[FireFly] Рост времени расчёта на каждом шаге

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
BIOHAZARD
Сообщения: 64
Зарегистрирован: Пн окт 26, 2009 7:10 am
Контактная информация:

[FireFly] Рост времени расчёта на каждом шаге

Сообщение BIOHAZARD » Пн сен 27, 2010 6:26 am

Запустил FireFly в работу на семи процессорах, при этом на каждом последующем шаге оптимизации времени затрачивается больше, чем на предыдущем

5.9 MIN
10.3 MIN
14.4 MIN
18.3 MIN
22.5 MIN
26.5 MIN
и т.д.

если оборвать процесс и начать новый расчёт, взяв координаты из предыдущего расчёта, то всё повторяется вновь - сначала ступени считаются за несколько минут, а под конец по нескольку часов
когда считал на одном процессоре, то такого вроде не наблюдал

iput

Код: Выделить всё

 $CONTRL SCFTYP=RHF MPLEVL=2 RUNTYP=OPTIMIZE MAXIT=500 $END
 $STATPT NSTEP=200 OPTTOL=0.001 $END
 $SYSTEM TIMLIM=10080 MWORDS=80 $END
 $SCF    DIRSCF=.True. $END
 $GUESS  GUESS=HUCKEL  $END
 $BASIS  GBASIS=N31 NGAUSS=6 $END
 $P2P P2P=.True. $END
 $DATA
NAME OF COMPOUND (MP2)
C1
C1 6        1.693031005     -0.938419018      0.491350936
...
 $END
подскажите в чём проблема и как её решить, а то по нескольку раз в день вручную перезапускать расчёты не есть хорошо

avelon
Сообщения: 485
Зарегистрирован: Ср авг 12, 2009 5:09 pm

Re: [FireFly] Рост времени расчёта на каждом шаге

Сообщение avelon » Пн сен 27, 2010 8:25 am

на чем (железо и софт какой) и как (скрипт для запуска) запускаете расчет?

BIOHAZARD
Сообщения: 64
Зарегистрирован: Пн окт 26, 2009 7:10 am
Контактная информация:

Re: [FireFly] Рост времени расчёта на каждом шаге

Сообщение BIOHAZARD » Пн сен 27, 2010 3:19 pm

CentOS 5.5 x86 Firefly (PC GAMESS) version 7.1.G, build number 5618
CPU 8 x Xeon 5410@2.33GHz
RAM 768mb

Код: Выделить всё

# ./firefly -i inp/dibumetoxim.mp2 -o out/dibumetoxim.mp2 1 2 3 4 5 6 7 -p4pg ./procgrp

avelon
Сообщения: 485
Зарегистрирован: Ср авг 12, 2009 5:09 pm

Re: [FireFly] Рост времени расчёта на каждом шаге

Сообщение avelon » Пн сен 27, 2010 3:30 pm

хм ...
запускай через mpi и будет тебе счастье. например через OpenMPI Только качай указанную версию mpi и ставить нужно 32 bit версию OpenMPI

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 19 гостей