Turbomole. Создание Input файла в Define
Turbomole. Создание Input файла в Define
Люди, кто работал в Turbomole linux- версии, отзовитесь. Мне надо с помощью Define создать инпут файл для расчета моих молекул методом CC2 в базисе def2-TZVP. Есть у кого-нибудь положительный опыт?
Re: Turbomole. Создание Input файла в Define
Эх, надо было нам при личной встрече это сделать.
Нужны xyz координаты в формате Турбомоля (это умеет делать ChemCraft или скрипт x2t, переводящий обычной xyz файл в формат Турбомоля). Лучше чтоб этот файл назывался coord. Дальше пишем в командной строке define и в интерактивном режиме проходим по всем пунктам меню. Главное -- понять, чего мы хотим от программы. Еще мне показалось, что некоторые (экзотичные) опции через define недоступны, надо редактировать получившийся файл control.
Нужны xyz координаты в формате Турбомоля (это умеет делать ChemCraft или скрипт x2t, переводящий обычной xyz файл в формат Турбомоля). Лучше чтоб этот файл назывался coord. Дальше пишем в командной строке define и в интерактивном режиме проходим по всем пунктам меню. Главное -- понять, чего мы хотим от программы. Еще мне показалось, что некоторые (экзотичные) опции через define недоступны, надо редактировать получившийся файл control.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)
Re: Turbomole. Создание Input файла в Define
Вчера вечером этому научился)))Правда я вот не понимаю как они хотят использовать CC2 для расчета моей молекулы (113 атомов)? без замораживания остова...
Re: Turbomole. Создание Input файла в Define
ООООООО... ну да... может и не влезть. Максимум, что мне удавалось втиснуть на линуксовый квадрик -- цианиновый краситель, атомов 40-45. И то базис был SVP, т.е., двухэкспонентный. И расчет занимал несколько суток. Может быть, на кластере можно считать что-то более серьезное, но наш кластер несовместим с Турбомолем 

Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 19 гостей