Turbomole. Создание Input файла в Define

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
etzell
Сообщения: 139
Зарегистрирован: Пн май 10, 2010 12:55 pm

Turbomole. Создание Input файла в Define

Сообщение etzell » Вт май 03, 2011 4:58 pm

Люди, кто работал в Turbomole linux- версии, отзовитесь. Мне надо с помощью Define создать инпут файл для расчета моих молекул методом CC2 в базисе def2-TZVP. Есть у кого-нибудь положительный опыт?

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Turbomole. Создание Input файла в Define

Сообщение sanya1024 » Ср май 04, 2011 1:59 pm

Эх, надо было нам при личной встрече это сделать.
Нужны xyz координаты в формате Турбомоля (это умеет делать ChemCraft или скрипт x2t, переводящий обычной xyz файл в формат Турбомоля). Лучше чтоб этот файл назывался coord. Дальше пишем в командной строке define и в интерактивном режиме проходим по всем пунктам меню. Главное -- понять, чего мы хотим от программы. Еще мне показалось, что некоторые (экзотичные) опции через define недоступны, надо редактировать получившийся файл control.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

etzell
Сообщения: 139
Зарегистрирован: Пн май 10, 2010 12:55 pm

Re: Turbomole. Создание Input файла в Define

Сообщение etzell » Ср май 04, 2011 2:14 pm

Вчера вечером этому научился)))Правда я вот не понимаю как они хотят использовать CC2 для расчета моей молекулы (113 атомов)? без замораживания остова...

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Turbomole. Создание Input файла в Define

Сообщение sanya1024 » Чт май 05, 2011 1:57 am

ООООООО... ну да... может и не влезть. Максимум, что мне удавалось втиснуть на линуксовый квадрик -- цианиновый краситель, атомов 40-45. И то базис был SVP, т.е., двухэкспонентный. И расчет занимал несколько суток. Может быть, на кластере можно считать что-то более серьезное, но наш кластер несовместим с Турбомолем :(
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 19 гостей