Можно ли перевести на русский язык термин - NBO анализ

[VTur]

Красный цвет - линии локальной концентрации эл. плотности, синий - локального истощения эл. плотности. Хорошо видно накопление эл. плотности в области хим. связей.

[Marxist]

Ну и что? в тех приближениях, где используются точечные заряды на атомах, атомы представляются в виде шариков. Границы применимости, да.

[VTur]

Ну и что? в тех приближениях, где используются точечные заряды на атомах, атомы представляются в виде шариков. Границы применимости, да.

Совершенно верно. В мол. динамике и мол. механике модели таковы, что там атомы - точки и заряды точечные (шаро-стержневая модель). И в своем приближении и в пределах своих погрешностей, модели работают.
Я к тому, что не нужно к ним (зарядам) относится как к реально существующим и из анализа делать обобщающие выводы (здесь уже выходят за пределы модели). Анализировать нужно эл. плотность - она реально существует.

[VTur]

Заряды на атомах по Бейдеру.
N1 -1.120
C2 1.514
H3 0.384
O4 -1.176
H5 0.003
H6 0.395
Это не точечные, а распределенные заряды.

[SSR]

Ну кто тут хотел циклопропан

cp_1.gif

[Darth Vasya]

Прекрасно А вот вам тогда диборан, фиолетовым - центры максимально локализованных функций Ванье

[Yu/2]

А интересно, какой программой можно получить "bond path"?

[VTur]

TOPOND (TOPXD) напишите Карло Гатти, раньше эти программы были бесплатны.
http://www.istm.cnr.it/~gatti/more_file/v3_document.htm
AIMPAC - Бейдеровские коды на фортране, нуждаются в компилировании (бесплатно).
http://www.chemistry.mcmaster.ca/aimpac ... agemap.htm
Там же инструкции по компиляции.

Платные
AIM2000
http://www.aim2000.de/

MORPHY
Старая версия программы здесь
http://morphy.mib.man.ac.uk/IdentityDownload.htm
Но существует новая версия (500 евреев). Писать Попилеру
http://www.chemistry.manchester.ac.uk/g ... ontact.htm

[Yu/2]

AIMPAC - Бейдеровские коды на фортране, нуждаются в компилировании (бесплатно).
http://www.chemistry.mcmaster.ca/aimpac ... agemap.htm
Там же инструкции по компиляции.

Какая конкретно программа из набора AIMPAC умеет вычислять "bond path"?

[VTur]

Какая конкретно программа из набора AIMPAC умеет вычислять "bond path"?

Ей и нарисовано.
Или вам нужна длина вдоль "bond path" и разность длин "bond path" и прямой "химической связи"?

[Yu/2]

Какая конкретно программа из набора AIMPAC умеет вычислять "bond path"?

Ей и нарисовано.
Или вам нужна длина вдоль "bond path" и разность длин "bond path" и прямой "химической связи"?

Cпасибо за попытку помочь. ;)

[VTur]

Какая конкретно программа из набора AIMPAC умеет вычислять "bond path"?

Ей и нарисовано. Или вам нужна длина вдоль "bond path" и разность длин "bond path" и прямой "химической связи"?

Cпасибо за попытку помочь.

Длину "хим. связи", длину "bond path", валентные углы между ними и т.д. считает AIMALL
http://aim.tkgristmill.com/

[N_A_B]

Есть еще AIMALL

Код: Выделить всё

http://aim.tkgristmill.com

Бесплатный вроде

[Yu/2]

Есть еще AIMALL

Код: Выделить всё

http://aim.tkgristmill.com

Бесплатный вроде

Да, эта программа бесплатная. Но "bond path" в явном виде не выдает (хотя у нее в пузе оно может и вычисляется).

[VTur]

Расстояние по связевому пути между азотом и кислородом в формамиде вдоль макс. эл. плотности и длина "химической связи" - прямой линии.

