Как заморозить координаты при оптимизации в Gaussian-е?

[Дмитрий Викторович]

Возникла необходимость оптимизации и дальнейшего расчета гессиана молекулы, ориентированной таким образом, чтобы главная ось симметрии совпадала с осью Z. Но при оптимизации Gaussian ориентирует молекулу другим образом. Хотелось бы узнать можно ли зафиксировать координаты одной из связей так чтобы она лежала на оси Z и не отклонялась от нее в процессе оптимизации (т.е. заморозить x и y координаты этой связи)?

[Rusia]

вы хотите х и у заморозить для 2х атомов?

[Darth Vasya]

Декартовы координаты атома можно заморозить с помощью Opt=ModRedundant добавлением строки

X номер_атома F

после начальной геометрии через пустую строку. В принципе, этого должно хватить, но можете почитать документацию на предмет более элегантного использования ModRedundant. http://gaussian.com/g_ur/k_opt.htm

[ИСН]

Да что это вы все делаете?
Если есть симметрия, и если (вот это ключевое "если") гауссиан её подхватывает, то разве он уносит ось произвольно куда-то в сторону? Я давно уже дело имел, не помню. Но даже если так, ИМХО, проще потом на руках повернуть обратно, чем - - -

[Дмитрий Викторович]

Декартовы координаты атома можно заморозить с помощью Opt=ModRedundant добавлением строки

X номер_атома F

Уважаемый Darth Vasya, не могли бы Вы продемонстрировать как это работает на примере молекулы этана, например? Имею ввиду заморозку нулевых значений x и y координат двух атомов углерода. Заранее спасибо.

[VTur]

Нужно ввести исходную геометрию и запретить Гауссиану её вращать. Но непонятно, зачем это. Ответ-то будет для исходного положения.
В расчетах если не указано NoSymm симметрия сохраняется.

[Дмитрий Викторович]

Нужно ввести исходную геометрию и запретить Гауссиану её вращать. Но непонятно, зачем это. Ответ-то будет для исходного положения.
В расчетах если не указано NoSymm симметрия сохраняется.

Так я уже пробовал! Если указывать данное ключ слово при оптимизации, то вообще нельзя предсказать как и какие координаты изменяться. Была идея оптимизировать геометрию, затем повернуть молекулу так как нужно, и уже потом, запретив вращение, посчитать необходимую мне матрицу вторых производных энергии по координатам. Но, я не знаю где ее можно повернуть без потери точности. Пробовал в HyperCheme, но там после соответствующих манипуляций урезается число знаков после запятой (у координат).
Неужели нельзя замораживать отдельные декарт. координаты в Gaussiane? Если так, то может кто-нибудь подскажет тогда программку в которой можно изменять ориентацию молекулы без потери точности после оптимизации.

[EvgeniX]

Но, я не знаю где ее можно повернуть без потери точности. Пробовал в HyperCheme, но там после соответствующих манипуляций урезается число знаков после запятой (у координат).

А эти знаки после запятой действительно значимы?

Неужели нельзя замораживать отдельные декарт. координаты в Gaussiane? Если так, то может кто-нибудь подскажет тогда программку в которой можно изменять ориентацию молекулы без потери точности после оптимизации.

ChemCraft // www.chemcraftprog.com