Firefly/ decomposition of normal vibrations

[molkee]

Доброго времени суток!
Кратко изложу суть проблемы. Использую Firefly для того, чтобы установить какое колебание(частота) соответствует внутреннему вращению. С помощью DECOMP($FORCE) проводится отнесение данного нормального колебания к конкретной внутренней координате,а точнее находится соответствующий коэффициент для распределения по энергии. Задаю набор внутренних координат в izmat($zmat). Для сравнительно небольших молекул все ок. Привожу например часть аутпута для этана:

Код: Выделить всё

                              5           6           7           8
                          0.21538E-04 0.41452E-04  303.39      855.12    

 STR.  1  5              0.00000000  0.00000000  0.00000000  0.00000000
 STR.  1  4              0.00000000  0.00000000  0.00000001 -0.00007160
 STR.  1  3              0.00000000  0.00000000  0.00000001 -0.00007163
 STR.  1  2              0.00000000  0.00000000  0.00000000 -0.00027334
 STR.  5  7              0.00000000  0.00000000  0.00000001 -0.00007163
 STR.  5  8              0.00000000  0.00000000  0.00000001 -0.00007160
 STR.  5  6              0.00000000  0.00000000  0.00000000 -0.00027334
 TORS  2  1  5  7        0.00000000  0.00000000  1.00017167  0.00000000
 BEND  1  5  6           0.00000000  0.00000000 -0.00000079  0.32054211
 BEND  1  5  7           0.00000000  0.00000000  0.00000000  0.07981892
 BEND  1  5  8           0.00000000  0.00000000  0.00000971  0.07978082
 BEND  5  1  2           0.00000000  0.00000000  0.00000000  0.32054212
 BEND  5  1  3           0.00000000  0.00000000 -0.00000457  0.07981894
 BEND  5  1  4           0.00000000  0.00000000 -0.00000970  0.07978080
 BEND  2  1  3           0.00000000  0.00000000 -0.00018127  0.00332283
 BEND  4  1  3           0.00000000  0.00000000  0.00000000  0.01362519
 BEND  2  1  4           0.00000000  0.00000000 -0.00016797  0.00332669
 BEND  6  5  7           0.00000000  0.00000000  0.00018138  0.00332283
 BEND  6  5  8           0.00000000  0.00000000  0.00000005  0.00332669
 BEND  8  5  7           0.00000000  0.00000000  0.00000145  0.01362519

Однако для молекулы с примерно 20 атомами дело было хуже, мне не удалось задать нормальный набор
внутренних координат, постоянно появлялись ошибки.
Изучив мануал по инпуту, я решил попробовать сгенерировать автоматически набор внутренних координат и добавить к ним несколько интересующих меня (прежде всего torsion) с помощью auto=.t. , dlc =.t. и ключа ixzmat. Задание запускается, но анализа по внутренним координатам не проводится. В аутпуте есть строка:

Код: Выделить всё

SYMMETRY COORDINATES ARE DEFINED, SO VIBRATIONAL DECOMPOSITION IS DISABLED

Пытался разобраться самостоятельно, скачал все статьи, которые указаны в мануале. Не получилось.
Помогите разобраться с данной проблемой.
ПС. я новичок, опыт работы с гамессом - несколько месяцев.

[VTur]

Если auto=.t. , dlc =.t., то ничего добавлять не нужно. Всё сделается само. Обычно пишется что-нибудь такое

$FORCE PURIFY =.TRUE. VIBANL=.TRUE. NVIB=2 DECOMP =.t. $END
$STATPT OPTTOL=1.0d-5 HSSEND=.t. NSTEP=100 PURIFY =.t. $END
$ZMAT DLC=.t. AUTO=.t. $END

см. также

Шлегель Айяла Обработка внутреннего вращения в гармоническом анализе.pdf

[molkee]

Пробывал, как Вы говорите, но результат такой же.
Что значит:
'SYMMETRY COORDINATES ARE DEFINED, SO VIBRATIONAL DECOMPOSITION IS DISABLED'?
Структура следующая:

Код: Выделить всё

N            7.0  -2.5628591841   1.4881702102  -0.6083755300
 C           6.0  -1.4218212574   2.0634123721  -0.9894821005
 C           6.0  -3.1814510940   2.3057967268   0.3178968277
 C           6.0  -2.3798067733   3.3898703628   0.4911659136
 N           7.0  -1.2856663715   3.2179644109  -0.3352462754
 H           1.0  -0.7086897180   1.6464479330  -1.6896904966
 H           1.0  -2.4872401413   4.2513692221   1.1266300029
 H           1.0  -4.1197120384   2.0457661572   0.7755574433
 H           6.0  -0.1399128815   4.1217259400  -0.4863800869
 H           1.0  -0.4709875044   5.0580905641  -0.9362497468
 H           1.0   0.2967042508   4.3150382532   0.4933433197
 H           1.0   0.5901040604   3.6306119724  -1.1293205998
 C           6.0  -3.0600494588   0.2021141921  -1.1355711132
 H           1.0  -3.4265560098  -0.3747894280  -0.2834699903
 H           1.0  -2.1936528152  -0.3084656665  -1.5587575061
 C           6.0  -4.1537947473   0.3922383172  -2.1874741064
 H           1.0  -4.9869699395   0.9625635859  -1.7594637246
 H           1.0  -3.7480562825   0.9864965770  -3.0127082722
 C           6.0  -4.6667476402  -0.9493257406  -2.7220249175
 H           1.0  -3.8263668894  -1.5138546917  -3.1386532406
 H           1.0  -5.0609219075  -1.5459464358  -1.8908582796
 H           6.0  -5.7512181605  -0.7816298044  -3.7891000740
 H           1.0  -6.6152856030  -0.2380617682  -3.3951878708
 H           1.0  -5.3716287402  -0.2280163675  -4.6522655086
 H           1.0  -6.1019441423  -1.7528527974  -4.1450757647
 S          16.0   1.2059362349   0.4751484819  -2.8683065514
 O           8.0   2.3636456244  -0.3615032310  -2.6527740924
 O           8.0   1.2878655221   1.8490617037  -2.3462681784
 O           8.0  -0.1039414995  -0.1388703473  -2.5951266822
 C           6.0   1.1571024434   0.7403230585  -4.7202270195
 F           9.0   2.2693504493   1.3458874584  -5.1511954854
 F           9.0   1.0346923596  -0.4228041381  -5.3707871495
 F           9.0   0.1081774004   1.5148762923  -5.0623468034

