Визуализация в ChemCraft

[OrganikNV]

Добрый день! После расчётов в PCGAMESS, мне необходимо было посмотреть частичные заряды на каждом атоме. Я посмотрела - Natural Charge. На атомах углерода, связанных с более электроотрицательными атомами (N,O), заряд был положительным, а на остальных атомах углерода отрицательным. Как такое может быть? Подскажите пожалуйста!

[Marxist]

Насколько отрицательным?

[OrganikNV]

Знак отрицательный, может программа что-то другое показывает? А я неправильно думаю...

[alxyppv]

Стоит на всякий случай напомнить что заряды атомов - это ОЧЕНЬ плохо определенный термин в квантах. В том смысле, что есть масса разных способов расчета зарядов, которые могут давать заметно отличающиеся величины для одной и той же системы. Дл некоорых определений заряды могут также сильно зависеть о базиса - те же малликеновские заряды, например. Теперь конкретно к Вашему примеру - а что Вас не устраивает? Электроотрицательные атомы " стягивают" электронную плотность с ближайших угдеродов, поэтому у последних заряды - более положительные, чем у остальных. Абсолютные величины имеют мало смысла, а тренд вполне разумный (от квантов вряд ли чтоит ожидать чего-то кроме правильных трендов)

[OrganikNV]

Я это прекрасно понимаю. Меня не устраивает, что заряд на атомах углерода не свзанных с более электроотрицательными атомами - отрицательный!

[VTur]

"Натуральные" заряды, а также малликеновские и лёвдинские измеряются в метрах (в соответствующей степени). В кулонах измеряются бейдеровские, по вороному, хиршфельдеру и GAPT заряды.
Первые фигня, но приняты в химии. Вторые имеют смысл, но нужно обоснование их применения.

[OrganikNV]

Мне нужны частичные заряды на атомах. Нужно проверить к какому атому идёт присоединение.

[VTur]

Вам нужно не заряды на атомах, а место локальной концентрации электронной плотности. Попробуйте посмотреть это через её лапласиан.
Если умеете, посмотрите такие характеристики, как локальная жесткость, локальная мягкость.

[OrganikNV]

Это можно посмотреть в Source?

[VTur]

Это можно посмотреть в Source?

А это что такое?

[OrganikNV]

Это раздел в ChemCraft, в котром выводятся результаты расчётов.

[alxyppv]

не уверен что Лапласин здесь оптимален, хотя в принцпе тоже пойдет - для этого надо сделать cube file, его Chemcraft открывает без проблем. Для этого добавьте во входнйо файл

$ELDENS IEDEN=1 derivs(1)=0,1,2 $END
$CUBE CUBE=.T. mesh=fine $END

Мне кажется, более распротраненным вариантом является аналих эл-стат потенциала. Добавляете во входной файл строчки:

$ELPOT IEPOT=1 $END
$CUBE CUBE=.T. mesh=fine $END

и по окончании расчета "выгрызаете" из punch кусок, начинающийся $CUBE и до $END, делаете из этого куска отдельный файл с раширением *.cube, его нормально открывает Chemcraft

Можно еще посмотреть заряды, определяемые через подгонку потенциала (т.е. считается потенциал в некоторых точках, а потом предоплагается что этот потенциал создается точечными зарядами, и находятся заряды, наилучшим образом воспроизводящие этот потенциал). Для этого надо добавить что-то типа

$ELPOT IEPOT=1 WHERE=pdc $END
$PDC CONSTR=QUPOLE PTSEL=CONNOLLY LAYER=6 $END

Как-то так, но я точно не уверен, давно уже делал

[OrganikNV]

Спасибо огромное, сейчас попробую!

[VTur]

Вам нужно выбрать подходящую модель по задаче.
Посмотрите это

Бейдер К теории химической реактивности.pdf

Малколм Полная топология лапласиана электронной плотности II.pdf

Малколм Топология Лапласиана и модель VSEPR.pdf