NACP = Nuclear Attractor Critical Point
NNACP = Non-Nuclear Attractor Critical Point
BCP = Bond Critical Point
RCP = Ring Critical Point
CCP = Cage Critical Point
Rho = Electron Density
GradRho = Gradient of Electron Density
HessRho_EigVals = Eigenvalues of the Hessian of Rho, Ascending Order
HessRho_EigVecs = Eigenvectors of the Hessian of Rho
DelSqRho = Laplacian of Rho = Trace of Hessian of Rho
Bond Ellipticity = (HessRho_EigVal(1) / HessRho_EigVal(2)) - 1
V = Virial Field = Potential Energy Density = Trace of Stress Tensor
G = Lagrangian Form of Kinetic Energy Density
K = Hamiltonian Form of Kinetic Energy Density
L = K - G = Lagrangian Density = (-1/4)DelSqRho
Vnuc = Electrostatic Potential from Nuclei
DivSigma = Ehrenfest Force Density = Divergence of Stress Tensor
BP = Bond Path
BPL = Bond Path Length
GBL = Geometric Bond Length
GBL_I = Distance Between Nuclear Attractors
GBL_II = Distance Between Nuclei
GBL_III = Sum of Distances Between BCP and Nuclear Attractors
GBL_IV = Sum of Distances Between BCP and Nuclei

CP# 10 Coords = -3.33561825784407E-03 -3.83675646053034E-10 1.60274889290841E+00
Type = (3,-1) BCP C2 N1
Rho = 3.2862849523E-01
GradRho = -9.7144514655E-17 -3.5155176034E-23 -1.6306400674E-16
HessRho_EigVals = -7.8322721573E-01 -6.8294013274E-01 4.1054891043E-01
HessRho_EigVec1 = 9.9999771184E-01 9.2672413458E-12 -2.1392300547E-03
HessRho_EigVec2 = -8.7657531030E-12 1.0000000000E+00 2.3443401944E-10
HessRho_EigVec3 = 2.1392300547E-03 -2.3441473106E-10 9.9999771184E-01
DelSqRho = -1.0556184380E+00
Bond Ellipticity = 1.4684608238E-01
V = -6.8449667521E-01
G = 2.1029603285E-01
K = 4.7420064236E-01
L = 2.6390460951E-01
Vnuc = 1.4369630232E+01
DivSigma = -4.4787804008E-03 1.5185601617E-10 -9.7483547789E-01
BPL = 2.5638580765E+00 = 9.6153098537E-01 + 1.6023270911E+00
GBL_I = 2.5638472407E+00
GBL_II = 2.5638504382E+00
GBL_III = 2.5638552448E+00 = 9.6153094121E-01 + 1.6023243036E+00
GBL_IV = 2.5638584430E+00 = 9.6153489730E-01 + 1.6023235457E+00

[Yu/2]

Расстояние по связевому пути между азотом и кислородом в формамиде вдоль макс. эл. плотности и длина "химической связи" - прямой линии.

Ну Вы же наверняка вменяемый человек, умеющий читать по-русски. Ж) Говорю же - нужен сам по себе "связевый путь" (можно в виде набора координат точек вдоль него), а не его длина и т.д. и т.п. Говорю же - AIMAll этого не выдает (и Todd Keith это подтверждает). Я еще раз благодарю Вас за искреннюю попытку помочь.

[VTur]

а) Искренне хотел помочь
б) Видимо, не понял вопроса, так как уже был рисунок со связевыми путями, нарисованный AIMPAC'ом.
Три точки пути Вам известны
а) две точки максимумов (аттракторов) - начало и конец
б) точка минимума на пути - критическая точка.
Если требуется остальные, нужно знать фортран. В *.grd файле все эти точки есть, но узнать где они находятся можно только анализируя исходники. Они открыты, написаны на фортране. Если большой специалист, то можно код изменить, заставив все, что нужно выводить на печать.
Другой путь, нарисовать только эти связевые пути - это делается легко, а потом оцифровать изображение. Зная масштаб - получите любую точку.
Другое дело, что зачем это все нужно? И какой смысл Вы собираетесь из этого извлечь? Думаю, что делаете это "для общего развития".

[Rusia]

Раз уж начали обсуждение NBO тут, то чем открывать эти самые .nbo файлы?

(NBOView у меня нет и пока не планируется)