMBER

[Sartorius]

В стандарте PDB сейчас заряд есть в последней колонке.
В силовое поле заряд добавлять нет смысла, т.к. это вещь индивидуальная для каждой структуры
AMBER - платный
Сейчас нарыл два свободных конструктора (в том числе и для PDB но не для GROMACS) : AGM Build и AscalaphDynamics. Может кому пригодиться.
Marxist, в любом случае спасибо за ответ

[Marxist]

AMBER - платный

Там вроде есть скидочная программа для стран Восточной Европы. Шеф написал приличествующее случаю письмо, и нам прислали дисочек и толстенную книгу мануала забесплатно.

В силовое поле заряд добавлять нет смысла, т.к. это вещь индивидуальная для каждой структуры

Не скажите, в белковых силовых полях типа AMBER FF99 зарядовые параметры лежат в поле. Для малых молекул обычно используют RESP (если есть где посчитать) или AM1-BCC (их ставит Antechamber), на худой конец GH.

[Darth Vasya]

Marxist, действительно есть pdb2gmx. Но оно довольно примитивное (таr мне на первый взгляд показалось). Все равно требуется вручную редактировать типы атомов, что бы они соответствовали типам из силовых полей громакса.

Гы. Значит, во-первых, есть PRODRG - делает по структуре или ASCII-скетчу топологию для ffgmx. Заряды ненадёжные, настоятельно рекомендуется расставлять руками (предварительно, очевидно, рассчитав их соответствующим методом) - ну да это по умолчанию должно делаться для каждой новой молекулы Есть ещё x2top - кажется, входит в комплект.

Но! - автоматические расставлялки типов всё-таки довольно глупые (а для чего-то сложного типа opls - особенно), и могут очень сильно ошибаться, поэтому лучше глазами посмотреть на файл с параметрами и выбрать нужные типы атомов, полагаясь на своё знание химии. Переименовать атомы в файле - совершенно не проблема, а уникальная возможность увидеть своими глазами содержимое вашей топологии, возможно, позволит избежать ошибок.

[Sartorius]

Darth Vasya, спасибо. Заказал PRODRG. Попробую на что он способен

[Darth Vasya]

Заказал PRODRG.

???

Это веб-сервер
http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/cgi-bin/prodrg_beta

[Sartorius]

http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/cgi-b ... g_howtoget - можно в виде бинарников получить

[Darth Vasya]

Да, но зачем? Вбил структурку - и готово...

[Marxist]

Да, но зачем? Вбил структурку - и готово...

Все веб-серверы собирают информацию о структурах, рассчитываемых с их помощью.

[Sartorius]

Darth Vasya, а вообще спасибо большое. Сейчас поигрался с веб-сервисом - все круто. Почти то что хотел. Жаль рисовалка довольно простенькая( Но все манипуляции с ячейкой (сольватация и т.п.) несложно и самому написать. Главное - топология ))

Marxist, да я не собираюсь ничего секретного считать. Просто удобно приложение под рукой иметь, а не лезть каждый раз в браузер.

[Darth Vasya]

Для сольватации есть genconf.

[fullerene]

Но все манипуляции с ячейкой (сольватация и т.п.) несложно и самому написать. Главное - топология ))

genbox, genconf, editconf.

При создании многокомпонентных систем особо нужно контролировать плотность.