ППЭ в Gaussian

[Юся]

Вопрос покажется глупым, но мне просто необходима помощь. Разбиралась с разными пособиями но так и не поняла, как в программе задать конкретно протекающую реакцию, чтобы программа сама предположила какой переходный комплекс образуется в ходе этой реакции и какова энергия активации этого переходного комплекса. Была бы очень благодарна, если бы кто-нибудь растолковал данный материал и научил )

[VTur]

Вроде в этой ветке это уже обсуждалось. В ГАУССИАНе это задается при оптимизации Opt(QST2). См. хелп, что непонятно, спросите.

[YuraM]

Этот вопрос по-крайней мере мне глупым не кажется. Для того, чтобы это считать надо представлять себе как протекает реакция. нужно иметь соптимизированнами продукты и реактанты. Дальше - несколько путей. Пусть реакция A-B = A + B

- opt=QST2 requires two molecule specifications, for the reactants and products, as its input, (те нужна структура A-B, и A+B)

- opt=QST3 requires three molecule specifications: the reactants, the products, and an initial structure for the transition state, in that order. (нужна структура A-B, A+B, A...B)

Я обычно использую opt=qst3 - примерно знаю как должно выглядеть переходное состояние. Но иногда это не работает, находиться седловая точка второго или третьего порядка, или еще что-то. тогда можно делать linear transit - сканировать поверхность вдоль координаты реакции (вданном случае это расстояние A-B). это позволяет сделать опция opt = modredundant. Если после сканирования видите что на поверхности есть максимум - берите эту точку для приближения к переходному состоянию.

http://www.gaussian.com/g_ur/k_opt.htm