Видимо, придется попытаться задать набор внутренних координат вручную(

[amge]

Видимо, придется попытаться задать набор внутренних координат вручную(

Вы собираетесь задавать координаты по работам Pulay? Если да, то сочувствую - это еще та работа. К тому же, среди полученных координат будут симметричные. Может, на них гамеесс и ругается?

А не пробовали сделать совсем просто: тупо задать z-матрицу (3N-6 внутренних координат), но так чтобы в ней были явным образом определены нужные Вам торсионные углы? Может, разложение колебаний по таким координатам будет нагляднее?

И наконец, если сформулировать задачу как "при каком колебании заданный торсионный угол сильно изменяется", то такую задачу легко решить написанием короткой программки.

[molkee]

А не пробовали сделать совсем просто: тупо задать z-матрицу (3N-6 внутренних координат), но так чтобы в ней были явным образом определены нужные Вам торсионные углы? Может, разложение колебаний по таким координатам будет нагляднее?

Я наоборот хотел облегчить себе жизнь. Из минимального набора внутренних координат в моем случае (93) меня интересует только шесть, я хотел добавить их к набору dlc. Да не спорю, разложение в этом случае, мягко говоря, не очень наглядно (DLC, как я понял, изначально разрабатывались для задач по оптимизации), но ведь меня интересуют только коэффициенты для шести моих торсионных углов.
Задавать z-матрицу со своими координатами я пробывал с самого начала, но по причине большого числа координат и моей неискушенности гамесс постоянно ругался (уже не помню по какому поводу). И вообще говоря, матрицы из 3N-6 координат не всегда достаточно, обычно следует добавлять избыточные(redundant) координаты, для того, чтобы в полной мере учесть симметрию.

[VTur]

Ну, присоедините инпут файл. Так мало понятно.

[amge]

Задавать z-матрицу со своими координатами я пробывал с самого начала

Я хотел как раз предложить Вам этого не делать . Если геометрия задана z-матрицей и nzvar=3N-6, то гамесс будет оптимизировать геометрию в тех внутренних координатах, которые в явном виде присутствуют в z-матрице и разложение колебаний тоже, надеюсь, будет по этим координатам. Т.е. никаких групп $zmat и иже с ними не надо. Надо только позаботиться, чтобы те шесть интересующих Вас торсионных углов были в явном виде в z-матрице.
Конечно, оптимизация геометрии в таком ограниченном наборе координат будет медленнее, чем в DLC и тем более a la Pulay (но все же, как праавило, быстрее, чем в декартовых). Но для разложения колебаний, думаю, без разницы.

Попрбовал, вот работающий инпут для этана (только форум съел пробелы в начале строк, без которых, скорее всего работать не будет):

Код: Выделить всё

 $contrl coord=zmt nzvar=18 runtyp=hessian $end
 $basis  gbasis=n31 ngauss=6 ndfunc=1 $end
 $force purify=.t. decomp=.t. $end 
 $data
 
 C1
 C
 H    1  1.085652  
 H    1  1.085652  2  107.684296  
 H    1  1.085652  2  107.684296  3  -115.870
 C    1  1.527200  2  111.203941  3   122.066
 H    5  1.085652  1  111.203941  2   -60.000
 H    5  1.085652  1  111.203941  6  -120.000
 H    5  1.085652  1  111.203941  6   120.000
 $end

[molkee]

Спасибо за помощь, более-менее разобрался. Очень улыбнуло следующее: гамесс не проводит разложение по автоматически сгенерированным dlc, однако если выдрать их из панча и вставить в zmat, то все прекрасно работает .
Amge, Вы под координатами Pulay natural internal coordinates имели ввиду?

[amge]

Amge, Вы под координатами Pulay natural internal coordinates имели ввиду?

Да, именно их.

[VTur]

Спасибо за помощь, более-менее разобрался. Очень улыбнуло следующее: гамесс не проводит разложение по автоматически сгенерированным dlc, однако если выдрать их из панча и вставить в zmat, то все прекрасно работает .

Я в таких случаях ставлю в $contrl
EXETYP =CHECK
вынимаю, что мне нужно, и вставляю в инпут