Доступ к большим вычислительным системам

[Olsha]

Здравствуйте!

Мне требуется расчитывать с помощью Firefly системы вида 3CsCrF6+18CsCl - комплекс переходного металла с двумя координационными сферами из атомов щелочных металлов и галогенов (F или Cl). Систем нужно много, с разными переходными и щелочными металлами, сами системы большие, к тому же для хотя бы качественного сравнения с экспериментом приходится использовать довольно широкие базисы волновых функций.
Все это приводит к тому, что расчеты длятся очень долго. В университете у меня имеется четырехядерный компьютер, и одна задача считается на нем по нескольку месяцев, а ничего лучше пока нет.

В интернете нашла несколько ссылок на организации, которые вроде бы предоставляют удаленный доступ к ресурсам своих вычислительных систем. Среди них суперкомпьютерный центр МГУ (http://parallel.ru/cluster/), но там кажется пока нет доступа для посторонних, МСЦ РАН (http://www.jscc.ru/registration.shtml), УрО РАН (http://parallel.uran.ru/), ЮУрГУ (http://supercomputer.susu.ru/users/rules/rules_skc.html).

Может кто-нибудь знает, насколько реально получить доступ к ним и проводить расчеты, да еще и бесплатно?

[VTur]

На счет бесплатности. Если у них есть квоты по гранту, то могут предоставить. Для некоторых суперкомпьютеров такое предусмотрено. Но вашему самому большому начальнику придется написать здоровенное письмо с обоснованием. У них должны быть формы где-то на сайтах. Пробуйте, может и повезет. В МГУ вряд ли.

[suprachemister]

а что мешает поднять свой собственный кластер в "облаках" Amazona (cloud computing)?
покупаем аренду количества процессоров, которое нам надо для вычислений
включаем свой кластер когда нам надо и чувствуем себя независимым
стоимость аренды ихних серверов несколько центов в час

[Marxist]

Ещё можно коллабораторов в соответствующих учреждениях искать

[antabu]

Слышал, что через современные видеокарты, которые дороже процессоров, можно проводить расчёты на порядок быстрее, но как это делается не знаю.

[VTur]

а что мешает поднять свой собственный кластер в "облаках" Amazona (cloud computing)?
покупаем аренду количества процессоров, которое нам надо для вычислений
включаем свой кластер когда нам надо и чувствуем себя независимым
стоимость аренды ихних серверов несколько центов в час

Ну, можно и бесплатно.
Есть такая контора
http://www.ispras.ru/ru/unicluster/
Когда-то я к ним обращался, они не отказали, но хотели бы получить соответствующее письмо от нашего большого начальника. А я это дело продинамил.

Слышал, что через современные видеокарты, которые дороже процессоров, можно проводить расчёты на порядок быстрее, но как это делается не знаю.

Есть такая технология
см http://ru.wikipedia.org/wiki/CUDA
В ФайрФлай МП4 по ней считается.

[Marxist]

Кстати, Грановский нашёл дыру в линуксовой куде, а нвидиа его послала.

[sanya1024]

В ФайрФлай МП4 по ней считается.

В GAMESS-US тоже есть что-то для CUDA. У нас уже ребята заинтересовались, возможно, пощупают и скажут, чего это стоит благо, машинка соответствующая есть

[VTur]

Там вся загвоздка в размерности представления чисел (кол-во байт)

[EvgeniX]

У видеокарт при повышения точности (до двойной, требуемой для квантовохимических расчётов) резко падает производительность.
При одинарной считают нормально, в самый раз моделировать нежёсткие кинетические системы.

[Yurii]

У видеокарт при повышения точности (до двойной, требуемой для квантовохимических расчётов) резко падает производительность.

Уже это дело поправили.

[Olsha]

Вай, сколько советов! Спасибо
Ни в одной из приведенных выше организаций не указано, что услуги платные, но вдруг это подразумевается? Кое-где требуют указать финансирование.

Насчет облаков: ведь машины в облаках связаны между собой через интернет, соответственно обмен данными между ними медленный относительно, на него будет теряться куча времени. Это бы подошло если бы мне нужно было считать много мелких задач, ну или если бы электроны в молекуле независимо двигались.. Или я не права?

А с помощью cuda пока что можно считать только MP4, да и то только под Windows, к сожалению..

[avelon]

вы не правы есть вот такой проект http://www.petachem.com. лицензия не такая уж и кусачая по цене.
TeraChem is general purpose quantum chemistry software designed to run on NVIDIA GPU architectures under a 64-bit Linux operating system. Some of TeraChem features include:

Full support for both NVIDIA Tesla and Fermi GPUs
Restricted Hartree-Fock and Kohn-Sham single point energy and gradient calculations
Various DFT functionals (BLYP, B3LYP, PBE, etc) and DFT grids (800-80,000 grid points per atom)
Empirical dispersion corrections (DFT-D)
Geometry optimization and transition state search (including constraints)
Ab initio molecular dynamics (NVE and NVT ensembles)
Support of multiple-GPU systems
Up to 1000 times faster than conventional CPU-based codes
Designed for large molecules - reads/writes PDB files directly
Optimization including geometric constraints
Improved mixed-precision for increased accuracy
дерзайте

[sanya1024]

TeraChem стоит денег. Может, попробуйте пока CUDA в GAMESS-US?

[avelon]

ну если человеку надо только singl point то пожалуйста, а если оптимизация то FF в печь
чуть чуть есть CUDA в GAMESS US: A special program for integral evaluation and closed shell Fock matrix construction on GPUs is provided и на этом все
так что если нужен полноценный выбор то это terachem или искать вариант доступа на кластер

[VTur]

Программа "университетский кластер" бесплатная. Нужно только письмо.

[suprachemister]

Или я не права?

думаю обмен данными между серверами в кластере там быстрый достаточно
еще Amazon недавно представила типы Instance с мощными GPU, поддерживающими технологию CUDA, что актуально для физхимиков
кто желает "пощупать" собственными руками облачные технологии может
детальнее ознакомится в статье ''Поднимаем VPN-сервер с помощью облачных вычислений"

Код: Выделить всё

http://www.xakep.ru/xa/

[Olsha]

А существуют бесплатные (или не очень дорогие) квантовохимические программы, в которых cuda поддерживается для основных методов (HF для открытых и закрытых оболочек, DFT, MP2)?

Да, буду пробовать "Университетский кластер"...

В кластерах ведь при большом количестве используемых в расчете узлов много времени теряется на обмен данными между ними, поэтому необходимы высокоскоростные каналы связи (Infiniband например). А при использовании облака может получиться так, что часть узлов будет находиться на одном сервере, часть на другом, расположенным в другом месте, и т.д. Между этими серверами уже высокоскоростного канала связи не будет, соответственно намного больше времени будет уходить на обмен.
Это мои представления, если не так, то поправьте меня, пожалуйста!

[VTur]

В кластерах ведь при большом количестве используемых в расчете узлов много времени теряется на обмен данными между ними, поэтому необходимы высокоскоростные каналы связи (Infiniband например). А при использовании облака может получиться так, что часть узлов будет находиться на одном сервере, часть на другом, расположенным в другом месте, и т.д. Между этими серверами уже высокоскоростного канала связи не будет, соответственно намного больше времени будет уходить на обмен.

Если моделируете нейронные сети, то да. Если все правильно распараллелено, то каждый узел решает свою задачу. Здесь критична величина оперативки.