Firefly`s coordinates

[shura_zd]

Доброго времени суток уважаемые форумчане!

Помогите с такой вот проблемой:

Не могу задать начальные координаты, имеется в виду сами цыфры.
Точнее вот пример: а) запускаю HyperChem-Built-Default Element-Element Table-выбираю елементы, рисую структуру-Built-Add H&Model Built-File-Save
As-Mopac Z-Matrix(*.zmt) либо MDL MOL(*.mol), далее открываю данный файл блокнотом и извлекаю координаты однако при попытки их исспользовать в Firefly в качестве координат при оптимизации геометрии ничего не получается.
б) При извлечении декартовых координат из HyperChem методом Select-Atom также ничего не получается.
в) рисую в wxMacMolPlt структуру выбираю Subwindow-Coordinates-Coordinates Window-Edit-Copy Coordinates а там хоть в Cartesian хоть в Z-Matrix и вставляя полученные данные в тот же Firefly и с тем же эффектом.

Значит собс-но вопрос: в какой программе Вы рисуете орг. молекулу атомов скажем на 10-30 и как из нее можно извлечь координаты в виде Cartesian либо Z-Matrix
и вставить их в Firefly. Не задавать же координаты исходя из ковалентных радиусов атомов уж очень данная процедура напряжна.

Р.S. Не судите строго я с данной программой только ознакамливаюсь, ранее имел опыт работы иссключительно с HyperChem`ом.

[lmihael]

Рисую в гиперкеме. Сохраняю .XYZ координаты. Вставляю полученные координаты в $DATA гамесса.
1. Перед каждой строкой должен быть пробел
2. Затем обозначение атома, затем порядковый номер, затем координаты.
3. Избегайте символов табуляции - пользуйтесь пробелами.
4. Первая строка в DATA - симметрия.

Мой вам совет - пробуйте все на простых системах.

[sanya1024]

Очень рекомендую ChemCraft. Линуксовый бесплатный, есть бесплатная light-версия, к-рая для Ваших целей вполне пригодна. Но и денег он стоит совершенно ерундовых, типа 300 руб для академических юзеров. Открываете *.hin файл ChemCraft-ом, потом жмете кнопку Coord, там находите кнопку Show in format, выбираете по вкусу строчку с GAMESS-US input и вуаля! готовая $DATA группа.

Если все-таки будете делать все ручками, обратите внимание, что Гамессы (что GAMESS-US, что Firefly) идентифицируют элементы по атомному номеру, к-рый должен находиться в 14-й позиции строки (наследие фортрановского ввода). ChemCraft как раз гарантирует, что все нужные цифры будут в нужных позициях.

[lmihael]

по атомному номеру, к-рый должен находиться в 14-й позиции строки

Это не соответствует действительности. Достаточно такой последовательности " C 6 0 0 0", чтобы гамесс воспринял это как атом углерода с координатами равными нулю.

[sanya1024]

Возможно. Но если вдруг окажется, что Гамесс вовсе не видит атомов или воспринимает их координаты не так, как хотелось бы, стоит вспомнить о "фортрановском вводе". Кстати, я ошиблась -- не с 14, а с 13 позиции. И ChemCraft и ему подобные программы существуют именно для того, чтоб вообще на эту тему голова не болела.

[petrovps]

shura_zd, попробуйте воспользоваться программой OpenBabel (http://openbabel.org/wiki/Main_Page), позволяет переводить координаты очень многих форматов, в т.ч. и для GAMESS/Firefly

[shura_zd]

Спасибо всем кто откликнулся, будем пробовать!