молекула на поверхности кристалла

[masmart]

Добрый день.

Мне нужно оценить энергию связи молеулы S-Pd-SH-(PBu3)2, Bu - это бутил, с кристаллом золота. Пользую Gaussian03.

Вопрос, можно ли так сделать? а то пока я подумываю о кристаллике 2х5х5 ячеек, к примеру, который я просто нарисую. А вот как слепить бесконечный кристалл с молекулой?... И желательно еще таким образом, чтобы оптимизировалась не вся молекула, ее я отдельно соптимизировал, а та часть, которая с кристаллом контактирует.

И еще, кто может считат что-то подобное, посоветуйте базисы и методы, сейчас я для прикидки запустил RHF/CEP-31G

[EvgeniX]

Используй молекулярную динамику. Смысла использовать слабенькие методы нет.

[Darth Vasya]

SIESTA или OpenMX в плане масштабируемости хорошо подходят для таких задач. Берёте двумерную пластинку достаточной толщины, чтобы структура поверхности соответствовала нужной, достаточной ширины, чтобы молекула не взаимодействовала со своими периодическими отображениями, и достаточно толстый слой вакуума, чтобы молекула взаимодействовала только с одной стороной пластинки

[masmart]

Хм..
Я в теме совсем недавно, поэтому вопросы, наверное, ламерские.

1. EvgeniX,

Используй молекулярную динамику. Смысла использовать слабенькие методы нет.

как использовать молекулярную динамику и чем плох конкретно выбранный метод, какие он дает погрешности, какие преимущества мол. динамики? Я-то из тех соображений RHF взял, чтобы побыстрее, а то шеф гонит, а машинка так себе, но если аргументировать со ссылками, то можно под расчет выбить недельку-другую.

2. Darth Vasya, OpenMX вроде скачался, SIESTA'у я не нашел, где взять. Не сложно вам дать ссылки на примеры, где рассказывается, как реализовать в OpenMX все это. И какие базисы/методы для такой задачки предпочтительнее..

[Darth Vasya]

Вообще, чтобы получить сиесту, надо отправить по почте подписанное лицензионное соглашение, но для ознакомления можно взять здесь http://fisica.ehu.es/ag/siesta-extra/issues.html

Но прежде чем публиковать результаты, лучше лицензию таки получить.

Что касается методов, тут выбор невилик, скорее всего DFT-GGA-PBE, с базисом нужно смотреть "на месте". Ну и, наконец, http://scholar.google.com/scholar?q=dft ... tnG=Search

[C10H16]

И желательно еще таким образом, чтобы оптимизировалась не вся молекула, ее я отдельно соптимизировал, а та часть, которая с кристаллом контактирует.

В z-матрице ту часть молекулы которую хочеш оставить неизменной описываешь константами (прямо в матрице), а участок контактирующий с кристаллом (длины связей и углы) задаёшь переменными. В разделе деректив задаёшь Opt=Z-matrix.

И еще, кто может считат что-то подобное, посоветуйте базисы и методы, сейчас я для прикидки запустил RHF/CEP-31G

Дельный совет:

Что касается методов, тут выбор невилик, скорее всего DFT-GGA-PBE, с базисом нужно смотреть "на месте".

Про базис не посоветую (либо CEP, либо LanL2DZ), а метод возьми B3LYP

[Darth Vasya]

Про базис не посоветую (либо CEP, либо LanL2DZ), а метод возьми B3LYP

Ну я-то про SIESTA и OpenMX говорю, там B3LYP нет (в 3 сиесте обещают, но она ещё неизвестно когда выйдет), да и базисы принципиально другие (численные - локализованные псевдоатомные орбитали, собственно за счёт чего и получается считать большие системы). Можно ещё посмотреть, как там дела у разработчиков ABINIT, они тоже делают код для больших систем (BigDFT, базис - вейвлеты), но когда я его последний раз видел, он не умел работать с периодическими граничными условиями. Но они обещали сделать.

[C10H16]

Про базис не посоветую (либо CEP, либо LanL2DZ), а метод возьми B3LYP

Ну я-то про SIESTA и OpenMX говорю, там B3LYP нет

Пардонов просим...

2 masmart, все что я вам рекомендовал относится к Gaussian.

[masmart]

спасибо за советы.
пришлось ненадолго прерваться, переходил на линукс, а то под виндой гауссиан плохо ntfs понимал и вылетал.

вопросы такие:

Берёте двумерную пластинку достаточной толщины, чтобы структура поверхности соответствовала нужной, достаточной ширины, чтобы молекула не взаимодействовала со своими периодическими отображениями, и достаточно толстый слой вакуума, чтобы молекула взаимодействовала только с одной стороной пластинки

если вы про гауссиан, то как брать там слой вакуума, я чего-то не нашел. может проще не транслировать эту штуку вертикально. но вообще я спрашивал про другое - можно ли так: задать кристалл, занимающий все полупространство, а к плоскости среза прилепить молекулу...

и еще, нужно вытащить энергию 2Р электронов атомов серы, а лучше форму орбиталей. я потыкался в chk файл, но там только вышележащие, судя по энергии. возможно такое?

[Darth Vasya]

если вы про гауссиан, то как брать там слой вакуума, я чего-то не нашел.

Нет, я не про гауссиан, в гауссиане у вас ничего хорошего не получится. Ну а вообще, "слой вакуума" - это когда один из трансляционных векторов заметно длиннее размера системы в соответствующем направлении. Конечно, проще не транслировать, но не во всех методах это возможно (например, с базисом плоских волн (который, кстати, едва ли не лучше всего подходит для вашего случая)). ABINIT'овцы где-то с год назад обещали сделать вейвлетный код, работающий с любыми вариантами периодичности (BigDFT), не знаю, как там у них дела...

В общем, посмотрите в литературе, как люди считают такие вещи. В подавляющем большинстве случаев это либо VASP, либо SIESTA, либо всякие там PWSCF.

но вообще я спрашивал про другое - можно ли так: задать кристалл, занимающий все полупространство, а к плоскости среза прилепить молекулу...

Нет конечно